تایپینگ مولکولی جدایه های بالینی کاندیدا آلبیکنس بر اساس روش rep-pcr و تکثیر ژن 25s rdna

در حیوانات گونه های کاندیدا از عوامل ایجاد بیماری های مخاطی و جلدی و در پاره ای موارد عفونت های سیستمیک هستند. همچنین کاندیدا آلبیکنس در بین گونه های کاندیدا شایع ترین گونه شناخته شده است. تاکنون از دیدگاه اپیدمیولوژی مولکولی مطالعات محدودی بر روی استرین های حیوانی انجام شده است و این در حالی است که تایپینگ مولکولی برای تعیین ساختار جمعیتی و اخذ تصمیمات صحیح در پیشگیری و درمان عفونت ها ضروری است. تعیین نوع 25s rdna از روش های مفید در تایپینگ و نیز تشخیص استرین های کاندیدا آلبیکنس بوده است. از طرفی توالی های نوکلئوتیدی تکراری (rps) مبنایی برای تعیین تنوع ژنتیکی در کاندیدا آلبیکنس می باشند و بر این اساس کاندیدا آلبیکنس را گروه بندی می کنند. همچنین برخی از پرایمرهای مورداستفاده قادر به تفکیک بین گونه کاندیدا آلبیکنس از سایر گونه های ازنظر ژنتیکی نزدیک به کاندیدا آلبیکنس نیز می باشد. تکثیر ژن 25s rdna به طور رایجی برای تایپینگ کاندیدا آلبیکنس مورداستفاده است و بر این اساس به 5 گروه اصلی تقسیم می شود. مواد و روش ها در این مطالعه از 27 نمونه کاندیدای جداشده از حیوانات سگ، گربه و اسب، گاو و پرندگان استفاده گردید. استرین های موردبررسی پس از تشخیص فنوتیپی اولیه با یک روش pcr-rflp مورد تائید قرار گرفتند. استخراج dna به روش فیزیکی –شیمیایی انجام گردید و سپس به منظور بررسی کیفیت استخراج، الکتروفورز شدند. در ابتدا قطعه its از rdna قارچ با واکنش pcr و با استفاده از جفت آغازگر its4-its1 تکثیر داده شد. الگوی هضم آنزیمی محصولات pcr با استفاده از آنزیم msp1 موردبررسی قرار گرفت. در مرحله بعد روش های تایپینگ مولکولی مورداستفاده قرار گرفت؛ و بر این اساس تکثیر ناحیه 25s rdna یا abc تایپینگ با پرایمرهای مشخص ca-int استفاده شد که درواقع قسمت قابل تغییر و جابجا شدنی از ناحیه اینترون rdna 25s را اندازه می گیرد. نتایج در مطالعه حاضر ژنوتایپ a با 40.7% رایج ترین ژنوتایپ به دست آمده بود و پس ازآن ژنوتایپ های e 22.5% و سپس b و c هرکدام 18.5% شیوع داشتند. از نکات مهم در نتایج تحقیق حاضر جداسازی تیپ e است. این ژنوتایپ یک گروه جدید در گروه بندی کاندیدا آلبیکنس با استفاده از تعیین تایپ 25s rdna است. از سوی دیگر با استفاده از روش rep-pcr با پرایمر as-i که قسمت های داخلی از نواحی alt مورد هدف قرار می گیرد، از 27 استرین موردبررسی 17 الگوی منحصربه فرد یا 17 ژنوتایپ به دست آمد. این الگوها بر اساس باندهای تشکیل شده در الکتروفورز محصول pcr مشخص گردید. ژنوتایپ های as1 و as2 از سایر ژنوتایپ ها رایج تر بودند. سایر ژنوتایپ ها از فراوانی مشابهی برخوردار بوده اند. بحث و نتیجه گیری نتایج حاصل از abc تایپینگ با نتایج به دست آمده از روش rep-pcr تطبیق داده شد و هم تراز گردید تا به یک الگوی ژنوتایپی با جزئیات بیشتر برسد. نهایتاً از 27 استرین موردبررسی 22 ژنوتایپ حاصل گردید که نشان می دهد این روش دارای قدرت تفکیک قابل توجهی برای بررسی اختلافات درون گونه ای است که از جنبه های مختلف حائز اهمیت است. جداسازی 22 ژنوتایپ مختلف از این نظر جالب توجه است که در حیوانات کمتر چنین نتایجی به دست آمده است. نتایج تحقیق حاضر، تنوع ژنتیکی در جمعیت کاندیدای جداشده از حیوانات را نشان می دهد و همانند مطالعات صورت گرفته در انسان، جمعیت هتروژن در کاندیدای جداشده از حیوانات نیز وجود دارد.