میکروفلور طبیعی به میکروارگانیسم هایی اطلاق می گردد که بصورت مداوم درجایگاه های آناتومیک خاص در فرد سالم زندگی می کنند. این میکروارگانیسم ها روی پوست و غشاهای مخاطی بدن جاندار از ابتدای تولد تا مرگ زندگی می کنند. تعداد و نوع میکروفلورها بسته به مکان آناتومیکی و سن جاندار متفاوت و متنوع می باشد. از آنجائیکه گاز گرفتن حیوانات در انسان، می تواند با عوارض جزئی و یا بسیار شدید و حتی کشنده همراه باشد و همچنین اجرام عفونت زا در زخم های حاصل از گاز گرفتن یا خراش گربه و سگ معمولا در ارتباط با میکروفلور دهان می باشند و با توجه به اهمیت بیماری های منتقل شده از طریق گاز گرفتن حیوانات به انسان، به نظر میرسد بررسی فلورباکتریایی دهان سگ و گربه با توجه به تغییراتی که در شرایط محیطی مختلف می تواند داشته باشد، برای جهت گیری های درست در پیشگیری و درمان در انسان لازم می باشد.لذا در این تحقیق بر آن شدیم تا فلور باکتریال هوازی محوطه دهانی سگ ها و گربه های اهلی منطقه ی اصفهان موررد بررسی قرار گیرد. نمونه گیری در طی6 ماه و در 4 مرحله صورت پذیرفت. تمام سگ ها و گربه های مورد آزمایش، خانگی بودند و از لحاظ بهداشتی (واکسیناسیون، خوردن داروی ضدانگل و...) تحت مراقبت دامپزشک قرار داشتند. باکتری های جدا شده از محوطه ی دهانی سگ ها عبارت بودند از staphylococcus (60/27%) streptococcus(21/69%)، bacillus(6/04%) ،klebsiella (2/4%) ، salmonella (2/4%) ، pyoyersinia (2/4%) ، (2/4%)،actinobacilly (2/4%) باکتری های جدا شده از محوطه ی دهانی گربه ها هاعبارت بودند از staphylococcus(30/26%)streptococcus (31/57%)choromobacterium (1/33%) ، bacillus(7/98%)، entrobactrice(5/26%) actinobacter (5/26%)، pasturella (10/52%)، corinebacterium (2/56%).