شناسایی برهم کنش های ژن -ژن مرتبط با بیماری ها با استفاده از روش های تمایزکاوی

پایان نامه
چکیده

با گسترش علم کامپیوتر، زمینه های پژوهشی آن نیز بسیار گسترش یافته و به علوم دیگر راه یافته است. یکی از این زمینه ها علم ژنتیک است. رشته ی بیوانفورماتیک در واقع حاصل ورود این علم به حوزه کامپیوتر است. با شناسایی ژنوم انسان در سال 2003 و همچنین پایان یافتن پروژه hapmap در سال 2007، زیست شناسان به این نتیجه رسیدند که، بیشتر از 99% رشته dna همه انسان ها یکسان و تنها کمتر از 1% آن متفاوت از یکدیگر است. برخی از این تفاوتها، باعث بروز بیماریهای ژنتیکی میشوند. کشف ارتباط و وابستگی ژنها با بیماریهای ژنتیکی، به عنوان یکی از چالشهای اصلی محققان علم ژنتیک، مطرح است. به عبارت دیگر لازم است که ارتباط مجموعه‏ای از تفاوتها بین رشته dna سالم و بیمار، با بروز بیماری خاصی شناخته شود. متداول ترین شکل تغییر ژنتیکی انسانها (که عامل اصلی بیماریهای ژنتیکی می باشند)، در موقعیت های خاصی از توالی dna اتفاق می افتد که چند‏ریختی ‏تک‏نوکلئوتیدی یا به اختصار اسنیپ نامیده می شود. الگوریتم?های محاسباتی مختلفی برای شناسایی برهم?کنش بین ژن?ها و ارتباط آن?ها با بیماری بکار رفته است. در این پایان‏نامه شناسایی برهم‏کنش بین ژن‏ها در حوزه مطالعات مجموعه گسترده ژنوم صورت گرفته است و با وجود دو مجموعه داده مورد و شاهد از روش‏های تمایزکاوی برای شناسایی الگوهای تمایزی استفاده شده است. به علت ابعاد زیاد مسئله الگوریتم renimpe که با استفاده از ساختار داده گراف جهت‏‏دار و بدون دور ddbz الگوها را استخراج می‏کند، بکار گرفته شده است. این الگوریتم با چنین ساختار داده‏ای برای مجموعه‏ای از مجموعه ‏اقلام بوجود آمده است که در این پایان‏نامه با تغییراتی برای توالی از اسنیپ‏ها اجرا شد. الگوهای بدست آمده ترکیب عطفی کمین از اسنیپ‏ها می‏باشد که فراوانی آنها در دو مجموعه داده تفاوت زیادی دارد. بعد از یافتن الگوها با استفاده از آزمون دقیق فیشر مقدار-p برای آنها محاسبه می‏گردد و نتایج نامربوط حذف می‏شوند. نتایج آزمایشگاهی بر روی بک مجموعه داده شبیه‏سازی شده بیانگر آن است که زمان اجرا برای روش پیشنهادی نسبت به روش relurpns که از الگوریتم‏های قدرتمند در این زمینه است کمتر می‏باشد و همچنین از نظر قدرت جداسازی نیز از الگوریتم relurpns بهتر عمل می‏کند

۱۵ صفحه ی اول

برای دانلود 15 صفحه اول باید عضویت طلایی داشته باشید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

شناسایی miRNA ها و ژن های هدف مرتبط با آنها در گیاه خشخاش ( Papaver somniferum)

miRNA ها یک رده از RNA های تنظیم کننده کوچک درون هسته ای و غیرکدکننده پروتئینی که متشکل از حدود 17-22 نوکلئوتید می باشند. miRNA ها بیان ژن را پس از رونویسی از طریق تجزیه mRNA یا مهار ترجمه انها کنترل کرده و نقش های متنوعی را در فرایند های بیولوژیکی و متابولیکی در گیاهان و جانوران بازی می کنند. روش های متعددی برای شناسایی miRNA ها موجود می باشد که یکی از ساده ترین و کم هزینه ترین انها ، روش شناس...

متن کامل

شناسایی ژن های انتروتوکسین استافیلوکوکوس اورئوس با استفاده Multiplex PCR

سابقه و هدف: استافیلوکوکوس اورئوس یکی از مهمترین عوامل مسمومیت غذایی در جهان می باشد. در تحقیقات مختلف مشخص گردیده است که 18-15 درصد سویه های استافیلوکوکوس که از منابع مختلف جدا می شود قادر به تولید انتروتوکسین می باشند که فاکتور اصلی مسمومیت می باشند. هدف از تحقیق حاضر شناسایی ژنهای انتروتوکسین نظیر: (femA،see ،sed ،sec ،seg ،seb، sea) در استافیلوکوکوس اورئوس که با استفاده از روش PCR چندگانه ا...

متن کامل

شناسایی برهم کنش های میان ژنی مرتبط با بیماری ها با استفاده از کاوش قواعد هم باشی

بیوانفورماتیک، مطالعات مجموعه گستره ی ژنوم، ژن، اسنیپ، مولدهای کمین فصلی

تاثیر خروج از مرکز گرفتگی های شریانی بر جریان خون با استفاده از روش برهم کنش سیال-جامد

گرفتگی های شریانی و بیماری های قلبی- عروقی ناشی از آن مانند تصلب شرائین، از دلایل عمده مرگ و میر در دنیاست. در این مقاله، با استفاده از یک مدل غیرخطی سه بعدی از شریان کاروتید دارای گرفتگی نامتقارن و با در نظر گرفتن تعامل میان جامد و سیال (FSI)، جریان خون در این شرایط مدلسازی شد. برای انجام دادن شبیه سازی از نرم افزار انسیس بهره گرفته شد. با توجه به بررسی های انجام گرفته این نرم افزار از توانایی...

متن کامل

شناسایی ژن های مرتبط با بقا در سرطان کلیه با استفاده از روش مؤلفه های اصلی لاسو

زمینه و هدف: یافتن ژن های مرتبط با بقا بر مبنای داده های بیان ژن، یک کاربرد مهم داده های ریزآرایه می باشد. هدف از مطالعه حاضر شناسایی ژن های مرتبط با بقای بیماران مبتلا به سرطان متعارف سلول های کلیوی با استفاده از داده های بیان ژن حاصل از ریزآرایه است. روش کار: این مطالعه از نوع تحلیل بقای داده های ابعاد بالا است. 177 نمونه بیمار مبتلا به سرطان متعارف سلول های کلیوی (conventional renal cell car...

متن کامل

شناسایی ژن های مرتبط با خصوصیت نیمه سازگاری بین سویه‌های Rizobium leguminosarum و لوتوس بورتیایی با روش GWAS

همزیستی بین گیاه و باکتری با تشکیل گره و تثبیت نیتروژن بر کمیت محصول و همچنین محتوای پروتئین گیاه دارای اهمیت بسیار زیادی می‌باشد. در این پژوهش جهت شناسایی ژن‌های باکتریایی مرتبط با تولید گره، تعداد 194 سویه باکتری Rizobium leguminosarum نیمه همزیست با گیاه لوتوس بورتیایی مورد استفاده قرار گرفت. صفات مرتبط با گره‌زایی (تعداد گره سفید، تعداد گره قرمز و تعداد کل گره) در 7، 14، 21 و 28 روز بعد از ...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

دانشگاه تربیت معلم - تهران - دانشکده فنی

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023