مطالعه ساختار dna تغییر شکل یافته به دو روش حل عددی و شبیه سازی مونته کارلو

پایان نامه
  • وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان - دانشکده علوم
  • نویسنده محمد حسین یمانی
  • استاد راهنما فرشید محمد رفیعی
  • تعداد صفحات: ۱۵ صفحه ی اول
  • سال انتشار 1388
چکیده

مولکول dna به عنوان یک پلیمر ناهمسانگر انعطاف پذیر حاوی اطلاعات زیستی می باشد که بهره برداری از آن ها نیاز اساسی به برهمکنش های پروتئین- dna دارد. اتصال dna به پروتئین ها موجب سازماندهی و بسته بندی آن در داخل هسته ی سلول شده، نسخه برداری از آن و خواندن ژن ها را ممکن می کند. مهمترین ویژگی dna، انعطاف پذیری آن است. به دلیل اهمیت dna، مطالعه خواص فیزیکی آن نیز ارزشمند بوده و مورد توجه بیوفیزیک دانان است. مدل سازی ابزار مناسبی است که به وسیله ی آن می توان ویژگی هایی نظیر کشش، خمش و پیچش را درdna توضیح داد. در این پایان نامه ابتدا طول ایستایی dna در دو بعد و سه بعد توسط مدل زنجیره کرم مانند و با استفاده از شبیه سازی متروپلیس مونته کارلو و با در نظر گرفتن ناهمسانگردی و جفت شدگی پیچشی-خمشی تعیین می شود. نشان داده می شود که اگرچه جفت شدگی پیچشی-خمشی تاثیر بسیار ناچیزی در طول ایستایی در سه بعد دارد ولی باعث افزایش طول ایستایی به اندازه 8% در دو بعد می شود. همچنین با ارائه مدل میله کشسان، انرژی dna را به دست آورده و با کمینه کردن انرژی و حل معادلات به روش عددی توسط نرم افزار auto07-p به مطالعه ی ساختار فضایی dna تحت شرایط اولیه مختلف با قیود انتگرالی متفاوت پرداخته و اثرات ناهمسانگردی و جفت شدگی پیچشی-خمشی در ساختار dna و انرژی آن بررسی می شود. ناهمسانگردی هم در دو بعد و هم در سه بعد باعث کاهش انرژی dna تغییر شکل یافته می شود ولی اثر جفت شدگی در دو بعد به صورت کاهش انرژی ظاهر می شود و در سه بعد انرژی را افزایش می دهد که در هر دو این حالت ها تغییر انرژی از مرتبه ی 2%-3% می باشد.

۱۵ صفحه ی اول

برای دانلود 15 صفحه اول باید عضویت طلایی داشته باشید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

بررسی تغییر شکل ورق فلزی تحت شکل دهی الکتروهیدرولیکی با استفاده از مشاهدات تجربی و شبیه سازی عددی به روش هیدرودینامیک ذرات هموار

شکل­دهی الکتروهیدرولیکی یک فرایند شکل­دهی ورق فلزی با سرعت‌بالا است که در آن دو الکترود در محفظه­ای پر از آب قرار دارند و تخلیه الکتریکی با ولتاژ بالا بین آن‌ها، فشار بالائی جهت شکل دادن ورق ایجاد می­کند. در این تحقیق جهت بررسی رفتار تغییر شکل ورق برنجی در طی شکل­دهی الکتروهیدرولیکی، آزمایش­های تجربی گسترده­ای (تا 2/3 کیلوژول) انجام می­شود. برای توضیح جنبه­های مختلف تغییر شکل ورق، فرمولاسیون هی...

متن کامل

بررسی صحت محاسبات توزیع دز فوتون در پرتودرمانی مزوتلیومای بدخیم پلور به روش ترکیب فوتون-الکترون با استفاده از شبیه سازی مونته کارلو

زمینه و هدف: در درمان مزوتلیومای بدخیم پلور در غیاب روش IMRT، درمان با پرتو فوتون و حفاظ ریه و سپس با پرتو الکترون انجام می‌گیرد. توزیع دز در درمان با فوتون تحت تاثیر بافت ناهمگن،عدم تعادل الکترونی در مرزها، وجود حفاظ در میان میدان و باریک بودن میدان می‌باشد. هدف از این پژوهش محاسبه توزیع دز در پرتودرمانی مزوتلیوما با پرتو فوتون و حفاظ جزیره‌ای ریه به روش شبیه‌سازی مونته‌کارلو و بررسی صحت محاسب...

متن کامل

شبیه سازی آبیاری نواری با دو الگوی حل عددی

معادلات سنت ـ ونانت از معادلات پایه ای در رشته‏های مختلف هیدرولیک، از جمله آبیاری سطحی است. در این تحقیق، با استفاده از روش تفاضل محدود و دو الگوی عددی لکس انتشاری (hd-lax) و مک‏کورومک (hd-mac)، مدل هیدرودینامیک کامل جریان در آبیاری نواری حل شد. به منظور ارزیابی این دو الگو، نتایج شبیه سازی با شش سری داده‏های اندازه‏گیری شده در شرایط متفاوت مقایسه شد. نمایه های ارزیابی نشان داد هر دو الگو از دق...

متن کامل

شبیه سازی xrf به روش مونته کارلو و پارامترهای تاثیرگذار در تایش مشخصه عناصر سنگین

عناصر سنگینی همچون کادمیوم،پلاتین،طلا،جیوه، سرب و......که به عناصر واسطه نیزمعروف هستند، مانند دیگر عناصراز راههای مختلف از طریق آب، هوا، غذا و دارو وارد بدن شده و در قسمتهای مختلف بدن تجمع می یابند.وجود بسیاری از این عناصر در بدن قبل ار آنکه به عنوان یک نیاز ضروری برای عملکرد بدن مطرح باشد، به عنوان یک وجود سمی شناخته میشود. بنابراین لازم است که غلظت این عناصر سمی در اعضا و بافتهای مختلف بدن ا...

15 صفحه اول

شبیه سازی سطح (100) شبکه fcc پلاتین و طلا به روش مونت-کارلو

  In this work, the (100) surface of Au and Pts face centered cubic lattice, has been simulated in Monte-Carlo method, using a 486-DX2 computer. The potential equation that was used for the interaction among atoms in the metal surfaces is called Sutton and Chen potential. This potential is introduced for the interaction of floating nuclei in the electron sea, and attractive term is a many body ...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان - دانشکده علوم

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023