سابقه و هدف: در این مطالعه به اثر اتصال یون فلزی روی بر تغییرات ساختاری و پایداری پروتئین آمیلوئید بتا، موثر در بروز بیماری آلزایمر در سطوح مولکولی پرداختیم. روش بررسی: این بررسی با کمک محاسبات شبیه سازی دینامیکی مولکولی و با استفاده از نرم افزار گرومکس نسخه 4.6.5 و میدان نیروی 03 amber و مدل حلال آب spc216 انجام گرفت. یافته ها: به کمک انحراف جذر مربع میانگین، صحت انجام شبیه سازی بررسی و با کمک...

سابقه و هدف: در این مطالعه به اثر اتصال یون فلزی روی بر تغییرات ساختاری و پایداری پروتئین آمیلوئید بتا، موثر در بروز بیماری آلزایمر در سطوح مولکولی پرداختیم. روش بررسی: این بررسی با کمک محاسبات شبیه سازی دینامیکی مولکولی و با استفاده از نرم افزار گرومکس نسخه 4.6.5 و میدان نیروی 03 Amber و مدل حلال آب SPC216 انجام گرفت. یافته‌ها: به کمک انحراف جذر مربع میانگین، صحت انجام شبیه سازی بررسی و ...

آلفا گلوکزیداز (ec 3.2.1.20) یک آنزیم کلیدی است که مرحله نهایی در فرایند گوارش کربوهیدرات ها مثل نشاسته و شکر را کاتالیز می کند. در نتیجه این فرایند، کربوهیدرات ها به قندهای ساده تبدیل می شوند که می توانند از طریق روده کوچک جذب شوند. بنابراین، مهارکننده های آنزیم آلفا گلوکزیداز می توانند جهت کاهش سطح قند خون مورد استفاده قرار بگیرند. در این کار اثر بازدارندگی مشتقاتn-(phenoxydecyl) phthalimide ...

با توجه به اهمیت مهار vegf و ویژگی های بی نظیر vhh که آنها را در زمره نسل جدید داروهای از نوع آنتی بادی قرار داده ، هدف از این مطالعه تولید vhh علیه دمین متصل شونده به رسپتور vegf است تا بدین ترتیب از اتصال vegf به رسپتورش ممانعت بعمل آید. پس از تهیه گنجینه ژنی قطعات vhh از شتر ایمن، کتابخانه نمایش فاژی vhh ساخته شد. برای جداسازی فاژهای نمایشگرvhh با تمایل بالا به دمین متصل شونده به رسپتور vegf...

در این مطالعه برهمکنش تیوتپا، عاملی آلکیله کننده که در رژیم های درمانی سرطان در غلظت بالا به کار می رود، با آلبومین انسانی بررسی می گردد. به کار گرفتن طیف سنجی های جذبی در ناحیه مرئی-فرابنفش و فلوئورسانس مرسوم، همزمانی و سه بعدی به همراه شبیه سازی های اتصال و دینامیک مولکولی، و همچنین معادلات وانت هوف و استرن-ولمر طبیعت برهمکنش بین تیوتپا و آلبومین را آشکار می سازند. عامل ترمودینامیکی ‍‍پیش برن...

آدنوزین دآمیناز (3.5.4.4 ec)، یک متالو آنزیم حاوی یون روی است. این آنزیم یک نقش کلیدی را در متابولیسم پورین و هیدرولیز غیر قابل برگشت آدنوزین و 2-دئوکسی آدنوزین به نوکلئوزید های اینوزین و آمونیاک، بازی می کند. درک برهمکنش آدنوزین دآمیناز با مهارکننده هایش برای ایجاد و توسعه نسل های آینده عوامل دارویی ضروری است. شبیه سازی های رایانه ای می توانند این برهمکنش ها را نشان دهند. در بررسی اخیر برهمکنش...

رفتار برخورد ذرات ترد در مقیاس نانو یک موضوع بحث انگیز در روش های پاشش جدید نظیر پاشش ایروسول و پاشش سرد محسوب می شود. لذا در این پژوهش به کمک شبیه سازی به روش دینامیک مولکولی به بررسی این موضوع پرداخته شده است. برای این منظور ابتدا یک ماده ترد به کمک کاهش شعاع موثر در تابع پتانسیل لناردجونز به منظور ایجاد رفتاری ترد در ماده تعریف شد. پس از توصیف ماده ترد شبیه سازی رفتار برخورد ذرات به ازای مهم...

توالی های تک رشته DNA یا RNA که تحت عنوان آپتامر شناخته می شوند قادرند مولکول هدف را با اختصاصیتی در حد آنتی بادی های مونوکلونال ردیابی نمایند. با این وجود قرار گیری مایکوتوکسین ها در گروه مولکول های کوچک و تفاوت بالای وزن مولکولی آنها با توالی های آپتامری تبدیل به چالشی جدی در معرفی پروب های آپتامری برای آنها شده است. در بررسی حاضر با هدف دستیابی به توالی آپتامری جدید و کوتاه تر برای آفلاتوکسی...

شبیه سازی دینامیک مولکولی روشی مناسب برای مدل سازی میکروسکوپی مواد است و در شاخه های مختلف علوم و تکنولوژی کاربرد فراوان دارد. اندازه گیری تجربی خواص ترمودینامیکی تعداد زیادی از مواد را به دلیل هزینه بالا و صرف زمان زیاد اقتصادی نیست. با استفاده از روش های محاسباتی مانند شبیه سازی دینامیک مولکولی، می توان خواص ترمودینامیکی آن ها را محاسبه و نتایج حاصل را با داده های تجربی مقایسه نمود. یکی از مب...