در فصل سوم، هدف ما ایجاد بینشی از تاثیر کاتیون فلزات بر روی آروماتیسیته اسید های آمینه است. تخمین شاخص های عدم استقرار شش مرکزی بر اساس مفهوم نظریه کوانتومی اتم ها در مولکول ها انجام شده است. نتایج نشان دادند که کاتیون فلزات بطور متفاوتی بر روی سه اتصال موجود اثر می گذارند. همچنین نشان داده می شود که حضورکاتیون ها ی فلزات می تواند عدم استقرار دو مرکزی را در بخش های خاصی از حلقه آروماتیک افزایش دهند. در فصل چهارم، آدنوزین 5- تری فسفات (atp) و گوانین 5- تری فسفات (gtp) را به همرا دو ترکیب دیگر ریبوز 5- فسفات و تری فسفات مطالعه کرده ایم. توانایی آزاد سازی اسید فسفریک انتهایی و پیوند های هیدروژنی درون مولکولی ساختارها در فاز گازی مورد بررسی قرار گرفته شده است. ما نشان داده ایم که آزاد سازی اسید فسفریک انتهایی در atp و gtpدر مقایسه با گونه های دیگر در حضور ریبوز و قند آسان تر می گردد. در فصل پنجم، نشان داده ایم که در فرم انولی سیستم های rahbناجور اتم ، پیوند هیدروژنی دارای خصلت جزیی کوالانسی اضافه بر طبیعت الکتروستاتیک می باشد. پارامتر های مختلفی از جمله بیضیت پیوند، شاخص های عدم استقرار? و برابری پیوند نمی توانند در اثبات اثر مزدوج شدن بر روی قدرت پیوند هیدروزنی سیستم هایrahbکمک کننده باشند. در فصل ششم، محاسبات تابع چگالی در مدل سازی برهمکنش های سه گونه مختلف لیتیم با مکانهای فعال در پایدارترین توتومرهای بازهای نوکلئوییک dna انجام گرفته است. نتایج محاسبه شده ما نشان دادند که ترتیب تمایل لیتیم در بازهای dnaبرای تمام گونه ها بصورت گوانین >سیتوزین>آدنین>تیمین می باشد. کمپلکس های دو دندانه تمایل لیتیم بیشتری دارند و اکسیژن کربونیل بطورکلی بر نیتروژن آمینو ارجحیت دارد.