استفاده از همولوژی در تعیین برهم کنش بین پروتئین هادرسیستم های سلولی
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده مهندسی
- نویسنده آتوسا قهرمانی
- استاد راهنما محمود اخوان مهدوی
- تعداد صفحات: ۱۵ صفحه ی اول
- سال انتشار 1398
چکیده
هدف از انجام این تحقیق، کاوشی بر روشهای بالانس توالیهای پروتئینی و استخراج جزئیات مراحل اجرای آنها به منظور درک بهتر وشناسایی دقیقتر توالیهای پروتئینی دارای عملکرد ویا ساختار بیولوژیکی مشابه که اصطلاحا همولوگ نامیده میشوند،میباشد.اندازهگیری میزان شباهت توالیها توسط ماتریسهای جایگزینی متفاوتی براساس فاصله تکاملی توالیهااز یکدیگر،محاسبه میشود. آنالیز تعیین میزان مشابهتبین توالیها،ازدوالگوریتم برنامه نویسی دینامیک استفاده میکند که عبارتند از :1-الگوریتم بالانس کلی 2-الگوریتم بالانس موضعی. هر کدام از این دو الگوریتم دارای مراحل مختلفی برای شناسایی عملکرد توالیهای پروتئینی ناشناخته با استفاده از بالانس آنها با توالیهای پروتئینی شناخته شده به منظور شناسایی نواحی مشابه،میباشد.در این الگوریتمهاپس از شناسایی توالیهای پروتئینی مشابه با توالیهای ناشناخته،برای اطمینان از درستی نتایج و دستیابی به توالیهای همولوگ واقعی، با استفاده از پارامترهای آماری میزان اهمیت آماری نتایج ارزیابی میشود. به منظور جستجوی مشابهت در پایگاههای داده از دو الگوریتم ابتکاری و پر سرعت fasta وblast که نسخه های پیشرفته و اصلاح شده الگوریتم بالانس موضعیsmith-waterman میباشند،استفاده میشود. مراحل اجرای این دو الگوریتم بسیار مشابه میباشد، اما الگوریتمblast دارای نتایج دقیقتری است. در هردوالگوریتم،ارزیابی اماری نتایج به منظور بالابردن دقت نتایج حاصله و شناسایی توالیهای دارای مشابهت شانسی از توالیهای مابه واقعی، توسط پارامتری به نامe-vlueمحاسبه میشود.
منابع مشابه
بررسی برهم کنش مهمان - میزبان در فرایند استخراج پروتئین آلبومین سرم گاوی با استفاده از سامانه های میسلی معکوس
در این مطالعه اثر میسلهای معکوس کاتیونی بر ساختار پروتئین آلبومین سرم گاوی (BSA) مورد تحقیق قرار گرفت. طیف UV، فرایند کپسولهسازی و تراکم BSA را به ترتیب به صورت یک اوج در حوالی طول موج 279 نانومتر و پراکنش نور نشان داد. از طیفسنجی سیرکولاردیکرویزم برای یافتن ساختارهای دوم پروتئین در میسلهای معکوس و فاز آبی نرمال استفاده گردید. نتایج نشان داد که شکل بینظم و متراکم، صفحات نامنظم و رندم کویل، ...
متن کاملآنالیز شبکه برهم کنش پروتئین - پروتئین سلول‌های فیبروبلاست انسانی تیمار شده با الکل اتانول
سابقه و هدف: مطالعات انجام شده نشان می‌دهد که اتانول بیان پروتئین‌ها متعددی را در سلول‌های فیبروبلاست تغییر می‌دهد. تعدادی از این پروتئین‌ها از فاکتورهای مهم در سرطان‌زایی هستند. بنابراین، آنالیز نقش عملکردی و برهمکنش این دسته از پروتئین‌ها به منظور شناسایی مکانیسم‌های عملکردی و سرطان‌زایی الکل دارای اهمیت است. مواد و روش‌ها: در این تحقیق با استفاده از نرم‌افزار Cytoscape و الگوریتم‌های وا...
متن کاملبررسی ویژگی‌های توپولوژیکی ژن‌های تغییر بیان یافته خون در شبکه برهم کنش پروتئین- پروتئین برای بیماری دیابت نوع 1
سابقه و هدف: بیماری دیابت نوع 1 در نتیجه تخریب خودایمنی سلول‌های بتا تولید‌کننده انسولین در پانکراس ایجاد میشود. برای گسترش درمان بیماری، شناسایی نشانگرهای درمانی کارآمد مورد نیاز است. روشهای سیستم بیولوژی سبب فهم بهتری از عوامل عملکردی در بیماری می‌گردند. هدف این مطالعه، جستجوی نشانگرهای کاندید در این بیماری با بررسی ویژگی‌های توپولوژیکی زیرشبکه حاصل از تلفیق داده‌های بیان ژن و برهمکنش پروت...
متن کاملبررسی برهم کنش لاین سلولی L929 با داربست سه بعدی پوست انسانی
زمینه و هدف: داربست ایده آل برای مهندسی بافت، باید از ماتریکس خارج سلولی تقلید کند تا سبب تسهیل رشد و تمایز سلول ها شود. داربست های زیستی از سلول زدایی بافت های حیوانی یا انسانی حاصل می شوند ماتریکس خارج سلولی بافت های طبیعی را می توان برای کاربردهای ترمیمی حتی به صورت زنوژنیک، استفاده نمود. در این تحقیق برای اولین بار سلول زدایی کامل بافت پوست انسان (اپیدرم به همراه درم) صورت گرفت. این محصول م...
متن کاملبررسى برهم کنش امواج مایکروویو باسطح زمین
امروزه سنجش از دور مایکروویو در بررسى و پایش سطح زمین و عوارض آن از اهمیت بسزایى برخوردار مىباشد. اساس سنجش از دور مایکروویو مبتنى بر شناخت دقیق برهمکنش این امواج با سطوح مختلف زمین نظیر خاک، آب، پوشش گیاهى و...است. بدون چنین شناختى اتخاذ شیوه هاى کارآمد و مؤثر پدافند غیرعامل براى حفظ مراکز حیاتى، حساس و مهم امکان پذیر نمى باشد. در این مقاله به بررسى چگونگى برهم کنش امواج مایکروویو با اجزا...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده مهندسی
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023