خرفه با نام علمیportulaca oleracea l. یکی از اعضای خانواده portulacaceae می باشد که از نظر ویتامین ها و مواد مغذی بسیاری مانند اسیدهای چرب به خصوص امگا 3 غنی می باشد. تنوع مبنای همه گزینش هاست. انتخاب ژنوتیپی نیز نیازمند تنوع است. از بین نشانگرهای مولکولی نشانگر rapd در بررسی تنوع ژنتیکی بین ارقام زراعی، تهیه نقشه های پیوستگی و آنالیز ژرم پلاسم کاربرد وسیعی دارد. هدف از این مطالعه بررسی تنوع ژنتیکی با استفاده از داده های مورفولوژیکی و نشانگر rapd بود. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی، مطالعه روابط بین صفات و گروه بندی ژنوتیپ ها، آزمایشی در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی در 3 تکرار و با استفاده از 13 ژنوتیپ خرفه که از نقاط مختلف کشور جمع آوری شده بود انجام شد. بر اساس بررسی های قبلی 30 آغازگر 10 نوکلئوتیدی با استفاده از توالی تصادفی از سری آغازگرهای opa و timb استفاده شد. از این تعداد 9 آغازگر چند شکلی بالایی نشان دادند و 19 آغازگر نوارهای واضح و تکرار پذیری برای کلیه ژنوتیپ ها نشان دادند. با این تعداد آغازگر در مجموع 182 نوار تکثیر شد که از این میان در مجموع 105 نوار چند شکل مشاهده شد. درصد چندشکلی برای کل آغازگرها برابر 69/57 بود و مقدار چند شکلی برای هر آغازگر به طور متوسط03/3 نوار چند شکل بود. پس از جمع آوری کلیه داده ها با استفاده از نرم افزار spss, mstatc و ntsys تجزیه وتحلیل های مختلف آماری شامل محاسبه تجزیه واریانس ساده و مقایسات میانگین به روش دانکن برای کلیه صفات مورد مطالعه انجام گرفت. همچنین تجزیه خوشه ای جهت گروه بندی کلیه ژنوتیپ ها مورد مطالعه بر اساس کلیه صفات مورد مطالعه و تهیه ماتریس تشابه جهت مقایسه با داده های مولکولی انجام گرفت. همچنین جهت تعیین گروه های ژنوتیپی با بیشترین همبستگی داخلی، تجزیه به عامل ها بر اساس تجزیه به مولفه های اصلی و چرخش وریماکس انجام گردید. به علاوه برای کلیه جفت صفات ممکن ضرایب همبستگی فنوتیپی محاسبه شد. با گروه بندی ژنوتیپ ها بر اساس کلیه صفات اندازه گیری شده ژنوتیپ ها درچهار گروه مجزا گروه بندی شدند که حاکی از میزان تنوع مناسب در میان این جمعیت هاست.