هدف از انجام این تحقیق، کاوشی بر روشهای بالانس توالیهای پروتئینی و استخراج جزئیات مراحل اجرای آنها به منظور درک بهتر وشناسایی دقیقتر توالیهای پروتئینی دارای عملکرد ویا ساختار بیولوژیکی مشابه که اصطلاحا همولوگ نامیده میشوند،میباشد.اندازهگیری میزان شباهت توالیها توسط ماتریسهای جایگزینی متفاوتی براساس فاصله تکاملی توالیهااز یکدیگر،محاسبه میشود. آنالیز تعیین میزان مشابهتبین توالیها،ازدوالگوریتم برنامه نویسی دینامیک استفاده میکند که عبارتند از :1-الگوریتم بالانس کلی 2-الگوریتم بالانس موضعی. هر کدام از این دو الگوریتم دارای مراحل مختلفی برای شناسایی عملکرد توالیهای پروتئینی ناشناخته با استفاده از بالانس آنها با توالیهای پروتئینی شناخته شده به منظور شناسایی نواحی مشابه،میباشد.در این الگوریتمهاپس از شناسایی توالیهای پروتئینی مشابه با توالیهای ناشناخته،برای اطمینان از درستی نتایج و دستیابی به توالیهای همولوگ واقعی، با استفاده از پارامترهای آماری میزان اهمیت آماری نتایج ارزیابی میشود. به منظور جستجوی مشابهت در پایگاههای داده از دو الگوریتم ابتکاری و پر سرعت fasta وblast که نسخه های پیشرفته و اصلاح شده الگوریتم بالانس موضعیsmith-waterman میباشند،استفاده میشود. مراحل اجرای این دو الگوریتم بسیار مشابه میباشد، اما الگوریتمblast دارای نتایج دقیقتری است. در هردوالگوریتم،ارزیابی اماری نتایج به منظور بالابردن دقت نتایج حاصله و شناسایی توالیهای دارای مشابهت شانسی از توالیهای مابه واقعی، توسط پارامتری به نامe-vlueمحاسبه میشود.