آستاگزانتین یک رنگدانه کاروتنوئیدی مسئول رنگ قرمز است که در صنایع غذایی، داروسازی، شیمیایی و آبزی پروری مورد توجه خاصی قرار گرفته است. میزان تولید آستاگزانتین در سویه وحشی مخمر فافیا پایین می باشد به این جهت اقدام به تولید جهش یافته مخمر فافیا با قابلیت تولید بالای آستاگزانتین با استفاده از اشعه گاما شد. در این تحقیق جهش در سویه مخمرphaffia rhodozyma jh-82 با غلظت های مختلفی از پرتو گاما (kgy1، 2، 3، 5/3، 4، 5/4، 5، 5/5، 6 و 7) انجام و در نهایت 10 جهش یافته جداسازی شد. یکی از جهش یافته ها قادر به تولید آستاگزانتین به میزان 5/2562 میکروگرم در هر گرم وزن خشک بود که نسبت به سویه پایه در حدود 13 برابر افزایش تولید آستاگزانتین را نشان داد. بررسی نتایج جداسازی کاروتنوئید آستاگزانتین در صفحه tlc مشخص کرد که سوش jh-82 و جهش یافته gam1 فافیا رودوزیما به ترتیب 9 و 8 کاروتنوئید مختلف تولید می نمایند. در آنالیز rapd با استفاده از 10 آغازگر و 11 سوش مخمر فافیا 95 باند تولید شد. بیشترین تعداد بانددهی مربوط به آغازگر j20 و کمترین تعداد بانددهی مربوط به آغازگر f بود. درصد چندشکلی از 0% در آغازگر f تا 70% برای آغازگر a16 متغیر و متوسط بانددهی برای هر آغازگر 5/9 بود. تجزیه ی کلاستر بر اساس حضور یا عدم حضور باند با استفاده از ضریب تشابه جاکارد به روش upgma انجام گرفت و بر اساس دندروگرام حاصل، نمونه ها در 4 گروه طبقه بندی شدند که سوش وحشی در یک گروه مجزا از سوش های جهش یافته قرار گرفت. با استفاده از pcr، ژن آستاگزانتین سنتتاز در سوش وحشی و 2 سوش جهش یافته تکثیر و سپس توالی یابی شد. مقایسه این ژن در سوش وحشی و جهش یافته ها در بانک ژن ncbi نشان داد که سوش وحشی با 2 سوش جهش یافته از لحاظ ژنتیکی متفاوت است.