در این پژوهش مسئله اصلی: مبانی مشروعیت سیاسی در قرآن کریم است که با تأکید بر آراء تفسیر آیت الله جوادی آملی در دوره های مختلف تاریخی از جمله حکومت انبیای الهی- دوره حکومت نبوی(ص) دوره امامان معصوم(ع) و عصر غیبت امام معصوم(عج) مورد تحقیق و کنکاش قرار گرفته است. مشروعیت با حقانیت متضمن توانایی نظام سیاسی در ایجاد و حفظ این اعتقاد امت که نهادهای سیاسی موجود مناسب ترین نهادها برای جامعه هستند و به دو موضوع متقابل اشاره دارد، یکی ایجاد حق حکومت برای حاکمان و دیگری شناسایی و پذیرش این حق از سوی حکومت شوندگان. مشروعیت الهی یعنی حاکمی فرمانروایی مشروع برای حکومت بر مردم دارد که به نحوی از فرمانروایی خداوند نشان گرفته باشد خداوندی که حاکمیتش بر جهان و انسان فراگیر، مطلق و بی چون و چراست. پس در این راستا نیم نگاهی هم به بحث انسان شناسی و هستی-شناسی داریم که جهان و انسانی متعلق بحث حکومت و مشروعیت است که مخلوق – خلیفه الله و دائر مدار خلقت است. و در معرفت شناسی اصولی بدست می آید که به ما می گوید چگونه سیاست و دولت را مورد شناسایی قرار دهیم و تا چه حد انسان می تواند بر شناخت هایش تکیه کند. قرآن کریم گرچه درباره هم انبیاء گذشته بتصریح بحث ملک و فرمانروایی را ندارد اما با بیان حکومت و فرمانروایی برخی از انبیاء از جمله حضرت یوسف(ع) حضرت موسی(ع) حضرت داود(ع) و حضرت سلیمان(ع) بر مشروعیت الهی حکومت آنان صحه می گذارد. از همین منظر می شود تأکید کرد قرآن کریم در مورد مشروعیت حکومت حضرت ختمی مرتبت(ص) گرچه به صراحت بحثی نکرده امّا وجوه متعددی از مشروعیت بر حکومت ایشان سایه افکنده است. مجموعه آنچه درباره مسوولیتهای سیاسی – اجتماعی پیامبراکرم(ص)، تخصیص اموال ویژه به ایشان و وظایف مردم نسبت به حضرت در قرآن کریم آمده است همه بیانگر نصب الهی ایشان به مقام رهبری و امامت افزون بر رسالت و قضاوت می باشد. در نظر آیت الله جوادی آملی و بسیاری از مفسرین و با استناد به آیه ولایت – آیه تبلیغ – آیه اکمال دین و اتمام نعمت – آیه اولی الامر و آیه امامت حضرت ابراهیم(ع) – قرآن کریم درباره مشروعیت حکومت حضرت امیرمومنان علی(ع) هم به صراحت تام و درباره مشروعیت ولایت و حکومت دیگر ائمه با عنوان اولی الامر تصریح دارد. اما نقطه اوج و بحث انگیز این رساله بحث مشروعیت حکومت در عصر غیبت امام معصوم(ع) و مسئله ولایت فقیه است که بر خلاف مشروعیت انبیاء و ائمه معصومین که بجز مباحثی که اهل سنت برای مشروعیت پس از حکومت پیامبر(ص) داشتند علمای شیعه تقریباً متفق القول بر مشروعیت الهی حکومت انبیاء و ائمه معصومین بودند. در عصر غیبت برخی از اندیشمدان تئوری حکومتی مشروعی را تصویر نکرده اند، عده ای از محققان شیعی برخی از شوون حکومتی امام معصوم را برای فقهای جامع الشرایط قائل شدند و بعضی هم (از جمله آیت الله جوادی آملی) به ولایت فقیه عادل اعتقاد یافته اند که ولایتشان بمعنی رهبری است و کلیه شئون و مناصب اجتماعی را در بر می گیرد. نکته مهمتر اینکه این ولایت مشروعیت اش را از رأی مردم و انتخاب نمی گیرد بلکه انتصابی است (انتصاب الهی) و مردم در مشروعیت آن نقش ندارند همانطور که مردم در اعطای مشروعیت به ولایت رسول اکرم(ص) و امامان معصوم نیز نقش نداشته اند. نتیجه این پژوهش اینکه مشروعیت فقها الهی و با واسطه ائمه(ع) است و در برگیرنده مناصب سه گانه فتوا، قضاوت و ولایت می باشد.