هلیکوباکتر پیلوری بعنوان شایع ترین عامل باکتریایی مسبب گاستریت مزمن محسوب می گردد که با بیماری های زخم معده و سرطان معده در ارتباط است. پروتئین caga هلیکوباکتر پیلوری اولین انکوپروتئین باکتریایی شناخته شده دخیل در ارتباط با سرطان در انسان می باشد. caga از طریق سیستم ترشحی تیپ iv وارد سلول های اپیتلیال معده شده، در نزدیکی غشای سلولی قرار گرفته و در آن جا توسط کینازهای سلولی تحت تیروزین فسفوریلاسیون قرار می گیرد. caga دارای تنوع ساختاری در ناحیه c - ترمینال خود می باشد که از طریق این ناحیه با پروتئین های میزبانی متعددی واکنش می دهد. این پلی مورفیسم به علت وجود ترکیب های متفاوت چهار موتیف epiya می باشد که در مجموع c – ترمینال این پروتئین را تشکیل می دهند. تنوع ساختاری پروتئین caga تاثیر قابل ملاحظه ای بر فعالیت پاتوفیزیولوژی این انکوپروتئین دارا می باشد. هدف از مطالعه حاضر، درک تاثیر تیپهای مختلف caga بر اساس موتیفهای epiya، بر مسیرهای سیگنالینگ شناخته شده در ایجاد سرطان معده می باشد. از میان 71 بیمار، 60 نفر دارای گاستریت مزمن، 7 نفر duodenitis، 2 نفر intestinal metaplasia، 1 نفر هایپرپلازیا و 1 نفر سرطان معده بودند. تمامی جدایه ها از نظر خصوصیات ژنی caga ، vaca ، icea و baba تحت ژنوتیپینگ قرار گرفتند که فراوانی ژنهای caga، vacas1، vacas2، vacam1، vacam2، icea1، icea2، icea1+icea2 و baba2 بترتیب 62%، 9/78%، 7/19%، 1/21%، 9/78%، 5/15%، 5/22%، 8/40% و 8/95% بود. در ژنوتیپ های ترکیبی تنها ترکیپ ژنوتیپی caga+/vacas1m1/icea2/baba ارتباط معناداری را با بیماری گاستریت مزمن شدید فعال نشان داد( p=0.025). در بین 44 ایزوله caga مثبت، با غربالگری سویه های تحت بررسی از نظر تنوع موتیف های epiya ، موتیفهای epiya abc (30 ایزوله)، abcc (4 ایزوله)، abccc (1 ایزوله)، تیپهای میکس (6 ایزوله) و تیپ جدید a-b/c (3 ایزوله) مشاهده شد. بررسی این ترادف ها همچنین حضور موتیف های اسید آمینه ای شبیه به epiya یعنی epiyt و qpiyp را نشان داد. به منظور بررسی اثرات تنوعات پروتئینی ناحیه کربوکسی caga در بیان ژن های دخیل در مسیرهای سرطانزایی بافت معده، دو واریانت ژنی ناحیه epiya abc) و (abccc در وکتور بیانی یوکاریوتی pegfp-n1 که حاوی فیوژن gfp می باشد کلون شد. در فاز دوم پس از کشت دادن سل لاین ags، ناقل بیانی یوکاریوتی حامل ژن caga به داخل کشت سلولی سرطان معده ترانسفکت شد. برای تایید بیان caga در کشت سلولی سرطان معده، از دو روش ایمونوبلاتینگ و میکروسکوپ فلورسنس استفاده شد. در فاز سوم rna سلولهای ترانسفکت شده به کمک کیت استخراج شده و سپس از روی rna به دست آمده cdna سنتز شد. سپس 44 ژن کلیدی شناخته شده در سرطان معده در سطح نسخه برداری به کمک روش real-time pcr بررسی شدند. در نهایت جابجایی کمپلکس های غشایی بتا کتنین مرتبط با سیگنالینگ بیان ژن های مرتبط با سرطانزایی بروش ایمونوسیتوشیمی بررسی شد. بر اساس بررسی نتایج real-time pcr نشان داد که در 12 گروه ژنی طبق بندی شده، در 11 گروه تیپ abccc به میزان بیشتری از تیپ abc سبب تغییر در میزان رونویسی از ژنهای تحت مطالعه شده است، که این تفاوت در مورد ژنهای مرتبط با سرطانزایی تفاوت معنا داری را نشان داد. نتیجه بررسی جابجایی کمپلکس های غشایی نشان داد که واریانت caga حاوی موتیف abccc این توانایی را به شکل واضحتری نسبت به موتیف abc از خود نشان داده بود، که این مطلب می تواند دلیل دیگری بر قدرت بیشتر سرطانزایی تپپ abccc در مقابل تیپ abc می باشد. نتایج تحقیق ما بدون شک موید این مطلب می باشد که تیپ caga می تواند تعیین کننده ریسک افزایش یافته سرطان معده باشد، بطوریکه شانس ابتلا به سرطان معده در فردی که آلوده به هلیکوباکتر پیلوری با caga از تیپ abccc باشد نسبت به فردی که توسط هلیکوباکتر پیلوری با caga از تیپ abc آلوده شده باشد ، بسیار بیشتر خواهد بود.

