هدف اصلی در پژوهش های ژنومی حیوانات اهلی تهیه نقشه های ژنومی جامعی است که بتواند شناسایی جایگاه های موثر بر صفات مهم اقتصادی را امکان پذیر سازد. انتظار می رود که شناسایی چنین جایگاه¬هایی منجر به طراحی برنامه های کارآمد اصلاح نژادی، خصوصاً انتخاب به کمک نشانگر (mas) و در نتیجه افزایش صحت و پیشرفت انتخاب در حیوانات مزرعه¬ای شود. هدف مطالعه حاضر مکان یابی فیزیکی مقایسه ای کلون های bac گاوی حاوی ژن های باروری فاکتور رشد تمایز یافته 9 (gdf9)، پروتئین ریخت زای استخوان 15 (bmp15) و گیرنده نوع یک آن (bmpr1b) با استفاده از تکنیک هیبرید سازی در محل فلورسنتی (fish) برای اولین بار روی کروموزوم های r- باندینگ گاو (bta, 2n=60)، گاو میش رودخانه ای (bbu, 2n=50)، گوسفند (oar, 2n=54) و بز (chi, 2n=60) با توجه به استاندارد iscndb 2000 بوده است. برای تهیه کروموزوم های r- باند شده با وضوح زیاد، نمونه های خون کامل از گونه های مورد مطالعه با وارد سازی دیر هنگام brdu و hoechst33258 کشت شدند. کلون های bac حاوی ژن های مورد نظر از روی آخرین سازه ژنوم گاوی با توجه به گردآوری های توالی ژنوم گاوی umd_3.1 و btau_4.6.1 شناسایی شده و سپس از کتابخانه bac گاوی موسسه inra تهیه شدند. پس از کشت کلون ها، استخراج dna و نشاندار سازی آن با روش nick translation، اسلایدهای متافازی در حضور cot-l dna گاوی به مدت یک شب تحت تیمار fish قرار گرفتند. مراحل ردیابی سیگنال های fitc و تهیه متافازهای rbpi- باندینگ به ترتیب با استفاده از سیستم آنتی بادی های fitc-avidin و anti-avidin و رنگ آمیزی اسلایدها با پروپیدیوم آیوداید انجام شد. تجزیه و تحلیل fish موقعیت دقیق فیزیکی و باندهای کروموزومی مربوط به ژن های مورد مطالعه را روی متافازهای گاو، گاومیش رودخانه ای، گوسفند و بز نشان داد. جایگاه دقیق فیزیکی ژن bmpr1b در گاو، گوسفند و بز یکسان بود (bta/oar/chi6q15). در گاومیش رودخانه ای، ژن bmpr1b روی موقعیت bbu7q21 مکان یابی شد. ژن bmp15 در گاو و گاومیش رودخانه به ترتیب روی btaxq31 و bbuxq36 و در موقعیت همولوگ (oar/chixq24) در گوسفند و بز مکان یابی شد. برای جایگاه gdf9، موقعیت های کروموزومی bta7q22.3، bbu9q24، oar5q22.3 و chi7q22.3 به ترتیب برای گاو، گاومیش رودخانه ای، گوسفند و بز شناسایی شدند. داده های حاصل شده از مطالعه حاضر علاوه بر توسعه نقشه های سیتوژنتیک گونه های مطالعه شده باعث توسعه اتصال نقشه های ژنتیکی روی باندهای اختصاصی کروموزومی شده و همچنین می تواند برای مطالعات ساختاری و عملکردی دقیق تر ژن های اخیر مخصوصاً در گاوسانان مورد استفاده قرار گیرد. انتظار می رود که علاوه بر ردیابی دقیق موقعیت مکانی ژن ها روی کروموزوم ها، بتوان هر چه بیشتر از تکنیک های مبتنی بر سیتوژنتیک مولکولی در مطالعات مرتبط به شناسایی نواقص کروموزومی و امکان ارتباط آن ها با صفات اقتصادی، خصوصاً صفات تولید مثلی در دام های اهلی استفاده نمود. قابل ذکر است که شناسایی موقعیت مکانی ژن ها روی کروموزوم ها، منجر به این خواهد شد که ردیابی qtlها در حوالی این ژن ها هر چه سریع تر و با هزینه کمتر گیرد.

