نتایج جستجو برای: SOAPdenovo
تعداد نتایج: 42 فیلتر نتایج به سال:
The first sentence of the second paragraph of the ‘‘Assemblies’’ subsection of the Methods should have cited reference 34 instead of 33. The correct sentence should read: The Illumina datasets were assembled using SOAPdenovo 1.05 [34] using following parameters: ‘‘-K 23 -L 70 -M 3 -u -R -F’’. The fourth sentence of the first paragraph of the ‘‘Importance of Quality Control for Illumina Data’’ s...
MOTIVATION Transcriptome sequencing has long been the favored method for quickly and inexpensively obtaining a large number of gene sequences from an organism with no reference genome. Owing to the rapid increase in throughputs and decrease in costs of next- generation sequencing, RNA-Seq in particular has become the method of choice. However, the very short reads (e.g. 2 × 90 bp paired ends) f...
زعفران (crocus sativus l.)، ارزشمندترین و محبوبترین ادویه جهانی، گونهای تریپلوئید از خانواده iridaceae میباشد. این گونه با کلالههای قرمز، بلند و معطر، از سایر گونههای این خانواده متمایز است. با پیشرفتهای سریع بوجود آمده در نسل دوم توالییابی، توالییابی rna (rnaseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزانتری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالیهای ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه...
Premise of the study The use of genome skimming allows systematists to quickly generate large data sets, particularly of sequences in high abundance (e.g., plastomes); however, researchers may be overlooking data in low abundance that could be used for phylogenetic or evo-devo studies. Here, we present a bioinformatics approach that explores the low-abundance portion of genome-skimming next-gen...
زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوبترین ادویه جهانی، گونهای تریپلوئید از خانواده Iridaceae میباشد. این گونه با کلالههای قرمز، بلند و معطر، از سایر گونههای این خانواده متمایز است. با پیشرفتهای سریع بوجود آمده در نسل دوم توالییابی، توالییابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزانتری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالیهای ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه...
زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوبترین ادویه جهانی، گونهای تریپلوئید از خانواده Iridaceae میباشد. این گونه با کلالههای قرمز، بلند و معطر، از سایر گونههای این خانواده متمایز است. با پیشرفتهای سریع بوجود آمده در نسل دوم توالییابی، توالییابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزانتری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالیهای ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه...
BACKGROUND There is a rapidly increasing amount of de novo genome assembly using next-generation sequencing (NGS) short reads; however, several big challenges remain to be overcome in order for this to be efficient and accurate. SOAPdenovo has been successfully applied to assemble many published genomes, but it still needs improvement in continuity, accuracy and coverage, especially in repeat r...
Remarkable advances in DNA sequencing technology have created a need for de novo genome assembly methods tailored to work with the new sequencing data types. Many such methods have been published in recent years, but assembling raw sequence data to obtain a draft genome has remained a complex, multi-step process, involving several stages of sequence data cleaning, error correction, assembly, an...
BACKGROUND De novo assembly of non-model organism's transcriptomes has recently been on the rise in concert with the number of de novo transcriptome assembly software programs. There is a knowledge gap as to what assembler software or k-mer strategy is best for construction of an optimal de novo assembly. Additionally, there is a lack of consensus on which evaluation metrics should be used to a...
نمودار تعداد نتایج جستجو در هر سال
با کلیک روی نمودار نتایج را به سال انتشار فیلتر کنید