زمینه و هدف: دینامیک مولکولی، روشی برای شبیه سازی رفتار ترمودینامیکی مواد در سه فاز جامد، مایع و گاز با استفاده از نیرو، سرعت و مکان ذرات می باشد. دربین این عوامل، مهمترین عامل، نیرو است. در شبیه سازی دینامیک مولکولی کلاسیک، نیرو از پتانسیل کلاسیک به دست می آید. پتانسیل کلاسیکی، تابعی از مکان اتم ها یا هسته هاست و به موقعیت الکترون ها در اتم ها وابسته نیست. هدف از این کار، مطالعه و مقایسه ی انر...

زمینه و هدف: دینامیک مولکولی، روشی برای شبیه‌سازی رفتار ترمودینامیکی مواد در سه فاز جامد، مایع و گاز با استفاده از نیرو، سرعت و مکان ذرات می‌باشد. دربین این عوامل، مهمترین عامل، نیرو است. در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کلاسیک، نیرو از پتانسیل کلاسیک به‌دست‌می‌آید. پتانسیل کلاسیکی، تابعی از مکان اتم‌ها یا هسته‌هاست و به موقعیت الکترون‌ها در اتم‌ها وابسته نیست. هدف از این کار، مطالعه و مقایسه‌ی انر...

مقدمه: بسیاری از ترکیبات مشتق شده از گیاهان دارویی مانند آنتی‌اکسیدان‌ها و پلی فنل ها نقش بسزایی در پیشگیری و درمان انواع سرطان ها دارند. یکی از فرایندهای مهار سرطان، فعال کردن مسیر آپوپتوز است و ما قصد داریم در این مطالعه، تأثیر دینامیک مولکولی هسپرتین (Hesperetin) را بر روی فاکتورهای پیش آپوپتوزی Bad، Bak و Bim در محیط شبیه‌سازی‌شده بررسی نماییم. روش کار: اطلاعات مربوط به ساختار سه بعدی و فای...

اکتین فراوان ترین پروتئین درون یاخته ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار atp و adp وجود دارد. در همین راستا در این...

تشکیل ساختارهای آمیلوئیدی به دلیل ایجاد بیماری‌هایی مانند آلزایمر، پارکینسون، و دیابت نوع 2، مورد توجه محققان است. از جمله مهارکننده‌های مهم، حلقه‌های ایندولی می‌باشند. مطالعات تجربی بر روی دو نوع ترکیب بیس ایندولی نشان داده است که ترکیب بیس ایندولیل 2-متیل فنیل متان (BI2MPM) مهارکننده‌ی فیبریلاسیون آمیلوئیدی پروتئین لیزوزیم است. اما ترکیب بیس ایندولیل 3-نیترو فنیل متان (BI3NPM) قدرت مهاری چندا...

چکیده افزودن ایزوله ی پروتئین سویا می تواند اقدامی مفید و مقرون به صرفه برای بهبود ویژگیهای عملکردی پنیر پیتزای آنالوگ باشد. پنیرهای آنالوگ حاوی 2، 3 و 5% وزنی-وزنی ایزوله ی پروتئین سویا در جایگزینی جزئی کازئینات تولید شدند و رئولوژی دینامیک این محصولات تحت آزمون روبش دما در مقایسه با نمونه ی شاهد (بدون سویا) مطالعه گردید. ویژگیهای رئولوژیکی دینامیک پنیرهای آنالوگ حاوی سطوح گوناگون ایزوله ی پرو...

در این مقاله رفتار پروتئین چپرون شوک حرارتی کوچک در برابر تغییر دما براساس شبیه‌سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفته است. تغییرات ساختاری در دمای نرمال و متغیر، برای یک و دو زنجیره از پروتئین مورد بررسی قرار گرفته است. نتایج نشان می‌دهد میزان انعطاف پذیری بازو به حدی است که کاهش دما در شبیه‌سازی یک زنجیره سبب بسته شدن بازو و کاهش جابه‌جایی مرکز جرم می‌شود. در شبیه‌سازی دو زنجیره نیز کاهش ...

شناخت عوامل ساختاری تعیین کننده ی در یکپارچگی جایگاه فعال آنزیمی، می تواند اطلاعات مفیدی را جهت طراحی ماشین های کاتالتیک نوین با کارآیی بالاتر فراهم آورد. خانواده ی کوتینازها و به خصوص کوتیناز فوساریم سولانی که یک آنزیم مدل می باشد، به دلیل خواص ساختاری و عملکردی خاص خود و دارا بودن سه گانه ی کاتالتیک ser-his-asp مربوط به سرین استرازها و نیز به دلیل کاربردهای صنعتی گسترده، آنزیم هایی خوش آتیه ج...

سابقه و هدف: در این مطالعه به اثر اتصال یون فلزی روی بر تغییرات ساختاری و پایداری پروتئین آمیلوئید بتا، موثر در بروز بیماری آلزایمر در سطوح مولکولی پرداختیم. روش بررسی: این بررسی با کمک محاسبات شبیه سازی دینامیکی مولکولی و با استفاده از نرم افزار گرومکس نسخه 4.6.5 و میدان نیروی 03 amber و مدل حلال آب spc216 انجام گرفت. یافته ها: به کمک انحراف جذر مربع میانگین، صحت انجام شبیه سازی بررسی و با کمک...