هدف از پژوهش حاضر بررسی چند شکلی های موجود در ژن هورمون رشد فیل ماهی و قره برون با استفاده از تکنیک pcr-sscp و همچنین ارزیابی ارتباط این چند شکلی ها با صفات مرتبط به رشد ماهی (فاکتور وضعیت، طول و وزن بدن) بوده است. در این تحقیق تعداد 150 قطعه فیل ماهی (120 قطعه نمونه یک ساله و 30 قطعه نمونه دو ساله) و 95 قطعه قره برون (55 قطعه نمونه 8 ساله و 40 قطعه نمونه 5/6 ساله) به طور تصادفی انتخاب شده و نمونه های مورد نیاز برای استخراج dna از باله دمی جداسازی شدند. پس از استخراج dna به روش نمکی بهینه یافته، یک قطعه 380 جفت بازی از ناحیه اگزون 4، اینترون 4 و اگزون 5 ژن مورد نظر تکثیر شد. تعیین ژنوتیپ افراد به روش sscp سه الگوی باندی مختلف a, b, c را در نمونه های فیل-ماهی برای جایگاه مورد نظر به ترتیب با فراوانی های 40، 54 و 6 درصد برای نمونه های یک ساله و ژنوتیپ های a، b وc به ترتیب با فراوانی های 35، 60 و 5 درصد برای نمونه های دو ساله مشاهده شد. در نمونه های قره برون سه الگوی باندی مختلف f,g, h به ترتیب با فراوانی های 48، 24، 28 درصد برای نمونه های 5/6 ساله و ژنوتیپ های f، g وh به ترتیب با فراوانی های 44، 27 و 29 درصد برای نمونه های 8 ساله مشاهده شدند. در گونه فیل ماهی ژنوتیپ b دارای بیشترین فراوانی و در گونه قره برون ژنوتیپ f دارای بیشترین فراوانی ژنوتیپی بود. تجزیه و تحلیل نشانگر- صفت با استفاده از نرم افزار آماری sas ارتباط معنی دار آماری (p<0.05) را بین الگوهای باندی و صفت طول در گونه قره برون نشان داد به طوری که افراد با ژنوتیپ f دارای کمترین طول بدن بودند. در گونه فیل ماهی هیچ ارتباط معنی دار آماری بین الگوهای باندی مشاهده شده و صفات مورد مطالعه مشاهده نشد. نتایج پژوهش حاضر نشان می دهد که ژن هورمون رشد به عنوان یک ژن کاندید احتمالی برای صفات رشد در جمعیت ماهیان خاویاری باید بیشتر مورد مطالعه قرار گیرد.

هدف از پژوهش حاضر بررسی چند شکلی های موجود در ژن igf-i فیل ماهی و قره برون با استفاده از تکنیک pcr-sscp و همچنین بررسی ارتباط این چند شکلی ها با صفات مرتبط به رشد ماهی (فاکتور وضعیت, طول و وزن بدن) بوده است. در این تحقیق تعداد 150 قطعه فیل ماهی (120 قطعه نمونه یک ساله و 30 قطعه نمونه دو ساله) و 95 قطعه قره-برون (55 قطعه نمونه 8 ساله و 40 قطعه نمونه 5/6 ساله) به طور تصادفی انتخاب و نمونه های مورد نیاز برای استخراج dna از باله دمی جداسازی شدند. dna به روش نمکی بهینه یافته استخراج و دو قطعه 171 و 362 جفت بازی به ترتیب از نواحی5/-utr و 3/-utr ژن مورد نظر تکثیر شدند. تعیین ژنوتیپ افراد به روش sscp وجود پنج الگوی باندی مختلف a, b, c, d, e را در نمونه های فیل ماهی برای جایگاه 171 جفت بازی به ترتیب با فراوانی های 2/29، 76/.، 92/16، 53/51 و 10درصد برای نمونه های یک ساله و ژنوتیپ های a، c وd به ترتیب با فراوانی 45، 10 و 45 درصد برای نمونه های دو ساله نشان داد. برای این جایگاه نشانگری در نمونه های قره برون، سه الگوی باندی مختلف m, k ,g به ترتیب با فراوانی های 13، 35، 52 درصد برای نمونه های 5/6 ساله و ژنوتیپ های g، k وm به ترتیب با فراوانی های 12، 42 و 46 درصد برای نمونه های 8 ساله مشاهده شدند. برای جایگاه 362 جفت بازی در گونه فیل ماهی سه الگوی باندی متفاوت شامل a، b، c به ترتیب با فراوانی های 3/62، 69/27 و 76/10 درصد برای نمونه های یک ساله و فراوانی20، 60 و 20 درصد برای نمونه های دو ساله مشاهده شد. در این جایگاه نشانگری، 3 الگوی باندی مختلف برای نمونه های قره برون به ترتیب با فراوانی های 5/37، 45 و 5/17 درصد برای نمونه های 5/6 ساله و فراوانی 25، 53 و 22 درصد برای نمونه های 8 ساله مشاهده شد. در گونه فیل ماهی ژنوتیپ a در جایگاه ژنی 3/-utr و ژنوتیپ d درجایگاه ژنی 5/-utr دارای بیشترین فراوانی ژنوتیپی و در گونه قره برون ژنوتیپ k در جایگاه ژنی 3/-utr و ژنوتیپ m درجایگاه ژنی 5/-utr دارای بیشترین فراوانی ژنوتیپی بود. تجزیه و تحلیل نشانگر- صفت با استفاده از نرم افزار آماری sas هیچ ارتباط معنی دار آماری را بین الگوهای باندی مشاهده شده در جایگاه های نشانگری و صفات مورد مطالعه در گونه فیل ماهی و قره برون نشان نداد. با توجه به اهمیت جایگاه igf-i به عنوان یک ژن کاندید احتمالی موثر بر صفات مرتبط به رشد به نظر می رسد که این جایگاه ژنی باید بیشتر در این جمعیت ها مورد مطالعه قرار گیرد.

