مطالعه نظری تأثیر ساختار دوم پروتئین بر ثابت تفکیک اسیدی اسیدهای آمینه باردار مثبت لیزین و هیستیدین
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه
- نویسنده ندا زوار
- استاد راهنما محمد ایزدیار محمدرضا حسین دخت
- تعداد صفحات: ۱۵ صفحه ی اول
- سال انتشار 1391
چکیده
در این مطالعه، تأثیر ساختار دوم پروتئین بر روی قدرت اسیدی سه ساختار مختلف رندوم، مارپیچ آلفا و صفحات بتای اسیدهای آمینه باردار مثبت لیزین و هیستیدین در زنجیره پلی پپتیدی 8 گلایسین، بررسی شده است. برای این منظور، از نرم افزار محاسباتی گوسین 9 با روش های آغازین hf و نظریه تابعی چگالی b3lyp برای فاز گازی و از مدل حلال پوشی cpcm/uff برای فاز محلول و مجموعه پایه 6-31g(d)استفاده شده است. دو چرخه ترمودینامیکی که روش مستقیم و روش انتقال پروتون نامیده می شوند برای به دست آوردن ثابت تفکیک اسیدی مورد استفاده قرار گرفته اند. بعد از انجام محاسبات و آنالیز داده های به دست آمده مشخص شد که روش انتقال پروتون نسبت به روش مستقیم از صحت و دقت بیشتری برخوردار است. در ترکیب هیستیدین، قدرت اسیدی ساختارهای صفحات بتا، مارپیچ آلفا و رندوم به ترتیب کاهش می یابد، در صورتی که قدرت اسیدی در ترکیب لیزین از ترتیب مارپیچ آلفا، صفحه بتا و رندوم پیروی می کند. میزان خطا از مقدار pka تجربی در این دو ترکیب 2± واحد pka است. برای به دست آوردن دلیل اختلاف از مقدار تجربی، از آنالیز ساختاری، اوربیتال پیوند طبیعی (nbo) و اتم در مولکول (aim) استفاده شده است. محاسبات ساختاری نشان داد که علت این پدیده تشکیل پیوند هیدروژنی در ساختارهای مارپیچ آلفا و صفحه بتا می باشد. آنالیز nbo نشان داد که یکی از دلایل عمده افزایش خاصیت اسیدی در فاز محلول افزایش انرژی غیر مستقر(?e delocal) در ساختار اسید خنثی نسبت به اسید باردار مثبت است. برای آگاهی از قدرت پیوند هیدروژنی محاسبات اتم در مولکول انجام شد که نشان دهنده افزایش قدرت پیوند هیدروژنی در ساختار صفحه بتا نسبت به مارپیچ آلفا و رندوم در ترکیب هیستیدین و ساختار مارپیچ آلفا نسبت به صفحه بتا و رندوم در ترکیب لیزین می باشد. مطالعه دانسیته بار الکترونی و لاپلاسین آن نیز این نتایج را تأیید می کند.
منابع مشابه
مطالعه اهمیت و نقش اسیدهای آمینه آسپارژین 28 و لیزین 30 فوتوپروتئین اکورین در جذب کلسیم
زمینه: فوتوپروتئین اکورین جدا شده از عروس دریایی اکوریا ویکتوریا ، فوتوپروتئین حساس به کلسیم است که از اپواکورین و گروه پروستاتیک کوالنترازین تشکیل شده و دراثر اتصال به کلسیم سبب نشر نور آبی می شود. این پروتئین مونومری شامل چهار موتیف EF hand است که سه موتیف آن می تواند به کلسیم متصل شود. از سوی دیگر افزایش کلسیم در مغز می تواند منجر به بیماری های عصبی نظیر آلزایمر، پارکینسون و سکته مغری گردد...
متن کاملبررسی اثر سطوح متفاوت اسیدهای آمینه لیزین و متیونین بر ترکیبات بیوشیمیایی و پروفیل اسید آمینه بدن ماهیان جوان صبیتی (Sparidentex hasta)
در این مطالعه که به مدت 8 هفته به طول انجامید اثر سطوح متفاوت لیزین و متیونین بر ترکیبات بیوشیمیایی و پروفیل اسیدهای آمینه بدن ماهیان جوان صبیتی (Sparidentex hasta) بررسی شد. بدین منظور تعداد 180 قطعه بچه ماهی با میانگین وزن اولیه 4/1 ± 59/37 گرم، به طور تصادفی در 18 تانک توزیع گردیدند. ماهیان سه بار در روز تا حد سیری و با 6 جیره غذایی تغذیه شدند که جیره های غذایی عبارت بودند از: تیمار 1 (گروه ...
متن کاملاستفاده از ضرایب قابلیت هضم لیزین و اسیدهای آمینه گوگرددار در بهینه سازی عملکرد جوجه‌های گوشتی
متن کامل
مطالعه اهمیت و نقش اسیدهای آمینه آسپارژین ۲۸ و لیزین ۳۰ فوتوپروتئین اکورین در جذب کلسیم
زمینه: فوتوپروتئین اکورین جدا شده از عروس دریایی اکوریا ویکتوریا ، فوتوپروتئین حساس به کلسیم است که از اپواکورین و گروه پروستاتیک کوالنترازین تشکیل شده و دراثر اتصال به کلسیم سبب نشر نور آبی می شود. این پروتئین مونومری شامل چهار موتیف ef hand است که سه موتیف آن می تواند به کلسیم متصل شود. از سوی دیگر افزایش کلسیم در مغز می تواند منجر به بیماری های عصبی نظیر آلزایمر، پارکینسون و سکته مغری گردد. ...
متن کاملتعیین احتیاجات لیزین و اسیدهای آمینه گوگرد دار قابل هضم جوجه‌های گوشتی در مرحله اول رشد
Digestible lysine and sulfur amino acid (SAA) requirements of Ross male broilers were determined during the starter period in two experiments. Broilers were fed a control corn-soy diet (3200 kcal MEn/kg and 23% CP) for 6 days and then randomly assigned to dietary treatments until 16 days of age. The basal diet containing 19% CP was prepared in order to be deficient in lysine for experiment 1 an...
متن کاملتعیین احتیاجات لیزین و اسیدهای آمینه گوگرد دار قابل هضم جوجه‌های گوشتی در مرحله اول رشد
Digestible lysine and sulfur amino acid (SAA) requirements of Ross male broilers were determined during the starter period in two experiments. Broilers were fed a control corn-soy diet (3200 kcal MEn/kg and 23% CP) for 6 days and then randomly assigned to dietary treatments until 16 days of age. The basal diet containing 19% CP was prepared in order to be deficient in lysine for experiment 1 an...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023