اگروپیرون یکی از گیاهان مقاوم به تنش های حیاتی و غیرحیاتی است و نقش مهمی در تولید علوفه در مراتع ایران دارد. بررسی تنوع ژنتیکی بر اساس نشانگرهای مختلف نقش کلیدی در عملیات اصلاح نباتات دارد و یکی از مهم ترین شاخص ها برای انتخاب والدین است. این پژوهش به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی دو گونه اگروپیرون(a.pectiniforme, a. elongatumm) بر اساس نشانگر های رپید انجام گرفت. در این بررسی از 50 آغازگر ده نوکلئو تیدی استفاده شد. 12 آغازگر نوارهای مشخصی تولید کرده و مورد استفاده قرار گرفتند. در نهایت 142 نوار چند شکل در محدوده ی بین 2000-564 جفت باز تولید شدند. تنوع ژنتیکی درون اکوتیپ ها بر اساس تنوع ژنی با معیار فاصله نی از 0/1014 تا 0/5برآورد گردید. بیشترین میانگین سطح این تنوع در اکوتیپ 6951 از گونه a. pectinforme با مقدار 0/178 و کمترین آن در اکوتیپ 3202 از گونه a. elongatum (0/1014) مشاهده شد. سطح تنوع بقیه اکوتیپ ها در حد متوسط بود. این نتایج نشان دهنده تنوع زیاد در درون اکوتیپ های مختلف اگروپیرون بود. میانگین تنوع ژنتیکی درون(hs) و کل (ht) به ترتیب 0/13و 0/27 و میانگین درجه تمایز ژنی (gst) بین اکوتیپ ها در تمام مکان ها 0/47برآورد شد. همچنین نتایج تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که تنوع ژنتیکی بین گونه ها و بین ژنوتیپ های درون گونه ها و درون ژنوتیپ های مورد مطالعه در سطح احتمال 1 درصد معنی دار بود. همچنین در توافق با میانگین درجه تمایز ژنی فقط 7/68 درصد از تنوع کل مربوط به تنوع بین دو گونه بود و همچنین میزان 31/24 درصد آن به تنوع بین اکوتیپ های درون هر گونه و 61/08 درصد آن مربوط به درون اکوتیپ ها می باشد. دندروگرام بر اساس ضریب تشابه نی به روش upgma رسم شد. براساس این ضرایب ده اکوتیپ در چهار گروه قرار گرفتند. جهت بررسی کارایی آغازگرهای مورد استفاده در گروه بندی افراد هر یک ازآغازگر به تنهایی نیز مورد بررسی قرار گرفتند. با توجه به این بررسی مشاهده گردید که پرایمر های oligo-1 و oligo-29 بهتر از پرایمر های دیگر اکوتیپ ها را گروه بندی نمودند. به منظور تعیین روابط ژنتیکی بین ژنوتیپ ها و نیز مشاهده فواصل بین ژنوتیپ ها تجزیه به مولفه های هماهنگ اصلی نیز به عنوان روشی مکمل برای تجزیه خوشه ای، انجام گرفت. نتایج نشان داد که سه مولفه اصلی اول مجموعاً 52/84 درصد تغییرات داده ها را توجیه کردند. مولفه اول 29/28 درصد از تنوع کل را تبیین نمود. این مقدار برای مولفه های دوم و سوم به ترتیب 19/28 و 14/28 درصد بود. با توجه به نتایج به دست آمده می توان اظهار داشت که برخی از اکوتیپ های اگروپیرون مورد مطالعه منبع بالقوه برای ژن های مختلف هستند.