بررسی برهمکنش فلز جیوه با سولفوترنسفرازهای فلزدار از روش تابعیت چگالی

در این تحقیق، مطالعه? نظری اثر حضور فلز جیوه بر روی سولفوترنسفرازها با روش نظریه تابعیت چگالی موردبررسی قرارگرفته است. دو سولفوترنسفراز موردبررسی یکی دارای کد pdb، 1fmj و دیگری 1fml است. ساختار 1fmj ساختاری است که دارای فلز جیوه است و 1fml دقیقاً همان پروتئین 1fmj است با این تفاوت که فاقد اتم جیوه است و این دو پروتئین ازلحاظ توالی ژنی دقیقاً یکسان هستند. پروتئین 1fmj دارای سه کوفکتور جیوه با شماره های 451، 452 و 453 است که جیوه در این ساختارها با گوگرد سیستئین برهمکنش می کند، در دو ساختار 451 و 452 جیوه به صورت یک پیوند یونی با گوگرد پیوند داده ولی در 453 تنها برهمکنش فلزی دارد که درواقع ما برای بررسی آن ها، کوفکتور جیوه را با آمینواسیدهایی که برهمکنش می کنند از پروتئین اصلی جدا کرده سپس هیدروژن ها را به ساختار اضافه کرده و ساختارها را با توابع b3lyp، mo6، mo62x و مجموعه پایه های 6-31+g برای b3lyp و* 6-31+g، ** 6-31+g، ** 6-31++g، ** 6-311++g برای mo6 و * 6-31+g برای mo62x بهینه کردیم. در بین این توابع، تابع mo6 با مجموعه پایه ** 6-311++g را به عنوان بهترین ساختار بهینه در نظر گرفتیم و مطالعات nmr و nqr را با استفاده از ساختار بهینه شده بالا تحت توابع و مجموعه پایه های مختلف موردبررسی قراردادیم. با توجه به نتایج حاصله تنها در مورد تابع mo62x با مجموعه پایه * 6-31+g دارای جواب هایی بود که در توافق زیاد با مابقی نتایج نبود.