هندوانه ابوجهل citrullus colocynthis l.)) یکی از گیاهان دارویی متعلق به خانواده کدوییان می باشد. با اینکه در کشور ایران توده¬های مختلفی از این گیاه دارویی مهم وجود دارد ولی گزارشی از بررسی تنوع ژنتیکی و شیمیوتایپی آن موجود نیست. در این مطالعه برای ارزیابی تنوع مورفولوژیکی، ژنتیکی و شیمیوتایپی، از 15 ژنوتیپ هندوانه ابوجهل جمع¬آوری شده از مناطق مختلف ایران (دزفول، شوشتر، هندیجان، گچساران (امامزاده¬جعفر و آبریگون)، زابل (بندان و میل¬نادر)، لنده، کاشان، کازرون، بندرعباس، اهرم، بندردیلم، کرمان، سبزوار) استفاده گردید. صفات مورفولوژیکی مورد ارزیابی شامل طول برگ، عرض برگ، ارتفاع ساقه، قطر ساقه، قطر میوه، طول بذر، عرض بذر، وزن صد دانه، وزن میوه و رنگ بذر بود. به منظور گروه¬بندی ارقام براساس صفات مورفولوژیک، با استفاده از داده¬های استاندارد شده، از تجزیه خوشه¬ای به روش¬ ward استفاده شد که دندروگرام حاصله در فاصله اقلیدسی 18 برش داده شد و چهار گروه به دست آمد. گروه¬های اول تا چهارم به ترتیب 1، 6، 3 و 5 ژنوتیپ را شامل شدند که در نظر اول بر وجود تنوع ژنتیکی در میان توده¬ها دلالت دارند. در دسته اول ژنوتیپ سبزوار به تنهایی قرار گرفت که از لحاظ صفات طول برگ، عرض برگ، طول بذر، قطر میوه، وزن میوه و وزن صددانه در مقایسه با سایر ژنوتیپ¬ها بیشترین میزان را دارا بود. شوشتر و کازرون در زیرگروه الف گروه 1، کمترین فاصله را نسبت به دیگر ژنوتیپ های مورد بررسی داشتند. بر اساس نتایج حاصل از تجزیه به مولفه¬های صفات مورفولوژیک، سه مولفه اول به ترتیب 771/48، 385/17 و 885/11 درصد (مجموعا 040/78%) از تنوع موجود بین ژنوتیپ¬ها را توجیه کردند. مقایسه میانگین به روش آزمون t انجام و نتایج نشان داد که بین میانگین¬ صفات در بین ژنوتیپ¬های مختلف اختلاف معنی¬داری وجود دارد. در این مطالعه، نشانگر مولکولی rapd برای همه 10 آغازگر مورد استفاده، نوارهای چندشکل تولید و 137 باند تولید شده، 16/99% چندشکلی نشان دادند. بیشترین تعداد قطعه تکثیر شده 17 عدد و مربوط به آغازگر ah6 و کمترین آن 11 عدد و مربوط به آغازگر ah1 بود. آغازگر ah6 بیشترین میزان درصد باندهای چندشکل، هتروزیگوسیتی مورد انتظار و همچنین بیشترین تعداد آلل های موثر را داشته و کمترین میزان باندهای چندشکل را آغازگر ah2 نشان داد. تجزیه کلاستر با استفاده از ضریب تشابه جاکارد و به¬ روش upgma، 15 ژنوتیپ به چهار دسته اصلی تقسیم شدند. بیشترین شباهت و کمترین فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپ¬های دزفول و بندان (68/0) در گروه 1 و کمترین تشابه و بیشترین فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپ¬های کاشان و هندیجان (24/0) مشاهده شد. نتایج نشان دادند که نشانگر rapd برای بررسی تنوع ژنتیکی این ژنوتیپ¬ها ابزار مناسبی است. بین گروه بندی بر اساس نشانگر rapd و پراکندگی جغرافیایی ژنوتیپ¬¬ها ارتباطی مشاهده گردید. بر اساس نتایج حاصل از تجزیه به مولفه¬ها، سه مولفه اول یعنی pca1، pca2،pca3 ،pca4 و pca5 به ترتیب 688/36، 670/10، 182/7، 476/6 و 891/4 (مجموعا 91/65%) از واریانس کل را توجیه کردند. یعنی نشانگرهای مورد استفاده دارای توزیع نسبتا مناسبی در سطح ژنوم بوده¬ و در ارزیابی تنوع ژنتیکی ارقام هندوانه ابوجهل موردمطالعه، نسبتا مناسب عمل کرده¬اند. بر اساس نتایج به¬دست آمده از ارزیابی شیمیوتایپی سه ژنوتیپ مورد بررسی، مشخص شد که ماده موثره کوکوربیتاسین i (الاتریسین b) در همه اجزای ژنوتیپ بندان، اعم از ریشه، ساقه، میوه و برگ وجود دارد و بیشترین میزان این ماده در قسمت ریشه ژنوتیپ دیلم، بیشترین میزان آن در ساقه ژنوتیپ بندان و در میوه گیاه، بیشترین میزان ماده مورد نظر در ژنوتیپ بندان بود. میزان کوکوربیتاسین i در برگ ژنوتیپ امامزاده جعفرگچساران نیز بسیار بالاتر از سایر ژنوتیپ¬ها بود.