گوجه فرنگی دومین سبزی پر ارزش از نظر اقتصادی می باشد. یکی از بیماری های مهم این گیاه که سالانه مقادیر زیادی از محصول گوجه فرنگی را از بین می برد، بیماری لکه موجی می باشد. عامل ایجاد این بیماری گونه های مختلف قارچ alternaria می باشد. به منظور شناسایی گونه های مختلف جنس alternaria از برگ ها و میوه های گوجه فرنگی آلوده به بیماری لکه موجی از مزارع مختلف در استان اصفهان نمونه برداری صورت گرفت. عامل بیماری زا از نمونه های مشکوک جداسازی و خالص سازی شد. در این مطالعه 200 جدایه از جنس alternaria جداسازی شد. برای شناسایی، جدایه ها روی محیط کشت potato carrot agar در دمای c?25-20 و در شرایط نوری 8 ساعت روشنایی (لامپ سفید فلورسنت) و 16 ساعت تاریکی قرارگرفتند. جدایه های خالص سازی شده جنس alternaria با استفاده از کلید شناسایی آلترناریا در سطح گونه شناسایی شدند. جدایه ها متعلق به نُه گونه a. alternata، a. infectoria، a. arborescens، a. dumosa، a. radicina، a. petroselini، a. tomaticola، a. merytae و a. mimiculaبودند. گونه a. infectoria بیشترین فراوانی را نسبت به سایر گونه ها داشت. گونه های a. tomaticola ، a. merytae و a. mimicula برای اولین بار از ایران گزارش و توصیف شدند. آزمون بیماری زایی در شرایط گلخانه در قالب طرح کاملاً تصادفی با شش تکرار روی رقم rutgers انجام شد. نتایج حاصل از مقایسه میانگین ها بر اساس آزمون چند دامنه ای دانکن در سطح 1 درصد و 5 درصد نشان دادند که شدت بیماری زایی بین گونه های مختلف دارای اختلاف معنی دار نمی باشد. در این آزمون تفاوتی در زمان ظهور نشانه های بیماری وجود نداشت. بیماری زایی تمام گونه های شناسایی شده روی گوجه فرنگی به اثبات رسید. جهت بررسی روابط بین گونه ها، ناحیه igs انتخاب شد. پس از استخراج dna ناحیه igsبه وسیله آغازگرهای gva#30 و igs27 در پنج گونه a. alternata، a. infectoria، a. arborescens، a. dumosa و a. tomaticolaتکثیر شد. قطعات تکثیر شده اندازه بین 2900-2200 جفت باز داشتند. با استفاده ازآنزیم های برشی dra?، hind? و ecor? هضم آنزیمی انجام شد. نتایج حاصل از pcr-rflp نشان داد گونه های a. alternata و a. tomaticola با وجود تفاوت های مرفولوژیکی زیادی که دارند ضریب تشابه بالایی از نظر ژنتیکی در ناحیه igs نشان دادند. دو گونه a. dumosa و a. arborescens از نظرمرفولوژیکی شباهتهایی از نظر شکل کنیدی ها و تفاوتهایی از نظر نحوه رشد و اندازه کنیدیوفور دارند که از نظر ژنتیکی با 56% تشابه از یکدیگر تفکیک شدند. گونه های a. arborescens و a. dumosa از گونه های a. alternata ، a. tomaticola و a.infectoria با ضریب تشابه 43 در صد تفکیک شدند و گونهa. infectoria از دو گونه a. alternata و a. tomaticola با ضریب شباهت 68 درصد تفکیک شد.