مطالعه دینامیک ملکولی و داکینگ برهمکنش نیکل (ii) فتالوسیانین تترا سدیم سولفونات و آنزیم آدنوزین دآمیناز

چکیده مطالعه دینامیک ملکولی و داکینگ بر همکنش نیکل(??) فتالوسیانین تترا سدیم سولفونات و آنزیم آدنوزین دآمیناز به وسیله ی: سید مرتضی فاضلی شبیه سازی دینامیک مولکولی آنزیم آدنوزین دآمیناز در غیاب و حضور 014/0، 028/0 و 042/0 مولار از نیکل(??) فتالوسیانین تترا سدیم سولفونات (nitnaspc) در دماهای مختلف توسط دینامیک مولکولی با استفاده از نرم افزار گرومکس 4.5.4 انجام شد. یک مولکول از آدنوزین دآمیناز در جعبه ای به ابعاد 105/9×105/9×666/8 نانومتر مکعب قرار داده شد. سپس تعداد مختلفی از nitnaspcو آب به محیط اضافه شدند. پس از آماده سازی فایل های ورودی، سیستم در دماهای 275 تا 450 کلوین در محدوده 20 نانوثانیه بهینه سازی شد. مساحت سطح قابل دسترس (asa) ، میزان دورنگ نمایی دورانی در طول موج 222 نانومتر (cd222nm)، نقطه میانی دمای گذار ((tm، تعداد پیوند هیدروژنی، تابع توزیع شعاعی و پارامترهای فیزیکی دیگر از آنالیز اطلاعات خروجی دینامیک مولکولی به دست آمدند. مارپیچ اولیه در بازه زمانی مورد مطالعه به پیچه تصادفی تبدیل شدند. افزایش دما سرعت گذار فاز از حالت منظم به پیچه تصادفی را زیاد می کند. نتایج ظرفیت گرمایی در فشار ثابت (cp) محاسبه شده نشان دادند که دمای این گذار فاز با افزایش غلظتnitnaspc زیاد می گردد. دمای میانی گذار (tm) 350 و 390 کلوین به ترتیب در غیاب و حضور 014/0 مولار از nitnaspc به دست آمدند. توابع توزیع شعاعی نشان می دهند که nitnaspc در غلظت های پایین مشابه اسمولیت ها رفتار می کند، یعنی مانند آن ها ساختار بتا را افزایش می دهد و لایه های هیدراته و میزان پایداری را زیاد می کند. در ضمن نتایج اتصال مولکولی (داکینگ) نشان داد که برهمکنش فتالوسیانین تترا سدیم سولفونات با آنزیم نسبت به زمانی که نیکل وجود دارد بیشتر می باشد. برهمکنش مشتق آنیونی و کاتیونی فتالوسیانین با آنزیم توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی به منظور مقایسه مطالعه گردید. در نهایت مشخص شد که فتالوسیانین آنیونی تاثیر بیشتری نسبت به مشتق کاتیونی روی آنزیم خواهد داشت. همچنین فتالوسیانین بدون فلز آنیونی اثرگذاری بیشتری نسبت به نوع فلزدار روی آنزیم خواهد داشت.