شبیه سازی جنبه های مختلف انتخاب ژنومی و صحت برآوردها در گاوهای هلشتاین
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی
- نویسنده محمد تیموریان
- استاد راهنما علی اصغر اسلمی نژاد محمد مهدی شریعتی
- سال انتشار 1393
چکیده
در انتخاب ژنومی ابتدا برآورد اثرات نشانگری از طریق مدل های مختلف آماری با استفاده از داده های ژنوتیپی و فنوتیپی دام ها در جمعیت مرجع صورت می گیرد و سپس ارزش های ارثی ژنومی دام-های بدون رکورد فنوتیپی فقط بر مبنای ژنوتیپ آن ها و اثرات برآورد شده پیش بینی می گردد. عوامل مختلفی مانند تراکم نشانگری، تعداد و نوع حیوانات جمعیت مرجع، معماری ژنتیکی صفت یا صفات مورد مطالعه و مدل آماری آنالیزها بر صحت پیش بینی ها موثرند. تشکیل جمعیت مرجع مناسب و انتخاب مدل آماری دو چالش مهم برای شروع انتخاب ژنومی در ایران خواهد بود. در این پژوهش برای بررسی انتخاب ژنومی و جنبه های مختلف آن در جمعیت هلشتاین ایران، این جمعیت با نرم افزار qmsim و بر اساس فرآیند پیشرو شبیه سازی شد. تعداد 3 کروموزوم در حالت های 1 و 5/7 کیلو بازی از نشانگرها و با تعداد 10، 30 و 75 qtl در نظر گرفته شد. در ابتدا برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی اولیه و تعادل موتاسیون-رانش، یک جمعیت پایه با دو نیروی موثر موتاسیون و رانش ایجاد و از این جمعیت پایه دو جمعیت هلشتاین اولیه ایران و خارجی مشتق شد. در نهایت برای شبیه سازی تلقیح مصنوعی از جمعیت خارجی تعدادی گاو نر به جمعیت اولیه ایران مهاجرت و جمعیت نهایی ایران تولید شد. با استفاده از مدل آماری بیزb تأثیر عوامل موثر بر تشکیل جمعیت مرجع مانند تعداد و نوع حیوانات جمعیت مرجع، میزان رابطه حیوانات با یکدیگر و با جمعیت تحت انتخاب و وارد کردن اطلاعات سایر جمعیت ها بررسی شد. همچنین مدل های مختلف آنالیز در انتخاب ژنومی جمعیت هلشتاین ایران بررسی شدند. مدل gblup و چهار مدل بیزی a، b، lasso و در حالت های مختلفی از جمعیت مرجع، تعداد جایگاه های صفت کمی (qtl) و تراکم نشانگری مقایسه شدند. صحت پیش بینی ها با افزایش تعداد حیوانات نر به طور معنی داری افزایش یافت که این افزایش با افزودن حیوانات ماده نیز به میزان کمتری مشاهده شد. نزدیکی روابط این حیوانات با جمعیت تحت انتخاب تأثیر مثبت بر افزایش صحت پیش بینی ها داشت و ترکیب اطلاعات سایر جمعیت ها صحت را به میزان زیادی بهبود بخشید. روش های بیزی نسبت به روش gblup صحت برآورد بالاتری داشتند و این برتری در حالت کم بودن تعداد ژن های بزرگ اثر و استفاده از اطلاعات جمعیت های دیگر در تشکیل جمعیت مرجع ایران افزایش یافت. برای انتخاب ژنومی در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران، به کارگیری مدل بیز b در جمعیت مرجعی شامل گاوهای نر و ماده و بهره گیری از اطلاعات جمعیت های دیگر پیشنهاد می گردد. شرایط اقتصادی در حالت های مختلف می تواند از عوامل موثر بر اجرای عملی این برنامه در ایران باشد که نیازمند تحقیقات بیشتری می باشد.
منابع مشابه
مقایسه روش های مختلف آماری در انتخاب ژنومی گاوهای هلشتاین
Genomic selection combines statistical methods with genomic data to predict genetic values for complex traits. The accuracy of prediction of genetic values in selected population has a great effect on the success of this selection method. Accuracy of genomic prediction is highly dependent on the statistical model used to estimate marker effects in reference population. Various factors such a...
متن کاملمقایسه روش های مختلف آماری در انتخاب ژنومی گاوهای هلشتاین
انتخاب ژنومی، ارزشهای ژنتیکی را در صفات پیچیده کمی از طریق ترکیب دادههای ژنومی و فنوتیپی با استفاده از مدلهای آماری پیشبینی میکند. صحت پیشبینی ارزشهای ژنتیکی در جمعیت تحت انتخاب اثر زیادی بر موفقیت این روش انتخاب دارد. مدل آماری که برای برآورد اثرات نشانگری در جمعیت مرجع از آن استفاده میشود، از عوامل مؤثر بر صحت پیشبینیها میباشد. عوامل مختلفی مانند تراکم نشانگری، جمعیت مرجع و معمار...
متن کاملشبیه سازی برنامه انتخاب گاوهای هلشتاین ایران
مطالعه حاضر با هدف شبیه سازی برنامه انتخاب گاوهای هلشتاین ایران با در نظر گرفتن چهار مسیر انتخاب (شامل مسیرهای پدر پدران (ss)، پدر مادران (sd)، مادر پدران (ds) و مادر مادران (dd)) و تعیین ترکیب بهینه عوامل موثر بر پیشرفت ژنتیکی و راندمان اقتصادی انجام شد. در مرحله اول روش آزمون نتاج گاوهای نر در شرایط فعلی کشور مورد بررسی و عوامل موثر بر پیشرفت ژنتیکی در هر یک از چهار مسیر انتخاب تعیین گردید. س...
15 صفحه اولشبیه سازی جمعیت اولیه (تاریخی) و تعیین صحت عدم تعادل پیوستگی در مطالعات شبیه سازی ژنومی
جهت بررسی صحت عدمتعادل پیوستگی در مطالعات شبیهسازی ژنومی، جمعیتی در دو حالت عدمتعادل پیوستگی صفر و یک در نسل اول شبیه سازی شد. از معیارهای اندازه مؤثر جمعیت، میزان عدمتعادل پیوستگی و واریانس بین نشانگرها جهت تعیین صحت شبیهسازی استفاده شد. نتایج نشان دهنده همبستگی بالا بین اندازه مؤثر جمعیت مشاهده شده و مورد انتظار بود. همچنین میزان عدمتعادل پیوستگی مشاهده شده و مورد انتظار بر هم منطبق شدن...
متن کاملبرآورد صحت انتخاب ژنومی در جوامع کوچک ژنتیکی- مطالعه شبیهسازی
In the present study two genetically connected small and large populations were simulated and the effect of different sources of information from foreign populations on the accuracy of predicted genomic breeding values of young animals of the small population was investigated. A large population consist of 200000 animals over 15 generations and a small population consist of 5000 animals over 3 ...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023