میکروسپوریدیا متعلق به پروتوزوآهای اسپور مانند داخل سلولی می باشد که قادر به ایجاد عفونت در بی مهره ها و مهره داران از جمله انسان می باشد. روز به روز بر گزارش عفونت های میکروسپوریدیایی افزوده می شود و بعضی از جنس ها مانند انتروسیتوزون بینئوسی و انسفالیتوزون اینتستینالیس از عوامل مهم ایجاد کننده اسهال مزمن به ویژه در بیماران hiv مثبت می باشند. همچنین تمامی گونه های انسفالیتوزون (انسفالیتوزون اینتستینالیس، انسفالیتوزون کونیکولی و انسفالیتوزون هلم) از عوامل میکروسپوریدیازیس روده ای می باشند. تشخیص میکروسکوپی بر پایه رنگ آمیزی های کروموتروپ، از تشخیص های استاندارد جهت شناسایی میکروسپوریدیاها می باشد. در این مطالعه از روش های رنگ آمیزی تریکروم-آبی اصلاح شده (mts)، اسید فست تریکروم (aft) و pcr جهت شناسایی میکروسپوریدیا در نمونه های مدفوع بکار گرفته شد. تعداد 71 نمونه مدفوع از بیماران مبتلا به ایدز با اسهال مزمن به آزمایشگاه انتقال یافت. از هر نمونه مدفوع 2 عدد لام تهیه شده با متانول فیکس شد و با روش های mts و aft رنگ آمیزی صورت گرفت و توسط سه نفر خوانده شد. همچنین از روش pcr با پرایمرهای اختصاصی ناحیه حفاظت شده 16s rrna میکروسپوریدیاهای روده ای استفاده شد. 13 بیمار(30/18%) از 71 بیمار، با استفاده از دو روش رنگ آمیزی ذکر شده از نظر میکروسپوریدیا مثبت شدند. همچنین 9 بیمار(67/12%) با استفاده از روش aft از نظر کریپتوسپوریدیوم مثبت گزارش شدند که 4 مورد(63/5%) از این افراد همزمان از نظر میکروسپوریدیا مثبت شناخته شده بودند. در تکنیک pcr، 16 بیمار(53/22%) از نظر میکروسپوریدیاهای روده ای مثبت شناخته شدند. لازم به ذکر است تمامی مواردی که از نظر میکروسپوریدیا با استفاده از روش های رنگ آمیزی مثبت گزارش شده بودند در تکنیک pcr نیز مثبت شناخته شدند. به طور خلاصه مشاهده شد تکنیک pcr حساسیت بالاتری نسبت به روش های رنگ آمیزی دارد. همچنین دیده شد روش های mts و aft به یک میزان در تشخیص میکروسپوریدیا مفید می باشند. علاوه بر این روش aft می تواند روش مناسبی جهت تشخیص کریپتوسپوریدیوم نیز باشد.