جهت شناسایی عوامل ریشه سرخی و پوسیدگی پیاز در استان مرکزی از اوایل تابستان تا اواسط مهر ماه 1388 از مزارع پیاز با علائم زوال در قسمت هوایی و تغییر رنگ ریشه به صورتی-ارغوانی نمونه برداری های متعدد انجام گرفت. در مناطقی که این نمونه برداری ها انجام شد میزان آلودگی از حدود 04/80 تا 01/55 بود .که در این جداسازی قارچ های fusarium oxysporum و pyrenocheata terrestris جداسازی و تشخیص داده شدند. به منظور کنترل بیولوژیکی بیماری های قارچی خاکزاد گیاهان،میکروارگانیسم های ریزوسفر به عنوان اولین خط دفاعی ریشه علیه این عوامل بیماری زا گزینه های مطلوبی به شمار می روند. در این پژوهش 380 جدایه باکتریایی که از قسمت ریزوسفر پیاز در منطقه خمین استان مرکزی در سال 1389 جداسازی گردید و با روش کشت متقابل خاصیت آنتاگونیستی آنها در مقابل قارچ های fusarium oxysporum و pyrenocheata terrestris مورد بررسی قرار گرفت.میزان تاثیر جدایه های باکتریایی در کاهش یا کنترل پوسیدگی ریشه و طوقه پیاز در شرایط آزمایشگاهی و گلخانه مطالعه شد. در بررسی گلخانه ای از روش آغشته سازی خاک استفاده شد و برای مقایسه از قارچکش بنومیل استفاده گردید. قارچکش بنومیل هیچگونه تاثیر منفی در تکثیر جدایه های باکتری های آنتاگونیست نداشت. مطابق آزمایشات انجام گرفته برای شناسایی باکتری ها 5 جدایه مربوط به جنسspp. bacillus و 41 جدایه مربوط به جنسspp. pseudomonas بود.از میان 15 جدایه باکتریایی که در شرایط گلخانه روی قارچ fusarium oxysporum آزمایش شده بود جدایه های 19mm- و mm-b بیشترین تاثیر را درکاهش شدت بیماری به ترتیب با 35/1 و 53/2 درصد داشتند که در مقایسه با قارچکش بنومیل با 05/3 درصد کاهش در شدت بیماری دارای بیشترین کاهش شدت بیماری بودند. در بررسی جدایه های باکتری در شرایط گلخانه روی pyrenocheata terrestris جدایه19mm- ،252mm- و mm-f به ترتیب با05/1 ،57/1 و 87/1 درصد بیشترین کاهش در شدت بیماری در مقایسه با قارچکش بنومیل با 98/2 درصد شدت آلودگی در یک گروه قرار گرفتند. در آزمایشات ترکیبات فرار همه جدایه ها ی باکتری های آنتاگونیست توانستند قارچ pyrenocheata terrestris را کنترل کنند و در مورد قارچ fusarium oxysporum به جز جدایه252mm- باقی جدایه ها قادر به جلوگیری از رشد میسیلیومی قارچ فوق بودند. ترشحات مایع برون یاخته ای کلیه جدایه ها از رشد میسلیومی هر دو قارچ ممانعت به عمل آوردند . در آزمایشات جداگانه تاثیر دو نوع کمپوست( کمپوست مواد زائد گیاهی و کمپوست کود مرغی) در کنترل قارچهای های fusarium oxysporum و pyrenocheata terrestris مورد بررسی قرار گرفته است. نتایج نشان میدهد که استفاده از آنها هیچگونه تاثیر معنی داری در کنترل بیماری های مذکور نداشته اند و همچنین نقشی در افزایش عملکرد آن نیز نداشته اند.