چکیده در این پایان نامه، خواص پیوندهای هیدروژنی در جفت بازهای dna (گوانین- سیتوزین و آدنین- تیمین) در حلال های آب، متانول و کلروفرم، با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مطالعه شدند و نتایج به دست آمده مقایسه شده و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. شبیه سازی های دینامیک مولکولی انجام شده نشان دادند که حلال های آب و متانول بر پیوندهای هیدروژنی جفت باز گوانین- سیتوزین، نسبت به جفت باز آدنین- تیمین، تأثیر بیش تری دارند. به این صورت که در سیستم های آدنین- تیمین در حلال های آب و متانول ساختارهای انباشته ی بیش تری مشاهده می-شود. در جفت باز گوانین- سیتوزین، محتمل ترین تعداد پیوندهای هیدروژنی بین جفت بازها، در حلال های آب و متانول صفر است. در آدنین- تیمین، محتمل ترین تعداد پیوند هیدروژنی در آب صفر است، اما در متانول این تعداد برابر با یک است. در حلال کلروفرم، پیوندهای هیدروژنی در طول شبیه سازی ها، برای هر دو جفت باز گوانین- سیتوزین و آدنین- تیمین نمی شکنند.