طراحی کامپیوتری برخی عوامل ضدقارچ جدید با استفاده از شبیه سازی های دینامیک مولکولی و داکینگ

سیتوکروم p450، یک آنزیم هِموپروتئینی است که در دیواره ی سلولی قارچ ها باعث تبدیل لنسترول به اِرگسترول می شود.در این مطالعه این آنزیم هِموپروتئینی که عمده فعالیتش را از طریق گروه هِم خود انجام می دهد، از بانک اطلاعاتی پروتئین استخراج شده و با استفاده از نرم افزار گرومکس تحت شبیه سازی دینامیک مولکولی قرارگرفت. داکینگ (اتصال) پروتئین شبیه سازی شده با داروهای ضدقارچ توسط نرم افزار مولگرو نشان داد که طی شبیه سازی دینامیک مولکولی ساختار پروتئین به گونه ای تغییر یافته که مانع از اتصال داروها به گروه هِم می شود. بنابراین در ادامه، داکینگ داروها مستقیماً با پروتئین گرفته شده از بانک داده های پروتئینی انجام شد.ترکیب با برهم کنش بهتر و کارایی لیگاند بالاتر، به عنوان ترکیب رهبر انتخاب گردید.20 ترکیب جدید بر اساس این ترکیب رهبر طراحی شد و مجدداً مراحل بهینه سازی ساختار و داکینگ صورت گرفت. نهایتاً چند ترکیب با برهم کنش بهتر و کارایی لیگاند بالاتر انتخاب شدند و با استفاده از مرورگرosiris ، سمیت، وزن مولکولی و حلالیت آن ها مورد بررسی قرارگرفت و بهترین ترکیب به عنوان کاندید دارویی پیشنهاد شد.