کوکسیدیوز بیماری مهم طیور است. این بیماری نوعی عفونت روده ای است که به وسیله انگل های تک یاخته داخل سلولی متعلق به گونه های مختلف آیمریا ایجاد می شود. این بیماری ضربه اقتصادی مهمی به پرورش دهندگان و به صنعت جهانی طیور دارد. با توجه به این حقیقت که تشخیص گونه های آیمریا در هر منطقه در پیش گیری، کنترل و یا به کارگیری سیاست های درمانی مناسب حائز اهمیت است، لذا هدف از بررسی حاضر شناسایی عوامل مولد کوکسیدیوز تحت بالینی در مرغان بومی اهواز می باشد. بدین منظور 103 قطعه مرغ بومی از نواحی مختلف شهر اهواز خریداری و آسان کشی شدند و پس از جداسازی اُاُسیست های انگل از پرندگان آلوده، اسپوروزوئیت ها از اُاُسیست ها و دیواره اسپوروسیست ها با سونیکاسیون آزاد شدند و اسپوروزوئیت ها با استفاده از کیت استخراج کیاژن مطابق دستور کارخانه سازنده جداسازی شد. dna سپس واکنش زنجیره ای پلی مراز با هدف شناسایی ژن its-1 برای 5 گونه آیمریا انجام شد. نتایج میکروسکوپیک نشان داد 63 قطعه از پرندگان (1/61 درصد) به آیمریا آلوده بودند. آیمریا آسرولینا، آیمریا ماگزیما، آیمریا برونتی و آیمریا میتیس در pcr مورد تشخیص قرار گرفتند. بررسی حاضر بیان گر این بود که مرغ های بومی نقش مهمی در اپیدمیولوژی و انتشار آلودگی آیمریا در مزارع مرغ های صنعتی دارند.