موضوع این پایان نامه در حوزه ریاضیات زیستی قرار دارد که بر مدل سازی طبیعی فرآیند های زیستی با استفاده از ابزارها و روش های ریاضی مبتنی است. کاربرد ریاضیات در زیست شناسی تاریخ طولانی دارد اما اخیراّّ به دلایل زیر سروصدایی را در بین علاقمندان خود ایجاد کرده است: 1- پیشرفت های اخیر ابزارهای ریاضی نظیر تئوری های بی نظمی، که به فهم مکانیزم های پیچیده و غیرخطی در زیست شناسی کمک زیادی می کند. 2- افز...

ساختارهای دوم اسیدهای نوکلئوتید کلاس خاصی از ساختارهای وقوع هستند. اهمیت زیاد مولکولهای rna به دلیل شبه گره ها و ویژگی های ساختاری است که با تعریف قدیمی ساختارهای دوم که فاقد شبه گره هستند، متفاوت است. در اینجا ساختارهای دوم عمومی را با شبه گره های غیر متداخل یکی می گیریم که به آن ساختارهای دوم-دوبخشی می گوییم و اندازه ای را برای پیچیدگی ساختارهای وقوع در خواص گراف مطرح می کنیم. نتایج محاسبه شد...

مولکول rna دنباله ای از چهار نوکلئوتید g، c، a و u است که نقش مهمی را در فرآیندهای زیستی انجام می دهد. این نوکلئوتیدها به کمک پیوندهای هیدروژنی به یکدیگر متصل شده و در نتیجه هر مولکول rna در داخل سلول به شکل خاص (ساختار) درآمده و شکل این ساختار، عملکرد مولکول rna را مشخص می کند. پیش بینی ساختار rna یکی از مسائل مهم در علم بیوانفورماتیک می باشد که توجه ویژه ای در سال های اخیر به آن شده است. به د...

برهم کنش دو مولکول rna در بسیاری از فرآیندهای زیستی مانند تنظیم بیان ژن، کنترل رشد و نمو سلولی نقش دارد. در این فرآیند، یک مولکول rna با ایجاد برهم کنش های پایدار با rna دیگر از ترجمه ی آن جلوگیری می کند. به همین دلیل الگوریتم-هایی جهت پیشگویی برهم کنش دو مولکول rna ایجاد شده اند. یکی از چالش های اکثر این الگوریتم ها، زمان محاسباتی بالای آنها است. در این پایان نامه سه الگوریتم جدید به نام های t...

ساختارهایrna بصورت پیکره حلزونی شکل از دنباله هایrna می باشد که به وسیله زنجیره هایی از نوکلئوتیدهای آدنین، گوانین، سیتوزین و اوراسیل توسط قوانین جفت پایه ای واتسن و کریک به صورت (a-u , u-g) و (g-c) پیوند هیدروژنی برقرار می کنند. پیش بینی ساختار rna یکی از مسائل مهم در علم بیوانفورماتیک می باشد، که توجه ویژه ای در سال های اخیر به ان شده است. در این پایان نامه روش های شمارش تعداد ساختارهایrna، ...

مولکول rna نقش مهم و اساسی در فرآیندهای زیستی ایفا می¬کند. در بیشتر مواقع، عملکرد rnaها توسط ساختار آنها مشخص می¬شود. با توجه به پیچیدگی و هزینه بر بودن روش¬های آزمایشگاهی برای پیشگویی ساختار rnaها، از روش¬های محاسباتی استفاده می¬گردد. الگوریتم¬های متنوعی جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول rna وجود دارد. در این مقاله، یک الگوریتم ژنتیک بنام rnag جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول rna براساس حداقل انرژی آ...

مولکول RNA نقش مهم و اساسی در فرآیندهای زیستی ایفا می¬کند. در بیشتر مواقع، عملکرد RNAها توسط ساختار آنها مشخص می¬شود. با توجه به پیچیدگی و هزینه بر بودن روش¬های آزمایشگاهی برای پیشگویی ساختار RNAها، از روش¬های محاسباتی استفاده می¬گردد. الگوریتم¬های متنوعی جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA وجود دارد. در این مقاله، یک الگوریتم ژنتیک بنام RNAG جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA براساس حداقل انرژی ...

rnaها در بسیاری از فرایندهای زیستی و پزشکی نقش حیاتی دارند و کارکرد rna به طور مستقیم به ساختارش وابسته است. طراحی ساختارهای rna مسئله ای اصلی در زمینه ی زیست شناسی است که دردرمان و نانوتکنولوژی اهمیت دارد. به همین دلیل الگوریتم هایی برایپیش گویی ساختار دوم rna ایجاد شده است. در این مقاله الگوریتمی برایپیش گویی دقیق ساختار دوم rna بر اساس کمترین میزان انرژی آزاد و بیشترین تعداد جفت بازهای مجاور...