تشکیل ساختارهای آمیلوئیدی به دلیل ایجاد بیماری‌هایی مانند آلزایمر، پارکینسون، و دیابت نوع 2، مورد توجه محققان است. از جمله مهارکننده‌های مهم، حلقه‌های ایندولی می‌باشند. مطالعات تجربی بر روی دو نوع ترکیب بیس ایندولی نشان داده است که ترکیب بیس ایندولیل 2-متیل فنیل متان (BI2MPM) مهارکننده‌ی فیبریلاسیون آمیلوئیدی پروتئین لیزوزیم است. اما ترکیب بیس ایندولیل 3-نیترو فنیل متان (BI3NPM) قدرت مهاری چندا...

سیکلوسپورین a یکی از داروهای مهارکننده سیستم ایمنی است که به طور گسترده در عمل های پیوند اعضا بکار می رود. سیکلوسپورین a به پروتئین سیتوزولی سیکلوفیلین در سلول های لنفوسیت به خصوص لنفوسیت t اتصال می یابد. در این پایان نامه نحوه اتصال سیکلوسپورین به سیکلو فیلین با استفاده از داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفت که برای محاسبات داکینگ از برنامه autodock 4 و برای شبیه سازی های د...

مطابق نظریه ی آمیلویید، علّت آسیب دیدن سلول های عصبی سیستم اعصاب مرکزی در بیماران آلزایمری، تجمّع و تشکیل توده های پروتیین آمیلوییدبتا است. بدین منوال، تجزیه ی صفحه های بتا در مرحله ی ابتدایی این فرایند به عنوان یک روش درمان مناسب برای این بیماری پیشنهاد می شود. دارویی که درین تحقیق مطابق همین هدف استفاده شده، پنج پپتید جداشده از پایانه ی کربوکسیل آمیلوییدبتا با توالی گلیسین، لوسین، متیونین، والی...

فلاونوئیدها ترکیبات طبیعی فنلی هستند که در غذاهای گیاهی یافت می شوند. این ترکیبات دارای فعالیت-های بیولوژیکی و دارویی زیادی از جمله خواص آنتی اکسیدانی، ضد التهابی، ضد میکروبی، ضد آلرژی و ضد سرطانی می باشند. فیستین یک فلاونول است که از لحاظ ساختاری متعلق به گروه پلی فنل ها می باشد. این ترکیب در بسیاری از گیاهان به عنوان رنگ کننده عمل می کند، فرمول شیمیایی آن اولین بار توسط شیمیدان اتریشی به نام ...

اعضای خانواده‏ی آرورا کیناز (a، b و c) مجموعه‏ای از سرین/ترئونین کینازهای حفاظت‏شده و بسیار خویشاوند هستند که از تنظیم‏کنندگان کلیدی میتوز و چندین مسیر پیام‏‏رسانی در سلول می‏باشند. تنظیم نابجای آرورا کینازها منجر به ناپایداری ژنتیکی (آنیوپلوئیدی) شده و احتمالاً با تومورزایی همراه است. خانواده‏ی آرورا کیناز اهدافی جذاب در درمان سرطان هستند و تعداد رو به افزایشی از مهارکنندگان آرورا کینازها وارد ...

آلزایمر شایع ترین نوع بیماری زوال عقل در افراد بالای 65 سال می باشد که علت اصلی و روش درمان قطعی آن تاکنون به درستی مشخص نشده است. مطالعات آسیب شناختی، تشکیل پلاک های فیبری و توده های تجمع یافته پروتئین آمیلوئید بتا در سیستم اعصاب مرکزی را به عنوان یکی از دلایل بیماری آلزایمر پیشنهاد و مهار این فرایند را به عنوان روش درمان مؤثر برای این نوع بیماری معرفی کرده اند. ناحیه والین10-اسیدگلوتامیک22 از...

در میان پروتئین ها، پروتئین سرم آلبومین انسانی بیشتر از همه مورد مطالعه قرارگرفته و کاربردهای گسترده ای در بیوشیمی دارد. آلبومین سرم انسانی (hsa) فراوان ترین پروتئین موجود در پلاسما و حمل کننده ی بسیاری از داروها برای اهداف دارویی مختلف است. همچنین آلبومین حمل ونقل کننده هورمون ها، اسیدهای چرب و ترکیبات دیگر است، و فشار اسمزی را حفظ می کند. به دلیل خواصی که آلبومین در پیوند شدن با لیگاندها دارد...

هدف از انجام این رساله، مطالعه برهمکنش داروهای پیشنهادی با ماکرومولکول¬ها و طراحی پپتیدهایی بر اساس سطح تماس آنتی¬ژن-آنتی-بادی (اپی¬توپ-پاراتوپ) می¬باشد. در بخش اول رساله، فعالیت مهارکنندگی ترکیباتی با ساختار پایه پیرازول وتیازول برای گیرنده اکتیوین شبه¬کینازی (alk5) مورد بررسی قرار گرفت. ابتدا با استفاده از شبیه¬سازی دینامیک مولکولی، ساختار سه بعدی گیرنده alk5 در محیط آب پیش¬بینی شد و نتایج ...

در این رساله، فعالیت داروها بر اساس ساختار پروتئین هدف و برهمکنش داروها با آن و سپس محاسبه توصیف کننده های دارو و ساخت یک مدل ریاضی بین فعالیت دارو و توصیف کننده ها (qsar) پیش بینی شد. در این رابطه ساختار سه بعدی پروتئین مورد نیاز بود. در مواردی که ساختار کریستالی پروتئین موجود نبود جهت پیش بینی ساختار سه بعدی آن از روش مدل سازی همسانی(homology modeling) استفاده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی سا...