ایران دارای غنی ترین ذخایر ژنتیکی پسته در جهان می باشد و به این سبب تنوع و تعداد ارقام پسته ایران در جهان بی نظیر است. این درخت دارای ارقام بسیاری در کشور است بطوریکه بعضی از ارقام در مناطق مختلف با اسامی متفاوت نامیده می شوند و این در حالی است که روابط ژنتیکی بین آنها بدرستی مشخص نمی باشد. اولین گام در زمینه بهنژادی پسته دستیابی به منابع ژنتیکی آن، بررسی تنوع ژنتیکی و روابط ژنتیکی بین ارقام می باشد. مطالعاتی که تاکنون در زمینه پسته انجام شده بیشتر بر اساس صفات مورفولوژیک یا آیزوزایمی بوده است و از نشانگرهای dna تنها نشانگر rapd و aflp برای بررسی روابط ژنتیکی تعدادی از ارقام پسته استفاده شده است. بنابراین در این پژوهش روابط ژنتیکی بین 31 رقم پسته با استفاده از 4 جفت آغازگر اختصاصی ریز ماهواره (ssr)، 10 آغازگر تصادفی rapd و 3 آغازگر issr مورد بررسی قرار گرفت. با استفاده از10 آغازگر انتخاب شده rapd تعداد 84 باند قابل امتیاز دهی با میانگین 8/4 تولید شد بطوریکه 59/52% از آنها چند شکل بودند. با استفاده از نشانگر issr تعداد 28 باند با میانگین 9/3 تولید شد بطوریکه 46/42% از آنها چند شکل بودند. الگوهای انفرادی حاصل از تجزیه ی خوشه ای بر اساس ضریب تشابه دایس (dice) و الگوریتمupgma در هر 3 سیستم نشانگر در مقایسه با همدیگر تا حدی متفاوت بودند، بنابراین ژنوتیپ های مورد مطالعه در گروه های متفاوتی بسته به نوع نشانگر به کار رفته قرار گرفتند. دندروگرام upgma عمومی که با استفاده از داده های ترکیبی هر سه مجموعه نشانگر ساخته شد تا حدی مشابه با دندروگرامهای بدست آمده با هر کدام از نشانگرها در حالت انفرادی بود. تجزیه به مختصات اصلی (pca) عمومی بر اساس ماتریسهای تشابه ژنتیکی نشان داد که سه مولفه اول 28/46% از کل تنوع ژنتیکی را توجیه می کنند، بنابراین نتایج حاصل از تجزیه به مختصات اصلی، نتایج تحزیه خوشه ای را توجیه می کند. در مجموع چهار آغازگر ssr 11 آلل را درمیان 31 ژنوتیپ پسته با میانگین 75/2 تولید کردند و در تمام جایگاه ها 100% چند شکلی مشاهده شد. پایین بودن میانگین محتوای اطلاعات چند شکل (0/4374) نشان داد که تشابه ژنتیکی بالایی میان ژنوتیپ ها وجود دارد و بنابراین به آغازگرهای ssr چند شکل بیشتری نیاز می باشد. نتایج بدست آمده نشان داد که دو جایگاه 42ptms و 41ptms دارای انحراف از تعادل هاردی- واینبرگ می باشند. مطالعه شاخص اطلاعات شانون و معیار pic (محتوای چندشکلی) نیز نشان داد که جایگاه 14ptms دارای بیشترین تنوع و جایگاه 42ptms دارای کمترین تنوع در بین جایگاه های مورد مطالعه می باشد. نتایج بدست آمده نشان داد که هرسه سیستم نشانگر توانایی تعیین هویت وآشکارسازی تنوع را در بین ارقام پسته دارا می باشند. بر طبق شاخص نسبت چند گانه موثر (emr) و شاخص راندمان ارزیابی (aei)، معلوم گردید که در پژوهش فعلی نشانگرrapd قدرتمندترین نشانگر در تمایر ژنوتیپ ها بود و به دنبال آن به ترتیب نشانگرهای issr و ssr قرار داشتند. نشانگرهای issr و ssr به دلیل تولید باندهایی با تکرار پذیری بیشتر معتبرترند و نشانگر rapd بر issr ترجیح داده می شود.