در این پایان‎نامه با استفاده از روش دینامیک مولکولی و نرم‎افزار گرومکس، کانال یونی پتاسیم kcsa را در معرض میدان الکتریک ثابت و سپس میدان الکتریکی متناوب در محدوده گیگا هرتز، قرار دادیم. چون عملکرد این کانال در عبور دادن یون‎ها از آن، وابسته به پتانسیل طبیعی غشایی است، بنابراین میدان‎های اعمال میدان‎های متفاوت از میدان طبیعی دو سر غشا باعث باعث تغییر این عملکرد می‎شوند. در حالت اعمال میدان الکتر...

میدان های الکتریکی متناوب در محدوده گیگا هرتز کاربرد زیادی در فناوری امروز دارند که از جمله می توان به فناوری انتقال اطلاعات اشاره کرد. از طرفی چون بافت موجودهای زنده متشکل از سلول است که حاوی اجزاء باردار و قطبی و همچنین یون های الکتریکی است، امکان برهم کنش این میدان ها با موجود های زنده وجود دارد که می تواند اثرهای مفید یا مضری برای موجود زنده داشته باشد. در این پایان نامه به مطالعه اثر میدان...

نانو تکنولوژی بهترین توصیف از فعالیت هایی است که در سطح اتم ها و مولکول ها در دنیای واقعی انجام می شود.یک نانو متر یک بیلیونیوم یک متر است که معادل حدودا ً80000/1 ضخامت موی انسان می باشد.لازمه دست یابی به اثرات ارزشمند در نانو تکنولوژی مکانیزه کردن فرآیند های مولکولی می باشد.مهندسی فرآیند های تولیدات مولکولی نیاز به انجام و کنترل، توسط تجهیزات رباتیک دارد که با عنوان نانو رباتیک شناخته می شوند.ن...

با استفاده از نرم افزار گرومکس adii را در پوشش میسلی sds برای مدت ده نانوثانیه در پنج دمای مختلف شبیه سازی کردیم.

زمینه و هدف: بیماری های پریونی گروهی از اختلالات تحلیل برنده دستگاه عصبی بوده که منجر به مرگ بیمار می شوند. این بیماری ها تبدیل پروتئین پریون سلولی طبیعی (prpc) به ایزوفرم غیرطبیعی آن با صفحات بتای فراوان (prpsc)، تشکیل و تجمع رشته های آمیلوییدی با مکانیسمی ناشناخته در سلول های عصبی را به دنبال دارند. هدف از این مطالعه، بررسی تأثیر افزایش یا کاهش موضعی درجه حرارت بر این فرآیند تبدیل می باشد. مو...

ویروس htlv-1 از خانواده رتروویروس ها می باشد و باعث ایجاد بیماری هایی نظیر لوسمی t-cell بزرگسالان (atl) ، تشنج گرمسیری فلج کننده (ham/tsp ) و اختلالات عصبی می گردد. پروتئین پروتئاز یکی از مهمترین آنزیم های ویروسی بشمار می رود و با مهار آن می توان از ادامه چرخه آلودگی این ویروس جلوگیری بعمل آورد. سری جدیدی از مهار کننده ها را ایجاد گردید و با استفاده از ابزارهای محاسباتی نحوه اتصال آن ها به پروت...

در این مقاله رفتار پروتئین چپرون شوک حرارتی کوچک در برابر تغییر دما براساس شبیه‌سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفته است. تغییرات ساختاری در دمای نرمال و متغیر، برای یک و دو زنجیره از پروتئین مورد بررسی قرار گرفته است. نتایج نشان می‌دهد میزان انعطاف پذیری بازو به حدی است که کاهش دما در شبیه‌سازی یک زنجیره سبب بسته شدن بازو و کاهش جابه‌جایی مرکز جرم می‌شود. در شبیه‌سازی دو زنجیره نیز کاهش ...

بررسی میدان الکتریکی و نیز توزیع یون ها در پیرامون ذرات کلوئیدی از جذابیت نظری و تجربی قابل ملاحظهای برخوردار میباشد. این جذابیت با پیشرفت روش های تجربی و امکان بررسی رفتار ذرات ریزتر با ابزارهای اندازه گیری دقیق تر، نه تنها کاهش نیافته، بلکه افزوده نیز شده است. بررسی پدیده هایی مانند جمع شدن ذرات کلوئیدی ، حرکت این ذرات در میدان الکتریکی خارجی و نیز حرکت این ذرات در میدان دمایی نیاز به دانستن ...

سابقه و هدف: در این مطالعه به اثر اتصال یون فلزی روی بر تغییرات ساختاری و پایداری پروتئین آمیلوئید بتا، موثر در بروز بیماری آلزایمر در سطوح مولکولی پرداختیم. روش بررسی: این بررسی با کمک محاسبات شبیه سازی دینامیکی مولکولی و با استفاده از نرم افزار گرومکس نسخه 4.6.5 و میدان نیروی 03 amber و مدل حلال آب spc216 انجام گرفت. یافته ها: به کمک انحراف جذر مربع میانگین، صحت انجام شبیه سازی بررسی و با کمک...

سابقه و هدف: مطالعه­ های آسیب شناختی، تشکیل پلاک های فیبری و توده های تجمع یافته پپتید آمیلوئید بتا (aβ) را یکی از دلایل بیماری آلزایمر پیشنهاد کرده اند. از آن­جا که این بیماری وابسته به ساختار فضایی پروتئین است در این مقاله به روش شبیه­ سازی دینامیک مولکولی مراحل آغازین تغییرهای کنفورماسیون دو مونومر از aβ، aβ (1-42) و aβ (1-40) مورد بررسی قرار می­گیرد. مواد و روش­ ها: ساختار nmr دو پپتید aβ (...