تابع نیروی دانش پایه نوعی از توابع نمره دهی می باشد که از آن در زمینه تشخیص فولد پروتئین ها با موفقیت قابل توجهی استفاده شده است. ما در این مطالعه کارایی نوعی تابع انرژی دانش پایه و تابع نیروی هم ارز آن را در تشخیص کمپلکس های درست پروتئین-پروتئین از کمپلکس های نادرست، با یکدیگر مقایسه کردیم. مقدار نیروی کل که از یک جزء کمپلکس (گیرنده/لیگاند) بر جزء دیگر وارد می شود به عنوان معیار پایداری کمپلکس...

در حال حاضر توجه زیادی نسبت به استفاده از مولکول هایی مثل پروتئین ها و اسیدهای نوکلئیک جهت ایجاد نانوساختارهای زیستی وجود دارد. اما به دلیل وجود ارتباط پیچیده بین توالی، ساختار و عملکرد در پروتئین ها، قرار دادن کنترل شده آنها در کنار یکدیگر با هدف ساخت نانوساختارهای زیستی، عملا یکی از چالش های بسیار بزرگ در زمینه نانوفناوری است. از آنجایی که شناسایی مولکول های مکمل توسط یکدیگر اولین ضرورت د...

استرس گرمایی یکی از مهمترین مشکلاتی است که تاثیر منفی بر روی مصرف غذا، نرخ رشد، شبکه عصبی، عملکرد سیستم ایمنی و همچنین نرخ مرگ و میردارد. در شرایط استرس گرمایی، سنتز اکثر پروتئین‌ها به تاخیر می‌افتد اما پروتئین‌های استرس گرمایی(HSP) به طورسریع سنتز می شوند و نقش مهمی در زنده مانی سلول‌ها دارند. از مهمترین آنها، HSP70 می باشد که ساختار کریستالوگرافی آن در زنبورعسل گزارش نشده و مدلسازی آن می توان...

زمینه و هدف : ویروس htlv-1 جز خانواده رتروویروس ها می باشد ، این ویروس در انسان باعث ایجاد بیماری هایی نظیر لوسمی t-cell بزرگسالان (atl )، ham/tsp و ... می گردد . یکی از پروتئین های مهم در این ویروس پروتئاز است که برای بلوغ ویروس نیز ضروری می باشد .مهارکننده هایی که تاکنون برای پروتئاز ساخته شده اند ،فعالیت مناسبی را از خود نشان نداده اند .در این مطالعه سری جدیدی از مهار کننده ها ایجاد و با است...

مقدمه: جهت لقاح، پروتئین سطحی اسپرم به نام "IZUMO” به عنوان لیگاند برای میانکنش با JUNO (یا رسپتور ایزومو(IZUMO1R)) ضروری است. میانکنش:IZUMO1R/JUNOIZOMO1 یک مرحله حیاتی چسبندگی بین اسپرم و اووسیت در اتصال و فیوژن غشای پلاسمائی است البته جهت فیوژن سلولی کافی نمی‌باشد و پذیرنده‌های دیگری نیز در این اتصال نقش دارند. در این تحقیق G protein-coupled receptor 15 (GPR15) به عنوان شریک دیگر میانکنش اسپر...

مقدمه: آنتی بادی ها نقش مهمی در ایمونوتراپی، پژوهش های بنیادی و فرآیندهای صنعتی بازی می کنند. مطالعه میان کنش بین کمپلکس های آنتی بادی-آنتی ژن از اهمیت خاصی برای درک عملکرد آن ها برخوردار است. از این اطلاعات می توان در جهت بهینه سازی آنتی بادی های موجود و طراحی منطقی آنتی بادی های جدید، به منظور درمان و کاربردهای بیوتکنولوژی همچون حسگرهای زیستی بهره برد. امروزه مهندسی آنتی بادی به طور گسترده ای...

تشکیل ساختارهای آمیلوئیدی به دلیل ایجاد بیماری‌هایی مانند آلزایمر، پارکینسون، و دیابت نوع 2، مورد توجه محققان است. از جمله مهارکننده‌های مهم، حلقه‌های ایندولی می‌باشند. مطالعات تجربی بر روی دو نوع ترکیب بیس ایندولی نشان داده است که ترکیب بیس ایندولیل 2-متیل فنیل متان (BI2MPM) مهارکننده‌ی فیبریلاسیون آمیلوئیدی پروتئین لیزوزیم است. اما ترکیب بیس ایندولیل 3-نیترو فنیل متان (BI3NPM) قدرت مهاری چندا...

زمینه و هدف : ویروس htlv-1 جز خانواده رتروویروس ها می باشد ، این ویروس در انسان باعث ایجاد بیماری هایی نظیر لوسمی t-cell بزرگسالان (atl )، ham/tsp و ... می گردد . یکی از پروتئین های مهم در این ویروس پروتئاز است که برای بلوغ ویروس نیز ضروری می باشد .مهارکننده هایی که تاکنون برای پروتئاز ساخته شده اند ،فعالیت مناسبی را از خود نشان نداده اند .در این مطالعه سری جدیدی از مهار کننده ها ایجاد و با است...

در این رساله، فعالیت داروها بر اساس ساختار پروتئین هدف و برهمکنش داروها با آن و سپس محاسبه توصیف کننده های دارو و ساخت یک مدل ریاضی بین فعالیت دارو و توصیف کننده ها (qsar) پیش بینی شد. در این رابطه ساختار سه بعدی پروتئین مورد نیاز بود. در مواردی که ساختار کریستالی پروتئین موجود نبود جهت پیش بینی ساختار سه بعدی آن از روش مدل سازی همسانی(homology modeling) استفاده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی سا...

مقدمه: از آن جا که داروهای سنتزی ضد فشار خون دارای اثرات جانبی است، استخراج پپتیدهای ضد فشار خون از منابع طبیعی فاقد اثرات جانبی مورد نیاز است. هدف از این تحقیق، شناسایی پپتید حاصل از هیدرولیز آنزیمی پروتئین های تخم شترمرغ و مطالعه ی اثرات مهار کنندگی آن بر آنزیم تبدیل کننده ی آنژیوتانسین - 1 بود. روش ها: هیدرولیز آنزیمی پروتئین های تخم شترمرغ با استفاده از آنزیم های پپسین و پانکراتین انجام شد....