تهیه مارکر 100bp dna

مارکرهای dna از جمله مواد رایج در بیولوژی مولکولی می باشند.استانداردهای وزنی مولکولی dna ترکیبی از قطعات dna (دو رشته ای یا تک رشته ای) با اندازه شناخته شده می باشند. به صورت معمول، نمونه dna و یک مارکر در حفرات مجاور هم در ژل آگارز بارگذاری می شوند. dnaبه وسیله الکتروفورز در ژل جداشده و اندازه قطعات نمونه به وسیله مقایسه میزان حرکت با باندهای شناخته شده مارکر، معین می گردد. هدف از مطالعه حاضر تهیه مارکر 100bp با دو روش pcr و کلونینگ بود. در روش pcr، 10 جفت پرایمر برای تکثیر قطعاتdna درمحدوده 100 تا bp1000، طراحی گردیدند. بعنوان dna الگو در pcr از پلاسمید باکتریایی pmal-c2x استفاده شد. محصولات pcr با استفاده از محلول فنل-کلروفرم استخراج شده و با اتانول رسوب داده شدند و سپس جذب نوری آنها در طول موجnm 260 آنالیز گردید. در آخر، محصولات pcr برای بدست آوردن محصول نهایی (مارکر) با یکدیگر ترکیب شده و مارکر بدست آمده با یک مارکر تجاری خریداری شده از شرکت های بیوتکنولوژی مقایسه گردید. در روش کلونینگ، مجددا قطعات 100 تاbp 1000 با استفاده از ده زوج پرایمر جدید در pcrتکثیر گردیدند.این پرایمرها دارای محل برش برای آنزیم های eco321، bamhiو bgliiبودند.هر محصول pcr به صورت جداگانه با آنزیم های bamhi و bglii که نواحی انتهایی را برش می دادند هضم گردید و وارد پلاسمید ptz57r که آن نیز با آنزیم bamhi برش داده شده بود، گردید. محل های محدود شده bamhiو bglii اجازه اتصال قطعات در جهت و نظم مناسب را می دادند. محل های eco321 برای رهاسازی مطلوب قطعات از پلاسمید حاصل شده استفاده گردید. در نهایت پلاسمید نوترکیب با آنزیم eco321 هضم و بعنوان مارکر با یک مارکر تجاری مقایسه گردید.