بررسی تنوع مولکولی جدایه های ایرانی ویروس پیچیدگی شدید بوته ی چغندر قند

چکیده بررسی تنوع مولکولی جدایه های ایرانی ویروس پیچیدگی شدید بوته ی چغندر قند (bsctv) به کوشش فاطمه سلاجقه تذرجی به منظور بررسی تنوع جدایه های ایرانی ویروس پیچیدگی شدید بوته ی چغندر قند (bsctv) در سال های زارعی 92-91 و 93-92 از مزارع استان های کرمان ( جیرفت و کهنوج )، فارس (مرودشت، اقلید، کفترک، استهبان، زرقان ، فسا و شیراز)، بوشهر ( برازجان و کاکی) ، اصفهان (دهنو و باغ پرندگان )، خوزستان (شوش، شوشتر، دزفول، اهواز و اندیمشک) و خراسان رضوی (چناران) بازدید صورت گرفت و از گیاهان چغندرقند، گوجه فرنگی، لوبیا، شلغم، فلفل، بادمجان، کدو، خیار و تربچه با علائمی نظیر لوله شدن و بدشکلی برگ، توته ای شدن پشت برگ، کوتولگی بوته ها، تورم رگبرگ ها و راست ایستادن برگها و انواع علف های هرز بدون علائم نمونه برداری انجام شد. دی اِن اِی کل استخراج شده و در واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) به عنوان الگو مورد استفاده قرار گرفت. با استفاده از سه جفت آغازگر طراحی شده بر اساس ژنوم کامل یک جدایه ی bsctv موجود در بانک ژن، ترادف نوکلئوتیدی ژنوم کامل جدایه های چغندرقند شهرستان اقلید استان فارس، گوجه فرنگی شهرستان کاکی استان بوشهر، لوبیا شهرستان دهنو استان اصفهان، اطلسی شیراز، خرفه کفترک استان فارس ، سلمه تره مرودشت استان فارس و جدایه ی چغندرقند چناران استان خراسان رضوی bsctv با اندازه ی 2923 نوکلئوتید تعیین شد. این اندازه دقیقا با اندازه ی ژنوم کامل bsctv قبلا توصیف شده از ایران (bsctv-cfh[beta]) برابری می کند. همردیف سازی چندگانه ی ژنوم جدایه های تعیین ترادف شده با سایر جدایه های bsctv موجود در بانک ژن و سایر کورتو ویروس ها در قالب ژنوم کامل نشان دادکه جدایه های bsctv مورد مطالعه در این بررسی بیشترین میزان تشابه (6/99 %-8/98 %) را با bsctv-cfh[beta] و کمترین تشابه (6/56( را با horseradish curly top virus نشان می دهند. مقایسه ی جدایه های bsctv با جدایه های ویروس ایرانی پیچیدگی بوته ی چغندرقند (bctiv) از نواحی مختلف ایران نشان داد که تمام جدایه های bsctv در گروه جداگانه ای از جدایه های bctiv که گروه دیگری را تشکیل دادند قرار می گیرند. این گروه بندی موید طبقه بندی این دو ویروس در دو جنس جداگانه است. همچنین این آنالیز نشان داد که تنوع بین جدایه های ایرانی bsctv (%5/1) کمتر از تنوع بین جدایه های bctiv (%7/11) است. بررسی ترادف نوکلئوتیدی و آمینواسیدی بخش های مختلف ژنوم جدایه های ایرانی bsctv با یک جدایه ی آمریکایی از این ویروس نشان داد که تنوع زیادی (درصد تشابه تنها حدود%52) در ناحیه ی بین ژنی جدایه های ایرانی و جدایه ی آمریکایی مشاهده می شود در حالیکه تنوع بسیار کمی (درصد تشابه 95-100%) در نواحی ژنی بین جدایه های ایرانی و جدایه ی آمریکایی وجود دارد.