پیشگویی جایگاههای برهمکنش پروتئین های غشایی با تاکید بر مساله عدم تقارن داده ها

برهمکنش های بین پروتئین های غشایی از دیدگاه عملکردی و درمانی حائز اهمیت فراوان هستند. نظر به ضرورت روش های محاسباتی در مورد این پروتئین ها و نیز با توجه به اینکه توزیع نامتقارن کلاس ها کارایی پیشگویی جایگاه های برهمکنش پروتئین ها را تا حد زیادی تحت تاثیر قرار می دهد، این مطالعه به یافتن راه-حلی برای پرداختن به این مساله در پیشگویی جایگاه های برهمکنش پروتئین های غشایی اختصاص داده شد. به این منظور، روش های زیادی، از جمله ابزارهای طبقه بندی weka و slep، مدل svm تنظیم شده (t-svm)، مدل رگرسیون لوجستیک (blr) و شیوه خاصی از پیاده سازی مدل جنگل?تصادفی با قابلیت وزن دهی به کلاس ها (cwrf) مورد استفاده قرار گرفتند. از میان این مدل ها، blr شاخص های کارآمدی قابل قبولی را به دست می دهد و کارایی مدل های cwrf و t-svm از نتایج تنها مطالعه صورت?گرفته در این زمینه نیز بالاتر است (مقادیر auc به ترتیب، 81/0 و 78/0). میزان مشارکت باقیمانده های آمینواسیدی و عامل تکاملی در سطوح برهمکنش پروتئین های غشایی نیز در این مطالعه مورد ارزیابی قرار گرفت. طبق نتایج به?دست?آمده، پارامتر نرخ تکاملی و فراوانی آمینواسیدهای آلانین، لوسین، گلیسین، والین و فنیل آلانین پارامترهای موثر و پرنقش در جایگاه های برهمکنش پروتئین های غشایی هستند، و در مقابل، آمینواسیدهای سیستئین، پرولین، گلوتامیک اسید، گلوتامین، آسپاراژین، تیروزین، لیزین، آسپارتیک اسید و ترئونین از این جایگاه های برهمکنش، گریزان اند. همچنین، کارایی مدل موفق cwrf از طریق یک پیشگویی موردی، ارزیابی گردید و مورد تایید قرار گرفت. رویکرد پیشنهادی در این مطالعه در جهت دهی به تحقیقات آزمایشگاهی بر روی برهمکنش پروتئین های غشایی، شناسایی محل اتصال داروها و نیز درک عملکرد پروتئین های غشایی مفید خواهد بود.