کاربرد روشهای یادگیری ماشین درارزیابی های ژنومیک و بررسی تاثیر پیش بینی ژنوتایپ بر صحت ارزش های اصلاحی ژنومیک
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری - دانشکده کشاورزی
- نویسنده فرهاد غفوری کسبی
- استاد راهنما محمود هنرور قدرت الله رحیمی میانجی اردشیر نجاتی جوارمی
- تعداد صفحات: ۱۵ صفحه ی اول
- سال انتشار 1393
چکیده
چکیده هدف این تحقیق مقایسه سه روش یادگیری ماشین random forest، boosting و support vector machine در ارزیابی ژنومی و معرفی روش random forest به عنوان یک روش توانمند برای استنباط(پیش¬بینی) ژنوتیپ بود. نتایج برتری روش boosting بر دو روش دیگر را در غالب سناریوهای بررسی شده نشان داد، اگرچه تفاوتها فقط در برخی سناریوها معنی¬دار بود (05/0>p). همچنین علی¬رقم برتری روش boosting بر دو روش دیگر، میزان زمان لازم جهت انجام محاسبات در روش boosting به طور قابل ملاحظه¬ای از دو روش دیگر بیشتر بود. در مقایسه دو روش rf و svm در بیشتر موارد عملکرد روش svm و در برخی موارد دیگر عملکرد روش rf بهتر بود، اگرچه در غالب موارد تفاوت بین دو روش مذکور معنی¬دار نبود (05/0p>). در هر سه روش مطالعه شده، با افزایش وراثت¬پذیری، کاهش تعداد qtl، افزایش تراکم نشانگری، کاهش فاصله ژنتیکی از جمعیت مرجع و افزایش تعداد افراد حاضر در جمعیت مرجع، صحت پیش-بینی ارزش¬های اصلاحی ژنومی افزایش یافت. در ضمن نتایج نشان داد که لحاظ نمودن اثرات متقابل در ارزیابی ژنومی به طور معنی¬دار (05/0>p) منجر به افزایش صحت پیش¬بینی ارزش¬های اصلاحی ژنومی می-شود. میزان اهمیت snpها در صحت پیش¬بینی ارزش¬های اصلاحی متفاوت بود و برخی از آنها تا چندین برابر بر صحت پیش¬بینی تأثیر داشتند. روش random forestکه در این تحقیق برای اولین بار در ارزیابی ژنومی جهت استنباطژنوتیپ مورد استفاده قرار گرفت عملکرد خوبی از خود نشان داد. کاهش در صحت پیش¬بینی ارزش¬های اصلاحی در حالت استنباط5، 30، 50 و70 درصد ژنوتیپ snpها در مقایسه با استفاده از اطلاعات کامل (فاقد اطلاعات استنباطشده) ناچیز بوده (00%? تا 11%) و حتی با حذف اطلاعات ژنوتیپی 95% از snpها و استنباطآنها، 56 تا 60 درصد صحت پیش¬بینی با استفاده از اطلاعات کامل به دست آمد. صحت استنباطژنوتیپ (rt,im) با افزایش درصد ژنوتیپ¬های از دست رفته کاهش یافت به طوریکه با افزایش درصد ژنوتیپ¬های از دست رفته از 5 درصد به 30، 50، 70، 90 و 95 درصد، rt,imاز 99/0 به ترتیب به 93/0، 84/0، 61/0، 71/0 و 58/0 کاهش یافت.
منابع مشابه
بررسی تاثیر برخی از ویژگی های جمعیت مرجع بر صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومیک
دسترسی به هزاران چند شکلی تک نوکلئوتید (snp) در طول ژنوم برای گونه های دام های اهلی مختلف، امکان استفاده از اطلاعات نشانگری ژنوم در پیشگویی ارزش های اصلاحی کل جهت انجام انتخاب ژنومیک را فراهم کرده است. در مقایسه با روش اصلاحی سنتی، استفاده از اطلاعات ژنومی افزایش قابل ملاحظه ای در پاسخ به انتخاب برای حیوانات جوان که رکوردهای فنوتیپی ندارند را نتیجه می دهد. انتخاب ژنومیک به انتخاب بر پایه ارزش ا...
15 صفحه اولتاثیر افزایش تراکم نشانگرها بر صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی
در این مطالعه، ژنومی متشکل از 3 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی مورگان شبیه سازی شد. تعداد متفاوت نشانگر روی هر کروموزم با تراکم مختلف (100 نشانگر با فواصل 1 سانتی مورگان، 200 نشانگر با فواصل 0/5 سانتی مورگان، 1000 نشانگر با فواصل 0/1 سانتی مورگان و 2000 نشانگر با فواصل 0/05) در نظر گرفته شد. 30 مکان صفت کمی یا QTL که به طور تصادفی روی کروموزوم پراکنده شده بودند، شبیه سازی شدند. جمعیتی ب...
متن کاملبررسی استفاده از نشانگر های غیرمتراکم در صحت انتخاب ژنومیک با استفاده از روش شبیه سازی تصادفی
متن کامل
بررسی تاثیر ساختار مالکیت بر صحت پیش بینی سود
تاثیر ساختار مالکیت و چگونگی ترکیب و میزان نفوذ آنها بر اهداف و تصمیمات شرکت، باعث شده مدیران به دنبال حداکثر کردن منافع خود و سرمایه گذاران به دنبال حداکثرسازی سرمایه و سود شرکت باشند. از آنجاییکه پیش بینی سودهای آتی برای سرمایه گذاران مهم است، در این راستا آن سودی با کیفیت تر است که جریانهای نقدی آتی را درست پیش بینی کند و صحت پیش بینی سود می تواند در تصمیم گیری های سرمایه گذاران برای نگهدار...
متن کاملمطالعه اثر استفاده از نشانگرهای متراکم نزدیک به مکانهای مشخص ژنهای موثر بر صفات بر صحت ارزیابی ژنومیک
در این تحقیق تاثیر تخمین ارزشهای اصلاحی ژنومیک با استفاده از نشانگرهای نزدیک به ژنهای موثر بر صفت در مقایسه با استفاده از نشانگرهای قرارگرفته بر روی همه قسمتهای ژنوم و همچنین اثر تغییر تعداد افراد گروه مرجع بر صحت ارزیابی ژنتیکی مورد بررسی قرار گرفت. برای ارزیابی ژنومیک از روش BLUP استفاده شد. نتایج این تحقیق نشان داد که استفاده از نشانگرهایی که نزدیک به ژنهای موثر بر صفات هستند و افزایش تعداد ...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری - دانشکده کشاورزی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023