بررسی ساختاری و تعیین برخی توابع ترمودینامیکی کنفورمرهای مختلف تری پپتید gly-ser-gly با استفاده از محاسبات مکانیک کوانتومی

در این تحقیق،کنفورماسیون های مدل تری پپتید gly- ser - gly که درساختار پلی پپتید مادر پروتئین فیبروئین می باشد،در اثر چرخش زنجیر جانبی و زوایای پیچشی اسکلت،در فاز گازی مورد مطالعه قرار گرفته است.همه محاسبات با استفاده از برنامه گوسین 2003 و با بهره گیری از سطوح تئوری hf با سری پایه(d)g31-6 وg(d, f)++311- 6 و سطح b3lyp با سری پایه(d)g31-6 انجام شده است. ابتدا ساختارهای بهینه و انرژی برای کنفورماسیون های حاصل از چرخش زاویه(?)،به فواصل°30 از صفر درجه تا°360 محاسبه شدند که سه مینیمم در90- =? و180 =? و60 =? بدست آمد.سپس برای کنفورماسیون های حاصل ازچرخش زوایای پیچشی اسکلت ساختارهای بهینه،انرژی و مقادیر ترمودینامیکی انرژی آزاد گیبس،آنتالپی وآنتروپی درفواصل°30 ازصفر تا°360 محاسبه شدند که این محاسبات بر روی کنفورمر پایدارتر(90- =? )حاصل از چرخش(?)انجام گرفت.هنگامی که2?،2?،3?و3?در°180بودند پایدارترین حالت بدست آمد امّا در مورد زوایای پیچشی 30=1? و30=1?بودند پایدارترین حالت یافت شد که به علت وجود زنجیره جانبی سرین می باشد. همچنین ساختارهای بهینه، انرژی و توابع ترمودینامیکی کنفورمرهای حاصل از چرخش زوایای دو وجهی آمینواسید مرکزی(سرین)طبق نقشه راماچاندران در هرسه حالت (90- =?) ، (180 =?) و (60 =?) در سطح b3lyp و سری پایه (d)g31-6 محاسبه شدند که کنفورمر l?l?l? در هر سه حالت پایدارترین کنفورمر یافت شد. با توجه به نتایج، می توان چنین گفت که: جاذبه دو قطبی ـ دو قطبی و ایجاد پیوند هیدروژنی