توسعه کشاورزی یکی از شروط اصلی تامین نیازهای غذایی جمعیت روز افزون جهان می باشد. از سویی جلوگیری از شور و ماندابی شدن اراضی کشاورزی می تواند جزو راهکارهای اساسی حفاظت منابع آب و خاک باشد. شبیه سازی جریان آب زیرزمینی توسط مدل های ریاضی، به عنوان یک روش غیر مستقیم می تواند باعث کاهش هزینه در بخش مدیریت آب زیرزمینی گردد. مدل ریاضی modflow، به عنوان رایج ترین برنامه کامپیوتری جهت شبیه سازی سیستم های آب زیرزمینی در جهان مطرح می باشد. مخازن چاه نیمه در شرق و در بالا دست دشت سیستان واقع گردیده اند از سویی دریاچه هامون هیرمند در پایین دست این دشت قرار گرفته است. در این تحقیق پس از کالیبراسیون و صحت سنجی مدل modflow، متوسط ضریب هدایت هیدرولیکی محدوده مورد مطالعه m/day 2 محاسبه گردید که این مقدار از سمت شرق به غرب کاهش می یابد. مقدار آبدهی ویژه محاسبه شده بین 0/011 در مرکز دشت تا 0/17 در نزدیکی رودخانه سیستان متغیر می باشد. در این تحقیق با تعریف سناریوهای مختلف مدیریتی در مدل، تاثیر مخازن چاه نیمه و دریاچه هامون بر سطح ایستابی دشت سیستان شبیه سازی گردید. نتایج شبیه سازی در حداکثر تراز آب مخازن چاه نیمه و دریاچه هامون، افزایش ارتفاع آب زیرزمینی دشت را نشان می دهد. بر اساس نقشه های ترسیم شده با نرم افزار arc gis در چنین شرایطی سطح آب زیرزمینی در 33/5 درصد از اراضی منطقه در عمقی کمتر از 1 متر از سطح خاک قرار می گیرد. بنابراین بهره برداری از مخازن چاه نیمه با حداکثر تراز آب زیرزمینی در دراز مدت باعث افزایش اراضی ماندابی در دشت گردیده و توصیه نمی شود.

آگاهی از میزان تأثیرات متقابل جریان رودخانه و سطح ایستابی، با توجه به شرایط حاکم بر منطقه می تواند در اعمال مدیریت بهتر بهره برداری از منابع آبی آن کمک شایانی نماید. عمده ترین منبع تأمین آب دشت سیستان، رودخانه سیستان است. این رودخانه شاخه ای منشعب از رودخانه هیرمند می باشد. آورد سالیانه رودخانه سیستان حدود 2600 میلیون متر مکعب در سال می باشد. دشت سیستان منطقه ای خشک و کم آب، با شیب کم و سطح ایستابی بالا می باشد. کشاورزی در بین مردم این خطه سابقه طولانی دارد. مدل ریاضی modflow مدلی رایج در شبیه سازی انواع جریان های ماندگار و انتقالی در آبخوان های آزاد و تحت فشار با در نظر گرفتن فرآیندها و خصوصیاتی نظیر رودخانه ها، زهکش ها، چاه ها، تبخیر و تعرق و تغذیه می باشد. از آنجایی که تاکنون مطالعه علمی مجزایی جهت بررسی میزان تأثیر رودخانه سیستان بر سطح ایستابی منطقه شیب آب انجام نشده است، در این تحقیق با استفاده نرم افزار modflow، تأثیر سناریوهای مختلف سطح جریان رودخانه سیستان بر سطح ایستابی منطقه شیب آب دشت سیستان مورد بررسی قرار گرفت. پس از کالیبراسیون و صحت سنجی مدل modflow، متوسط ضریب هدایت هیدرولیکی محدوده مورد مطالعه m/day 2 محاسبه گردید. مقدار آب دهی ویژه محاسبه شده بین 08/0 تا 2/0 متغیر است. در این تحقیق با تعریف سه سناریوی مختلف، تأثیر تراز های مختلف آب در رودخانه سیستان بر سطح ایستابی منطقه شیب آب شبیه سازی گردید. نتایج شبیه سازی در تراز حداکثر رودخانه سیستان و مخازن چاه نیمه و نیز دریاچه هامون افزایش سطح ایستابی را نشان می دهد. بر اساس نقشه های ترسیم شده با نرم افزار arc gis، 33/34 درصد از اراضی منطقه در عمقی کمتر 1 متر از سطح زمین قرار گرفتند. در شرایط جریان میانگین 08/23 درصد اراضی زیر 1 متر قرار گرفتند و در شرایط خشک بودن رودخانه سیستان تنها 05/7 درصد از اراضی زیر 1 متر قرار گرفت. بنابراین در شرایط سیلابی رودخانه به علت اینکه درصد بالایی از اراضی منطقه ماندابی می شوند، باید برای ذخیره آب مازاد چاره ای اندیشید.