هدف پژوهش حاضر، تحلیل پیوند وب سایت های دانشگاهی ایران و تعیین ویژگی های شبکه هم پیوندی و میان پیوندی آنهاست. روش به کار رفته در این پژوهش، روش تحلیل پیوندهاست که یکی از روش های وب سنجی است. جامعه پژوهش حاضر، 43 وب سایت دانشگاه های تحت وزارت علوم، تحقیقات و فناوری است که در "فهرست 100 سازمان برتر ایران در پایگاه web of science (wos) آمده اند. این وب سایت ها در یک دوره زمانی یک ماهه (15 شهریور- 15 مهر 1387) با استفاده از موتور کاوش آلتاویستا بازیابی شد و به منظور تحلیل پیوندهای آنها بر روی رایانه شخصی بارگذاری گردید. پیوندهای دریافتی، هم پیوندی ها و میان پیوندی های این وب سایت ها به منظور تعیین میزان رویت، تأثیرگذاری و همکاری آنها در سطح ملی و بین المللی در محیط وب، مورد تحلیل قرار گرفت. برای تجزیه و تحلیل داده ها از نرم افزار excel و بخش دسته بندی خوشه ای و تحلیل چند متغیره نرم افزار spss نسخه 16 و نرم افزارشبکه اجتماعیِ ucinet استفاده شد. به منظور به کارگیری روش دسته بندی خوشه ای و تحیل چند متغیره، پربسامدترین وب سایت ها از نظر هم پیوندی انتخاب شدند که در نتیجه برش داده ها، تعداد آنها به 35 وب سایت کاهش یافت. نتایج پژوهش نشان داد که وب سایت های دانشگاه های صنعتی شریف، تهران، علم و صنعت ایران، امیرکبیر، فردوسی مشهد و دیگر دانشگاه های مستقر در شهرهای بزرگ و دانشگاه های رتبه برتر از نظر تعداد مقالات isi، در مقیاس های وب سنجی این پژوهش رتبه های برتر را کسب کرده اند که در مورد عامل تأثیرگذار وب این نتیجه کاملاً برعکس است. همچنین تفاوت بسیار کمی از نظر مقادیر عوامل تأثیرگذاری و داده های پیوندی وب سایت ها در بین موتورهای کاوش آلتاویستا، آل دوب و یاهو دیده شد. بررسی الگوی پیوندی از نظر میزان پیوندهای دریافتی دانشگاه ها از انواع سایت ها نشان داد که دامنه های mil، pro، gove، name، bize، net.ir، sch.ir و co.ir کمترین تعداد پیوند و دامنه های ir، ac.ir و com بیشترین میزان پیوند را به وب سایت های دانشگاهی ایران داشته اند. دسته بندی خوشه ای، وب سایت های دانشگاهی را در 5 خوشه و تحلیل متغیره در 4 دسته به صورت هم پیوند نشان داد. نتایج نشان داد که تعداد صفحه های وب سایت، تعداد صفحه های pdf با محتوای علمی و تعداد مقالات isi و بعضی از عوامل اجتماعی، فرهنگی، سیاسی، زبانی، اقتصادی ، پژوهشی و ... می تواند بر میزان رویت وب سایت های دانشگاهی ایران در وب تآثیر داشته باشد.