ملکول کافئین (caf) یک آلکالوئید از مشتقات پورین است و از آنجایی که caf آنالوگ باز آدنین (a) است، می تواند به ماکروملکول dna ملحق و با باز تیمین (t) جفت شود. گاهی اوقات به باز سیتوزین (c) متصل و جفت باز at را به جفت باز gc تبدیل می کند و منجر به جهش انتقالی می شود. به همین دلیل بعضی نویسندگان caf را به عنوان جهش زای ضعیف در نظر می گیرند. بنابراین، در این پروژه، برای مطالعه برهمکنش های ملکول caf ...

چکیده در این پایان نامه، خواص پیوندهای هیدروژنی در جفت بازهای dna (گوانین- سیتوزین و آدنین- تیمین) در حلال های آب، متانول و کلروفرم، با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مطالعه شدند و نتایج به دست آمده مقایسه شده و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. شبیه سازی های دینامیک مولکولی انجام شده نشان دادند که حلال های آب و متانول بر پیوندهای هیدروژنی جفت باز گوانین- سیتوزین، نسبت به جفت باز آدنین- تی...

ساختار، خواص و عملکرد اسیدهای نولکییک تحت تاثیر برهمکنش های آنها با یونهای فلزی می باشد. این یونها نقش بسیار مهمی در پایداری و ناپایداری ساختار دو رشته ای dna جفت بازها و بازهای منزوی آن دارند برای درک نقش مهم کاتیونها در بیوفیزیک dna .ابتدا باید جزییات برهمکنش این یونها با بازهای منزوی مورد بررسی قرار گیرد. به منظور تامین این هدف در این پژوهش به مطالعه برهمکنش بازهای اسیدهای نوکلییک (آدنینی ، ...

اهمیت ترکیبات سیس پلاتین در درمان بیماری های مختلف از جمله سرطان, ما را بر آن داشت تا چگونگی اثر این داروها را بر نوکئوتیدهای رشته ی dna مورد بررسی قرار دهیم. بررسی ها را با استفاده از روش های مکانیک کوانتومی تئوری تابعی چگال(dft)در سطح محاسباتی b3lyp/lanl2dzانجام داده ایم تا جهت گیری دارو را نسبت به رشته و بر همکنش آن را مورد توجه قرار داده و بتوان قدرت آن را مورد محاسبه قرار داد.در این مطالعه...

برهم کنش رادیکال های هیدروکسیل، فنیل و فنوکسی با جفت بازهای تشکیل دهنده dnaدو رشته ای، آدنین- تیمین و گوانین-سیتوزین، با استفاده از روش dft مورد بررسی قرار گرفته است. برهم کنش رادیکال ها از هر دو طرف بالا و پایین با هریک از جفت بازها در حالت گازی و در حلال آب بررسی شده است. برای هر کمپلکس جفت باز- رادیکال ساختار هندسی با استفاده از روش b3lyp-6311g(d,p) بهینه شده و محاسبات انرژی وnbo در سطح محاس...

انرژی پیوندهای هیدروژنی مجزا (ehb) در برخی از دیمرهای دارای چند پیوند هیدروژنی با استفاده از مقادیر چگالی الکترونی در نقاط بحرانی پیوندها (bcp) به دست آمده از روش اتم ها در ملکول ها (aim) و در سطوح نظری b3lyp/6-311++g** و mp2/6-311++g** محاسبه شده است. انرژی های به دست آمده در توافق خوبی با نتایج روش قبلی و هم چنین با نتایج حاصل از آنالیز اوربیتال پیوندی طبیعی (nbo) هستند. هم چنین اثر استخلاف ر...

برهمکنش نیل بلو با پلی نوکلئوتیدهای سنتزی، پلی(گوانین- سیتوزین)، پلی(آدنین- تیمین) و dna غده تیموس گوساله در بافر فسفات 5/2 میلی مولار با ph 20/7 توسط اسپکتروسکوپی جذب uv-vis و فلورسانس بررسی شده است. در طیف جذبی رنگینه کاهش شدید جذب به همراه جابجایی به سمت طول موج های کوتاهتر و خاموشی در طیف فلورسانس مشاهده گردید که بیانگر پیوند قوی نیل بلو با پلی نوکلئوتیدها و dna می باشد. مقادیر تمایل پیوند ...

تحقیقات گسترده ی پژوهشگران منجر به کشف خواص ضدسرطانی ترکیبات مشتق شده از ایمیدازول گردیده است. با توجه به جدید بودن این سری از ترکیبات و نقص داروهای موجود که باعث ایجاد ضایعاتی در رشته ی dnaمی شوند، نیاز مبرم به یافتن راههایی برای مقابله با این معضل احساس می شود. ارزش و دقت روش های محاسباتی، ما را بر آن داشت تا 4 نوکلئوتید آدنین، سیتوزین، گوانین و تیمین را به عنوان معیاری از رشته ی dna برگزیده ...

هدف از این مطالعه، تجزیه ژنتیکی و فیلوژنتیک ناحیه D-LOOP ژنوم میتوکندری بوقلمون بومی خراسان بود. بدین منظور، از 20 قطعه بوقلمون بومی خراسان نمونه خون جمع آوری گردید. پس از استخراج  DNA، تکثیر قطعه 850 جفت بازی ناحیه سیتوکروم b میتوکندری توسط آغازگرهای اختصاصی انجام گرفت. قطعات تکثیر شده پس از خالص سازی به صورت رفت و برگشت توالی یابی شدند. تعداد 10 هاپلوتیپ مختلف بر اساس 5 نوکلئوتید چند شکل موجو...

لزوم حفظ ذخایر ژنتیکی طیور بومی و نیز استفاده از این موجودات به عنوان مواد ژنتیکی پایه در برنامه­های اصلاح نژادی طیور کشور، کسب اطلاعات و شناخت دقیق­تر از این حیوانات را ضروری می­سازد. هدف از این پژوهش، بررسی ژنتیکی و فیلوژنتیکی مرغ خزک سیستان با استفاده از توالی نوکلئوتیدی ناحیه سیتوکروم b میتوکندری بود. بدین منظور از 20 قطعه مرغ خزک سیستان نمونه خون جمع­آوری گردیده و پس از استخراج DNA، تکثیر ...