در این پژوهش بهینه سازی فرآیند تولید قطعه cd پروتئین نوترکیب باکتریورودوپسین در کشت غیر مداوم بررسی شد. بدین منظور، ابتدا بیان پروتئین نوترکیب در ارلن و در محیط های کشت m9 و lb بررسی شد. سپس متغیرهای دما، زمان القا و زمان اتمام فرآیند با استفاده از جدول yates غربال گری شده و در مرحله بعد با استفاده از روش تاگوچی با آرایه l9 بهینه شدند. بر اساس تحلیل های آماری، مقدار بهینه دماoc 37 ، زمان القا 7/0od= و زمان اتمام فرآیند 4 ساعت بدست آمد. نتایج نشان می دهد که این پروتئین باکتریوپسین دارای تأثیرات سمی بر میزبان بوده و ناپایدار است. میزان بیان این پروتئین پایین بود و بیان قطعه cd آن به 5/21% رسید. یکی از مشکلات تولید پروتئین های نوترکیب، اتمام ذخیره اسیدهای آمینه میزبان در زمان بیان پروتئین های نوترکیب است. غنی سازی محیط کشت با اسیدهای آمینه برای تولید پروتئین نوترکیب، مورد ارزیابی قرار گرفت. در این پژوهش اسیدهای آمینه ای که بیشترین مصرف را در تولید پروتئین دارند به محیط کشت افزوده شدند. با استفاده از جدول yates تأثیر غلظت اسیدهای آمینه، لوسین آلانین، ترئونین و آسپارتیک اسید بر میزان بیان پروتئین سنجیده شد. نتایج نشان دادند که افزودن اسیدهای آمینه آلانین، ترئونین و لوسین باعث افزایش 180% بیان پروتئین نوترکیب شده، اما تأثیر چندانی در رشد سویه ندارد.