مولکول dna به عنوان یک پلیمر ناهمسانگر انعطاف پذیر حاوی اطلاعات زیستی می باشد که بهره برداری از آن ها نیاز اساسی به برهمکنش های پروتئین- dna دارد. اتصال dna به پروتئین ها موجب سازماندهی و بسته بندی آن در داخل هسته ی سلول شده، نسخه برداری از آن و خواندن ژن ها را ممکن می کند. مهمترین ویژگی dna، انعطاف پذیری آن است. به دلیل اهمیت dna، مطالعه خواص فیزیکی آن نیز ارزشمند بوده و مورد توجه بیوفیزیک دانان است. مدل سازی ابزار مناسبی است که به وسیله ی آن می توان ویژگی هایی نظیر کشش، خمش و پیچش را درdna توضیح داد. در این پایان نامه ابتدا طول ایستایی dna در دو بعد و سه بعد توسط مدل زنجیره کرم مانند و با استفاده از شبیه سازی متروپلیس مونته کارلو و با در نظر گرفتن ناهمسانگردی و جفت شدگی پیچشی-خمشی تعیین می شود. نشان داده می شود که اگرچه جفت شدگی پیچشی-خمشی تاثیر بسیار ناچیزی در طول ایستایی در سه بعد دارد ولی باعث افزایش طول ایستایی به اندازه 8% در دو بعد می شود. همچنین با ارائه مدل میله کشسان، انرژی dna را به دست آورده و با کمینه کردن انرژی و حل معادلات به روش عددی توسط نرم افزار auto07-p به مطالعه ی ساختار فضایی dna تحت شرایط اولیه مختلف با قیود انتگرالی متفاوت پرداخته و اثرات ناهمسانگردی و جفت شدگی پیچشی-خمشی در ساختار dna و انرژی آن بررسی می شود. ناهمسانگردی هم در دو بعد و هم در سه بعد باعث کاهش انرژی dna تغییر شکل یافته می شود ولی اثر جفت شدگی در دو بعد به صورت کاهش انرژی ظاهر می شود و در سه بعد انرژی را افزایش می دهد که در هر دو این حالت ها تغییر انرژی از مرتبه ی 2%-3% می باشد.