در این تحقیق، مدل سازی غلظت آلاینده سنگین در مخزن سد مورد بررسی قرار گرفته است. به علت نبود داده های کافی در مورد اندازه گیری غلظت های آلاینده های سنگین در مخازن سدها در داخل کشور، منطقه مورد مطالعه در کشور اردن انتخاب شده است که به علت کمبود آب در این کشور، بحث کیفیت آب بسیار مهم بوده و با جدیت پیگیری می شود. با توجه به نوع مطالعه و داده های موجود، نرم افزار mike21 انتخاب شده است که مبتنی بر روش های تحلیل دینامیک سیالات محاسباتی می باشد و دارای ساختاری تحلیلی مبتنی بر اساس روش های عددی است. به طوری که مسائل جریان با استفاده از این روش های عددی قابل حل می باشند. تحلیل نرم افزار بر مبنای روش حجم محدود بوده و تاثیر مدل های مختلف پرانتل و آشفتگی ، در این نسخه از نرم افزار که دارای فضای تحلیل دو بعدی می باشد، در نظر گرفته شده است. داده های مورد نیاز برای اجرای شبیه سازی اعم از داده های بی بعد زمانی و یا طولی، بعد از جمع آوری، در نرم افزار وارد شده اند. یکی از مزیت های نرم افزار مذکور نسبت به سایر مدل سازی های انجام شده بر مبنای روش تفاضل محدود، قابلیت برهم نهی اثرات پارامترهای هیدرودینامیکی جریان با سایر بخش های مرتبط جریان همچون مدل های آلودگی، انتقال و هیدرولیک رسوب می باشد. در این راستا در منطقه مدل شده با توجه به داده های موجود تاثیرات پارامترهای هیدرودینامیک جریان با مدل آلودگی در نظر گرفته شده است. پس از اجرای اولیه نرم افزار، آنالیز حساسیت بر روی پارامترهای هیدرودینامیک جریان و مدل آلودگی انجام شده است و درجه بندی آنها مطابق با روش های ارائه شده در بخش مدل سازی با استفاده از روش های پیشنهاد شده در بسته نرم افزاری، تعیین شده اند و در نهایت با تعیین پارامترهای بهینه برای مدل هیدرودینامیک جریان با مدل آلودگی، با اعمال مراحل فوق، اجرای نهایی شبیه سازی انجام شده است. با توجه به داده های مشاهده ای و نتایج خروجی نرم افزار، مدل شبیه سازی شده با پارامترهای تعیین شده در هر دو بخش، با اندازه گیری های منطقه مورد مطالعه از تقریب قابل قبولی برخوردار است. فلزات سنگین مس، نیکل، آهن و سرب مورد بررسی قرار گرفتند که فلزات سرب و نیکل در محدوده خطرزا می باشند و فلزات آهن و مس در سطح مطلوب می باشند.