بررسی پدیده حذف اینترون (پیرایش) در بیان ژن های مکمل و میزبانان آزمایشگاهی ویروس ایرانی پیچیدگی برگ چغندرقند

ویروس ایرانی پیچیدگی برگ چغندرقند (bctiv) یک جمینی ویروس منحصر به فرد است که در سال 2007 از مزارع چغندرقند ایران گزارش شد. پدیده پیرایش در چارچوب های خوانش واقع برروی رشته ویروسی و رشته مکمل ویروسی در بسیاری از اعضای جنس mastrevirus گزارش شده است. از آنجا که نیمی از ژنوم bctiv به مستری ویروس ها شباهت دارد، به نظر می رسد که این پدیده در این ویروس نیز وجود دارد. در تحقیق حاضر، به منظور بررسی وجود پدیده پیرایش در bctiv، ابتدا آر اِن اِی کل از برگ گیاه چغندر قند که توسط سازه عفونت زای bctiv آلوده شده بود، استخراج و به منظور حذف دی اِن اِ از آن، با آنزیم dnase تیمار گردید. بعد از تمیز کردن نمونه بدست آمده با فنل و کلروفرم، mrna های موجود در آن با استفاده از کیت mrna capture kit (roche, germany) جدا گردید. آزمون rt-pcr با استفاده از mrna های خالص شده و آغازگرهای bctiv-1557f و bctiv-2327r، منجر به تکثیر دو قطعه با اندازه های تقریبی 792 و 637 جفت باز گردید. همسانه سازی و تعیین ترادف قطعات تکثیر شده نشان داد که قطعه 792 جفت بازی بخشی از ترانسکریپتِ ساخته شده است که هنوز اینترون از آن حذف نشده است. درحالیکه قطعه 637 جفت بازی بخشی از ترانسکریپت مشابهی است که اینترون آن با طول 155 جفت باز از آن حذف شده است. بررسی ترادف چارچوب خوانش و رمز کننده پروتئین مرتبط با تکثیر (rep) در این ویروس نیز نشان دهنده وجود اینترون به همراه بخش های حفاظت شده در آن است که بعد از حذف این قسمت، ترادف دو بخش ناپیوسته ژن rep بصورت خوانا در می آید. این نتایج نشان می دهد که مشابه با اعضای جنس mastrevirus، پدیده حذف اینترون برای بیان چارچوب های خوانش رشته مکمل ژنوم bctiv نیز مورد استفاده قرار می گیرد. اثبات وجود پدیده پیرایش در ژنوم bctiv یکبار دیگر رابطه تکاملی این ویروس و اعضای جنس mastrevirus را تائید می کند. علاوه براین، به منظور تعیین دامنه میزبانی ویروس در شرایط گلخانه از سازه عفونت زا که به روش دوپار (حاوی دو طول کامل ژنوم bctiv) درون پلاسمید pgreen 29 تهیه شده بود استفاده گردید. از میان گیاهان بررسی شده در شرایط گلخانه، خیار رقم hybrid cucumber maximus f1 و کدو رقم مراغه، لوبیا رقم contender و توتون n. glutinosa به bctiv آلوده نشدند. سه رقم چغندرقند (افشاری، ic و universe) و گوجه فرنگی رقم errly urbanay، به عنوان میزبانان آزمایشگاهی این ویروس شناخته شدند.