هورمون رشد (gh) مهم ترین هورمون کنترل کننده رشد سلول های سوماتیک و موثر در سنتز پروتئین، چربی و کربوهیدرات ها می باشد. هدف از پژوهش حاضر شناسایی چند شکلی های ژن gh-1در ماهی کپور معمولی و gh-2 در ماهی سفید با استفاده از تکنیک pcr-sscp و ارتباط آن با صفات مرتبط به رشد (فاکتور وضعیت، طول و وزن بدن) بوده است. تعداد 150 قطعه ماهی کپور در 4 گروه سنی 4، 6، 12و 24 ماهه و 150 قطعه ماهی سفید در سن 3 ماهگی به طور تصادفی انتخاب و از باله دمی برای استخراج dna استفاده شد. پس از استخراج dna به روش نمکی بهینه یافته، دو قطعه به اندازه 373 و 410 جفت باز به ترتیب برای جایگاه های ژنی gh-1در ماهی کپور معمولی و gh-2 در ماهی سفید تکثیر و تعیین ژنوتیپ افراد به روش sscpانجام گرفت. در نمونه های مورد مطالعه 8 الگوی باندی متفاوت a، b، c، d، e، f، g و h در جمعیت کپور ماهیان بهترتیببافراوانی های 33/31، 67/10، 67/20، 67/22، 4، 2، 67/2 و 6 درصد و 3 الگوی باندی متفاوت a، b و c به ترتیب با فراوانی 67/24، 67/58 و 67/16 درصد در جمعیت ماهی سفید مشاهده شد. تجزیه و تحلیل نشانگر- صفت ارتباط معنی دار آماری بین ژنوتیپ های مختلف ژن gh-2 ماهی سفید با صفات وزن، طول بدن و فاکتور وضعیت وجود ندارد. همچنین بین ژن gh-1 ماهی کپور در سه گروه سنی 4 ماه، 6 ماه و 12 ماه با صفت وزن ارتباط معنی دار آماری (05/0>p) وجود دارد در حالی که با صفات طول و فاکتور وضعیت ارتباط معنی داری مشاهده نشد. آزمون چند دامنه ای دانکن برای جمعیت ماهیان کپور معمولی در سه گروه سنی 4 ماه، 6 ماه و 12 ماه نشان داد که ماهیان با ژنوتیپ دارای الگوی باندی d به طور معنی داری (05/0>p) دارای وزن بیشتری نسبت به سایر ژنوتیپ ها بودند. همچنین آزمون چند دامنه ای دانکن برای ماهی سفید نشان داد که افراد با ژنوتیپ c،cf بالاتری (05/0>p) نسبت به افراد با ژنوتیپ a داشتند. از نظر صفات وزن و طول در داخل جمعیت ماهیان سفید، هیچ کدام از ژنوتیپ ها با یکدیگر اختلاف معنی دار نداشتند. نتایج تعیین توالی قطعه تکثیری در ماهی سفید نشان داد که در الگوی باندیc، نه snp به صورت تغییرنوکلوتیدیt به g در موقعیت 82 جفت بازی، a به c در موقعیت 113 جفت بازی، g به a در موقعیت 207 جفت بازی، g به a در موقعیت 254 جفت بازی، g به a در موقعیت 269 جفت بازی، g به a در موقعیت 296 جفت بازی، a به g در موقعیت 307 جفت بازی، c به a در موقعیت 308 جفت بازی و g به a در موقعیت 346 جفت بازی رخ داده است. همچنین در موقعیت 366 جفت بازی در الگوی باندی b یک جهش از نوع حذف مشاهده شد. مشاهده هشت الگوی باندی مختلف در جایگاه مورد مطالعه در این پژوهش نشان دهنده تنوع زیاد در جایگاه ژنی gh-1 در جمعیت ماهیان کپور معمولی می باشد. بنابراین با توجه به اهمیت اقتصادی ماهی کپور معمولی و ماهی سفید در صنعت پرورش و وجود همبستگی بین چندشکلی های مشاهده شده و صفات رشد احتمالا بتوان از این جایگاه نشانگری در برنامه های اصلاح ن ژادی در جمعیت های مورد مطالعه بهره برد. به هر حال جهت دست یابی به نتایج مطمئن نیاز به تکرار آزمون با تعداد نشانگر بیشتر از این جایگاه های ژنی و اندازه نمونه های بزرگ تر از این جمعیت ها می باشد.