انرژی پیوندهای هیدروژنی مجزا (ehb) در برخی از دیمرهای دارای چند پیوند هیدروژنی با استفاده از مقادیر چگالی الکترونی در نقاط بحرانی پیوندها (bcp) به دست آمده از روش اتم ها در ملکول ها (aim) و در سطوح نظری b3lyp/6-311++g** و mp2/6-311++g** محاسبه شده است. انرژی های به دست آمده در توافق خوبی با نتایج روش قبلی و هم چنین با نتایج حاصل از آنالیز اوربیتال پیوندی طبیعی (nbo) هستند. هم چنین اثر استخلاف ر...

پیوند هالوژنی، برهمکنشی است که بین یک هالید (x) در یک مولکول (r?x) و یک جایگاه غنی از الکترون در نزدیکی باز لوئیس(y?r’) اتفاق می افتد. پیوند های هیدروژنی و هالوژنی خصوصیات مشابهی دارند. انرژی پیوند های هالوژنی مجزا ( exb) در آنالوگ های جفت باز های dna ( a-x-t، g-x-c) با استفاده از مقادیر چگالی الکترونی در نقاط بحرانی پیوند ها (bcp) بدست آمده از روش اتم ها در مولکول ها (aim) در سطحb3lyp/ 6-31g* ...

تأثیر متقابل برهم کنش ?-? و انرژی پیوندهای هیدروژنی مجزا در کمپلکس های سه تایی فنیل آلانین-گوانین-سیتوزین (ph:g-c) و فنیل آلانین-سیتوزین-گوانین (ph:c-g) در سطوح نظری mpwb1k/6-311++g** و m05-2x/cc-pvdz مورد مطالعه قرار گرفته است. برهم کنش بین پیوند هیدروژنی و برهم کنش استکی نشان می دهد هر دو برهم کنش اثر ضعیف کنندگی روی یکدیگر دارند. اثر برهم کنش استکی روی ساختارها و انرژی های مجزا در جفت باز گو...

هدف از این کار به دست آوردن یک رابطه ی کمی بین انرژی پیوندهای هیدروژنی مجزا و داده های nmr است. در بخش اول این تحقیق کمپلکسهای استخلافدار دی فرمیل فرمامید و در بخش دوم برخی کمپلکسهای دارای چند پیوند هیدروژنی مورد بررسی قرار گرفته است. به این منظور روی تمام ساختارها محاسبات nmr در سطحb3lyp/6-311++g** انجام شده است. برای رسیدن به یک رابطه ی منطقی بین داده-های nmr و قدرت پیوندهای هیدروژنی مجزا تما...

چکیده در این پایان نامه، خواص پیوندهای هیدروژنی در جفت بازهای dna (گوانین- سیتوزین و آدنین- تیمین) در حلال های آب، متانول و کلروفرم، با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مطالعه شدند و نتایج به دست آمده مقایسه شده و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. شبیه سازی های دینامیک مولکولی انجام شده نشان دادند که حلال های آب و متانول بر پیوندهای هیدروژنی جفت باز گوانین- سیتوزین، نسبت به جفت باز آدنین- تی...

نظریه تابعی چگالی از جمله روش های مطالعه دستگاه های زیستی به شمار می آید. در این پایان نامه برآنیم که به مطالعه قدرت پیوند هیدروژنی در ساختار پلی آلانین آلفاهلیکس با استفاده از کد محاسباتی wien2k بپردازیم. آلانین از جمله آمینواسیدهایی است که تمایل زیادی برای قرارگرفتن در ساختار آلفاهلیکس از خود نشان می دهد. ساختار آلفاهلیکس را به این دلیل انتخاب کرده ایم که می توان اثر برهم کنش پپتید-پپتید را ب...

برهم کنش رادیکال های هیدروکسیل، فنیل و فنوکسی با جفت بازهای تشکیل دهنده dnaدو رشته ای، آدنین- تیمین و گوانین-سیتوزین، با استفاده از روش dft مورد بررسی قرار گرفته است. برهم کنش رادیکال ها از هر دو طرف بالا و پایین با هریک از جفت بازها در حالت گازی و در حلال آب بررسی شده است. برای هر کمپلکس جفت باز- رادیکال ساختار هندسی با استفاده از روش b3lyp-6311g(d,p) بهینه شده و محاسبات انرژی وnbo در سطح محاس...

در تراز ملکولی، تعیین جفت‌شدگی مغناطیسی و نحوۀ انتقال بار در درون ملکول‌های مغناطیسی شرط کنترل‌پذیری آن‌ها برای طراحی ابزار است. در مقالۀ حاضر، مسیرهای غالب انتقال بار را در درون ملکول مغناطیسی [py.H]3[FeCl4]2Cl با استفاده از چگالی حالت‌های الکترونی (DOS) بر می‌رسیم. در این روش، ملکول را متشکل از مسیرهای کاملاً مجزا در نظر می‌گیریم، که مستقل از اجزاء دیگر آن است و اجزاء دیگر در مؤثرترین وضعیت، پ...

روش های ابتدا به ساکن مبتنی بر نظریه تابعی چگالی از جمله روش های نظری مطالعه ساختار های زیستی است که می تواند دستگاه-هایی شامل 200 اتم و یا حتی بیشتر را مورد مطالعه قرار دهد. فرمامید با ساختار شیمیایی chonh_2 ساده ترین آمیدی است که به دلیل دارا بودن پیوند هیدروژنی و همچنین با توجه به تشابه عناصر تشکیل دهنده ی این ساختار(نیتروژن، هیدروژن، کربن، اکسیژن) به ساختار پروتیین، می تواند به عنوان مدلی ...

محاسبات شیمی کوانتوم در سطح نظری ump2/aug-cc-pvdz برای ارزیابی اثرات متقابل روی برهم کنش¬های همزمان پیوند هیدروژنی تک الکترونی و پیوند دو هیدروژنی کمپلکس¬های h3c•••hcch•••hmgx و (ch3)3c•••hcch•••hmgx، به گونه ای کهh, f, cl x = انجام شده است. همچنین اثرات متقابل این برهم کنش¬ها بررسی گردید. نتایج، اثرات تضعیف کنندگی برهم¬کنش¬های همزمان هیدروژنی تک الکترونی و پیوند دو هیدروژنی را نشان می¬دهند. ای...