هدف تحقیق حاضر بررسی تاثیر اتوماسیون اداری بر عملکرد بر اساس مدل کارت ارزیابی متوازن (bsc) در دانشگاه علوم پزشکی زاهدان است. روش تحقیق، توصیفی و از نوع پیمایشی است. جامعه آماری آن کلیه مدیران و کارکنان دانشگاه علوم پزشکی شهرستان زاهدان با تعداد 212 نفر بوده است، از بین این جامعه 131 نفر به عنوان نمونه، ابتدا به شیوه نمونه گیری هدفدار و سپس به صورت تصادفی انتخاب گردید. تعیین تاثیر بکارگیری اتوماسیون اداری بر عملکرد دانشگاه علوم پزشکی زاهدان بر اساس الگوی کارت ارزیابی متوازن به عنوان هدف اصلی تحقیق و تعیین تاثیر بکارگیری اتوماسیون اداری بر بهبود فرآیندهای داخلی، افزایش رشد و یادگیری، افزایش رضایت مشتریان و میزان بهبود مالی در سازمان مورد مطالعه به عنوان اهداف فرعی تحقیق مورد بررسی قرار گرفت. ابزار بکار رفته در این پژوهش، پرسشنامه محقق ساخته که بخش اول آن سئوالات عمومی و بخش دوم آن سئوالات اختصاصی بر اساس طیف لیکرت بود. پایایی پرسشنامه 876/ . به دست آمد و تجزیه و تحلیل داده های پژوهش در دو سطح آمار توصیفی و استنباطی صورت گرفت. یافته های پژوهش نشان داد که بیشترین تاثیر اتوماسیون اداری بر بهبود مالی و کمترین تاثیر مربوط به افزایش رشد و یادگیری بوده است. در مجموع اینگونه به دست آمد که بکارگیری اتوماسیون اداری باعث بهبود عملکرد دانشگاه علوم پزشکی شهرستان زاهدان شده است.