مطالعه میان کنش هیستون ‏‎h1‎‏ بالیگاندهای مختلف توسط روشهای نظری

در حال حاضر روشهای شبیه سازی به ابزارهای قدرتمندی در تمام زمینه های علوم تبدیل شده اند. این روشها در مقایسه با روشهای مرسوم نظری و تجربی، راه سومی برای مطالعات می باشند که توانائی های بیشتری نسبت به روشهای تجربی در به بوته آزمایش گذاشتن نظریه های پیشرفته نسبت به روشهای آنالیتیک دارند و از آنها در پروسه هایی می توان استفاده کرد که با روشهای تجربی غیرقابل دسترس هستند. از میان روشهای متعدد شبیه سازی، روش نیمه تجربی مکانیک کوانتوم سیستم ارجح در مطالعات ساختاری پروتئینهای کوچک و میان کنش آنها می باشد. همچنین مورد توجه ترین روشهای نیمه تجربی نیز ‏‎am1, mndo‎‏ و ‏‎pm3‎‏ هستند.در تحقیق حاضر، میان کنش بعضی اسیدهای آمینه و پپتیدهای حاوی لیزین با مشتقات ان-آلکیل سولفات‏ مطالعه گردید. نتایج بدست آمده از مطالعات مشابه بر روی تری پپتیدهای حاوی لیزین نشان می دهد که اسید امینه سوم اثر قابل ملاحظه ای بر آنتالپی میان کنش ندارد. بنابراین معادلاتی نیز برای پیشگویی انرژی میان کنش تری پپتیدها بر اساس دی پپتیدها نوشته شد. محاسبات ساده تر در فاز آبی نیز انجام شد و ارزیابی بین محاسبات در فاز گازی با فاز آبی نیز صورت گرفت و معادلاتی برای تبدیل داده ها از فاز گازی به فاز آبی طراحی شد. از این معادلات برای تبدیل داده های مربوط به میان کنشهای پپتیدهای طویل تر از فاز گازی به فاز آبی استفاده شد.