سودوموناس آئروژینوزا بعنوان یک پاتوژن فرصت طلب و عامل عفونتهای بیمارستانی بخصوص در افراد دارای نقص ایمنی و سیستیک فیبروزیس مطرح است.یکی از معمول ترین درمانهای ضدسودوموناسی ، استفاده از آمینوگلیکوزیدها بهمراه بتا لاکتام ها است؛ ولی متاسفانه امروزه مقاومت آمینوگلیکوزیدی به یک مشکل در درمان تبدیل شده است ؛که یکی از مهمترین مکانیسمهای مقاومت به آمینوگلیکوزیدها در سودوموناس آئروژینوزا ،مکانیسم آنزیم های تغییر دهنده می باشد.در این تحقیق ، 250 ایزوله سودوموناس آئروژینوزا از نمونه های مختلف بالینی از بیمارستان های منتخب کشور ،در سالهای 1386 و 1387 جمع آوری شدند.پس از تایید این ایزوله ها با تست های بیوشیمیایی ، حساسیت دارویی ایزوله ها با استفاده از روش دیسک دیفیوژن برای آنتی بیوتیک های جنتامیسین ، توبرامایسین ، آمیکاسین ، ایمی پنم ، پیپراسیلین ، تیکارسیلین ، سفتازیدیم و سیپروفلوکساسین تعیین گردید.سپس برای تعیین mic آنتی بیوتیک های جنتامیسین ، توبرامایسین و آمیکاسین از روش e-test استفاده شد. در نهایت جهت شناسایی ژنهای آنزیم های تغییر دهنده آمینوگلیکوزیدها aph(3′)-vi ، ant(2′′)-i، aac(6′)-ii و aac(6′)-iآزمایش pcr با پرایمرهای اختصاصی انجام شد.مقاومت آنتی بیوتیکی با روش دیسک دیفیوژن بدین قرار بود: جنتامیسین43% ، توبرامایسین 38% ، آمیکاسین24 %،ایمی پنم 22%،پیپراسیلین 48%،تیکارسیلین 52% ، سفتازیدیم 56% و سیپروفلوکساسین 39%.در ضمن با روش e-test مقاومت بدین شرح بود : جنتامیسین40% ، توبرامایسین 36% و آمیکاسین 21%.فراوانی ژن های آنزیم های تغییر دهنده در ایزوله های مقاوم به آمینوگلیکوزیدها بدین قرار بود : aac(6´)-i 7 %، aac(6´)-ii 36% ، ant(2´´)-i 28% و aph(3´)-vi 11%.بر طبق نتایج این تحقیق، مقاومت نسبتاً بالایی به آمینوگلیکوزیدها در این ایزوله ها مشاهده گردید و اکثر ایزوله های مقاوم دارای آنزیمهای تغییر دهنده آمینوگلیکوزیدها بودند که نشان دهنده اهمیت این آنزیمها بعنوان یکی از مهمترین مکانیسم های مقاومت به آمینوگلیکوزیدها در سودوموناس آئروژینوزا می باشد.دو ژن aac(6´)-ii و ant(2´´)-i از بقیه شایع تر بودند ؛که این نتایج مشابه اکثر تحقیقات انجام شده در کشورهای مختلف جهان می باشد.