شناسایی باکتری های xanthomonas و بررسی پلی مورفیسم ژنتیکی آن ها با روش های مولکولی

چکیده جنس xanthomonas حاوی گونه های باکتریایی بیماری زای گیاهی است که سبب ایجاد بیماری در گیاهان مختلف می شود. هر گونه طیف میزبانی ویژه ای دارد. علاوه بر ایجاد بیماری در گیاهان می شود، اغلب گونه های این جنس صمغ زانتان را از طریق فرایند هوازی تولید می کنند. صمغ زانتان بیوپلیمر مهمی است و در صنایع غذایی، نفت و آرایشی کاربرد دارد. در مطالعات بسیاری با استفاده از روش های زیست شناسی مولکولی سعی شده است که سطوح بالایی از تنوع ژنتیکی را در میان گونه های این جنس و نیز درون گونه ها نشان دهند، از طرف دیگر پاتووار ها از گونه های مختلف این جنس شباهت های بسیار زیادی را از خود نشان می دهند که این مسئله منجر به طبقه بندی مجدد این جنس شده است. در این مطالعه به شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی در میان سویه های xanthomonas پرداخته شد. شناسایی آن ها با کمک توالی یابی ژن 16s rrna انجام شد. در این روش از پرایمر های یونیورسال27f و 1492r استفاده شد. نتیجه ی توالی یابی با نرم افزار bio editبررسی شد و توالی ها همتراز شدند و سپس با برنامه ی blast با سایر توالی های موجود در پایگاه ncbi مقایسه شدند و درصد شباهت آن ها بررسی شد. در این پژوهش 15 سویه مورد بررسی قرار گرفت که 13 سویه دارای 100-99 درصد شباهت به گونه ی xanthomonas campestris بودند، یک سویه با 99 درصد شباهت به xanthomonas arboricola و xanthomonas campestrisشبیه بود و یک سویه هم 99 درصد شباهت را به گونه ی xanthomonas translucens نشان داد .به منظور بررسی بیشتر پلی مورفیسم از تکنیک های مولکولی دیگر مثلpcr- rflp و rep-pcr استفاده شد. در روشpcr-rflp دو ناحیه ی ژنی به طور مجزا بررسی شد. یکی ناحیه ی internal transcribed sequence (its) و دیگری ژن atpd. ناحیه ی its با 8 آنزیم محدود کننده و ژن atpd با سه آنزیم محدود کننده بررسی شد. نتایج its نشان داد که این ناحیه در بین سویه های xanthomonas تقریبا حفاظت شده است و لذا فقط یک سویه در اکثر بررسی ها با آنزیم های مختلف متفاوت بود و سه سویه هم با یکی از آنزیم ها متفاوت شدند. ولی سایر سویه ها تنوعی را با یکدیگر نشان ندادند. در بررسی ژن atpd سویه شماره ی 1 نتوانست با پرایمری که برای این ژن مورد استفاده قرار گرفت تکثیر شود و سایر سویه ها هم در هضم آنزیمی تفاوتی را نشان ندادند به جز سویه ی شماره ی 12 که با یکی از آنزیم ها یک الگوی متفاوت را نشان داد. برای بررسی های دقیق تر از تکنیک های rep-pcr و eric-pcr استفاده شد. از آنجا که این تکنیک ها به بررسی تنوع ژنتیکی در کل ژنوم می پردازند لذا برای بررسی پلی مورفیسم مناسب تر می باشند. الگوی eric-pcr حتی تنوع بالاتری را نسبت به الگوی rep-pcr نشان داد و در واقع توانست الگوی بهتری را از تنوع جمعیتی سویه های مورد مطالعه به ما نشان دهد و از طرفی روشی است که هم از نظر زمانی و هم از نظر هزینه مقرون به صرفه است و برای انجام مطالعات بعدی نیز توصیه می شود