سیچلید ایرانی (iranocichla hormuzensis) تنها عضو خانواده سیچلیده در ایران، پراکنش نسبتا" وسیعی در حوضه هرمز دارد. با توجه به اهمیت مطالعه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت در مدیریت و حفاظت از گونه ها، تنوع ژنتیکی ذخایر سیچلید ایرانی با استفاده از روش مورفولوژی و ریزماهواره مورد مطالعه قرار گرفت. در این بررسی 30 قطعه ماهی سیچلید ایرانی از چشمه خورگو و 30 قطعه ماهی از رودخانه مهران، صید شدند. مطالعات مورفولوژی شامل 13 نشانه و 13 صفت مریستیک بود. جهت آنالیز داده های حاصل از نشانه-ها و صفات مریستیک به ترتیب از روش تجزیه مولفه های اصلی و آزمون ناپارامتری u-من ویتنی استفاده شد. نتایج، تفکیک واضح دو جمعیت مورد مطالعه و تفاوت معنی دار در نه نقطه از 21 نقطه تراس و چهار ویژگی مریستیک را نشان داد (p<0.05). به منظور اجرای مطالعات مولکولی، استخراج dna به روش استات آمونیوم از بافت نرم باله دمی یا قسمتی از بدن انجام گرفت و واکنش pcr با استفاده از چهار جفت آغازگر ریزماهواره (os7r، os25، os7 و os64) انجام شد. محصولات pcr روی ژل اکریلامید 12% الکتروفورز و به روش نیترات نقره رنگ آمیزی شد و نتایج حاصل از آنها با استفاده از نرم افزار genealex6 آنالیز شد. در مجموع از چهار جفت آغازگر ریزماهواره بررسی شده همه جایگاه ها پلی مورف بودند. تعداد آلل مشاهده شده در تمامی جایگاه ها در گستره 9-4 عدد بود. میانگین تعداد آلل مشاهده شده در جمعیت چشمه خورگو 5 و در جمعیت مهران 75/5 بود. تعداد آلل موثر در تمامی جایگاه ها در گستره 84/5-90/1 عدد بود. میانگین تعداد آلل موثر در جمعیت چشمه خورگو 96/3 و در جمعیت مهران 63/3 بود. به طور کلی دامنه باندی در جایگاه های os7r، os25، os7 و os64 به ترتیب 94-78، 96-76، 150-104 و 68-38 بود. میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده در جمعیت چشمه خورگو 78/0 و در جمعیت مهران 60/0 بود. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار در جمعیت چشمه خورگو 71/0 و در جمعیت مهران 68/0 بود. نتایج مولکولی انحراف از تعادل هاردی-وینبرگ را 5 نمونه از 8 تست مورد بررسی (جایگاه-های os7r و os64 و جایگاه os25 در نمونه های ناحیه چشمه خورگو و جایگاه های os7r و os64 در نمونه های ناحیه مهران)، افزایش نسبی هتروزیگوسیتی مشاهده شده به هتروزیگوسیتی مورد انتظار در جایگاه os25، os7 و os64 چشمه خورگو و os7 رودخانه مهران، تمایز ژنتیکی پایین بین جمعیت ها (3%) و تنوع ژنتیکی بالای درون جمعیت ها (97%) و وجود جریان ژنی قابل توجه بین دو ایستگاه (76/10) را نشان داد. همچنین میزان شباهت و فاصله ژنتیکی بین دو منطقه به ترتیب 88/0 و 12/0 به دست آمد. گرچه آنالیزهای مورفولوژی تفاوت هایی را بین دو جمعیت نشان داد ولی آنالیزهای مولکولی علی رغم ارزیابی تنوع ژنتیکی مطلوب درون هر جمعیت قادر به تفکیک مناسب جمعیت ها از یکدیگر نبود که شاید به دلیل غیر اختصاصی بودن آغازگرهای مورد استفاده در این تحقیق باشد. مقدار تنوع ژنتیکی درون جمعیت چشمه خورگو نسبت به جمعیت مهران بیشتر بود. با توجه به فاصله ژنتیکی اندک به دست آمده در تحقیق حاضر، شاید بتوان عنوان کرد که این دو جمعیت منشأ یکسانی داشته اما در دو منطقه مجزا زیست می کنند.