مطالعه نظری سینتیک و مکانیسم واکنش کاتالیستی آنزیم گلی اکسالاز i
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه کردستان - دانشکده علوم پایه
- نویسنده سونیا جعفری
- استاد راهنما مهدی ایرانی
- تعداد صفحات: ۱۵ صفحه ی اول
- سال انتشار 1391
چکیده
در این پروژه از نظریه تابعی چگالی برای مطالعه مکانیسم واکنش کاتالیستی آنزیم گلی اکسالاز i انسانی استفاده شد. ساختار نقاط ایستا در طول مسیر واکنش بهینه شد و نیم رخ انرژی پتانسیل واکنش به دست آمد. اثر حلال روی نیم رخ انرژی واکنش با مدل cpcm محاسبه گردید. برای مطالعه اثرات الکترونی، بار اتم ها در حین واکنش توسط آنالیز nbo محاسبه شد. برای مدل سازی جایگاه فعال آنزیم، روش کلاستر به کار گرفته شد. گلی اکسالاز i، همی تیو استال را که از واکنش متیل گلی اکسال و گلوتاثیون حاصل می شود به s-d-لاکتویل گلوتاثیون تبدیل می کند. این آنزیم بر هر دو انانتیومر r و s سوبسترا عمل و آن ها را فقط به انانتیومر d-s-لاکتویل گلوتاثیون تبدیل می کند. برای انجام محاسبات از ساختار کریستالی آنزیم گلی اکسالاز i در کمپلکس با بازدارنده s-(n-هیدروکسی-n-(پارا یدوفنیل)کاربامویل) گلوتاثیون استفاده شد که این بازدارنده با دو گروه هیدروکسی کاربامویل خود به اتم zn جایگاه فعال متصل می باشد. مطالعه حاضر نشان می دهد که آمینو اسیدهای glu172 و glu99 به ترتیب با جدا کردن پروتون از اتم c1 انانتیومر s و r سوبسترا واکنش کاتالیستی را آغاز می کنند. در ادامه برای تشکیل محصول s-d-لاکتویل گلوتاثیون برای هر دو انانتیومر سوبسترا فقط glu172 پروتون را به یکی از سطح های مولکول سوبسترا اضافه می کند و هر دو گونه r و s از مولکول سوبسترا منجر به تشکیل محصول s-d می شود. نتیجه به دست آمده با نتایج تجربی همخوانی دارد. همچنین مشخص شد که محل ثابت نگه داشتن برخی از اتم های جایگاه فعال در مکانیسم واکنش تاثیر می گذارد. با توجه به تشکیل محصول s-d و همچنین سد انرژی فعالسازی مشخص شد که ساختارهای با انعطاف پذیری کمتر، مکانیسم واکنش و تشکیل فقط یک ساختار فضایی از محصول را به درستی پیش بینی می کنند.
منابع مشابه
مطالعه نظری واکنش کاتالیستی آنزیم گلی اکسالاز i مربوط به باکتری اشریشیاکلی
در این پروژه از نظریه تابعی چگالی برای مطالعه مکانیسم واکنش کاتالیستی آنزیم گلی اکسالازi مربوط به باکتری اشریشیاکلی استفاده شده است. ساختار نقاط ایستا در طول مسیر واکنش بهینه شده و نیم رخ انرژی پتانسیل واکنش به دست آمده است. اثر حلال روی نیم رخ انرژی واکنش با مدل cpcm محاسبه گردید. برای مطالعات اثرات الکترونی، بار اتم ها در حین واکنش توسط آنالیز nbo محاسبه شد. برای مدل سازی جایگاه فعال آنزیم، ا...
مطالعه نظری واکنش کاتالیستی آنزیم گلی اکسالاز i مربوط به باکتری اشریشیاکلی
چکیده در این پروژه از نظریه تابعی چگالی برای مطالعه مکانیسم واکنش کاتالیستی آنزیم گلی اکسالازi مربوط به باکتری اشریشیاکلی استفاده شده است. ساختار نقاط ایستا در طول مسیر واکنش بهینه شده و نیم رخ انرژی پتانسیل واکنش به دست آمده است. اثر حلال روی نیم رخ انرژی واکنش با مدلcpcmمحاسبه گردید. برای مطالعات اثرات الکترونی، بار اتم ها در حین واکنش توسط آنالیزnboمحاسبه شد. برای مدل سازی جایگاه فعال آنزیم...
مکانیسم اثر بازدارندگی کافئین چای ایرانی بر سینتیک سیگموئیدی فعالیت آنزیم آدنوزین دآمیناز
آنزیم‌ها کاتالیزورهای دنیای زنده برای انجام سریع‌تر واکنش‌های شیمیایی هستند. آنزیم آدنوزین دآمیناز(Adenosine Deaminase, ADA) واکنش دآمیناسیون برگشت‌ناپذیر آدنوزین یا داکسی آدنوزین را به اینوزین یا داکسی اینوزین کاتالیز می‌کند. به دلیل اهمیت این آنزیم در متابولیسم انسان و انواع بیماری‌ها، همواره مورد توجه پژوهشگران بوده است. باتوجه به رابطه بین فعالیت ADA و انواع لیگ...
متن کاملمطالعه نظری مکانیسم وسینتیک واکنش رادیکال متیل سولفید با اوزون
مقدمه 1-1اهمیت بررسی واکنش متیل سولفید با اوزون درک منابع نسبی گوگرد در اتمسفر به منظور تعیین تغییرات آب و هوایی و فرایند های محیط زیست بسیار حیاتی و مهم است(1). دی متیل سولفیدها که به طور عمده ازفعالیت فیتوپلانکتونها تولید می شوند یکی از منابع مهم زیستی گوگرد در اتمسفر است(2-3). از اکسید شدن دی متیل سولفیدها در اتمسفر به طور عمده ch3s به وجود می آید، که با اکساینده های اتمسفری بسیار مهمی از...
مطالعه نظری سینتیک و مکانیسم پیرولیز ترکیبات پیرازولین و بررسی اثرات سینتیکی ایزوتوپی روی آن ها
در این پروژه مکانیسم و سینتیک واکنش پیرولیز ترکیبات پیرازولین بررسی شد. محاسبات پارامترهای فعال سازی و ترمودینامیکی به چهار روش b3lyp, mp2, pbepbe و b3pw91 با مجموعه پایه 6-311++g (d, p) انجام شد که نتایج حاصل از b3lyp/6-311++g (d, p) با اطلاعات تجربی مطابقت بیشتری دارد. محصولات واکنش پیرولیز ترکیبات سیکلوپروپان ، الفین های مربوطه و نیتروژن می باشند. بهترین مکانیسم برای تشکیل سیکلوپروپان و تول...
15 صفحه اولمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه کردستان - دانشکده علوم پایه
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023